К XVI веку Вологда становится также крупнейшим церковно-духовным центром Севера. Здесь ведется обширное летописание, составляются жития святых, записываются различные сказания и т. д. В начале века при дворе епископа Филофея была создана Вологодско-Пермская летопись, содержащая одну из древнейших редакций выдающегося произведения — «Сказания о Мамаевом побоище» — и особую редакцию «Повести о стоянии на Угре» в 1480 году. Основанная еще в 1492 году, в противовес новгородской епископии, Вологодско-Пермская епархия в «опричные» годы принимает «под свое крыло» Двину, Вагу и Каргополь, распространяя свою власть на громадную территорию.
Следующий период истории Вологды связан с событиями польско-шведской интервенции. До 1608 года из города посылались деньги и ратные люди «московскому воинству», но когда чужеземцы появились под его стенами, жители города стали непосредственными участниками военных событий. Вражеские отряды периодически грабили, жгли, разоряли посады, города и окрестные села. В первый раз поляки захватили Вологду в результате измены воеводы.
Однако население города, «схватив воеводу и дьяка Ковернева, всех поляков и пленных, отрубили им головы и трупы бросили в реку Золотуху, где их пожирали свиньи и собаки».
Через некоторое время к Вологде вновь подступили отряды интервентов. Для защиты от неприятеля по инициативе вологжан было спешно собрано ополчение северных городов — Великого Устюга, Сольвычегодска, Тотьмы и др. Разбив противника под Вологдой, северное войско двинулось на выручку Костромы, Галича, Ярославля. Но все же в 1612 году из-за оплошности военачальников и горожан Вологда была снова разграблена и выжжена. Успокоенные известиями об успехах ополчения, упившиеся «на радостях» стрелки не смогли оказать сколь-либо серьезного сопротивления отряду интервентов. «Все делалось хмелем. Пропили город Вологду воеводы», — писал архиепископ Сильвестр князю Пожарскому в Москву. «Сентября 22 польские и литовские люди с черкесами и казаками и русскими ворами, пришед на Вологду, безвестно, изгоном и всяких людей посекли, церкви и престолы разорили и город и посады выжгли до основания».
Отстроившийся и оправившийся от страшных бедствий интервенции город в 1632 году «опричь дальних посадов погоре». В 1654 году тяжелый «мор» постиг население Вологды. Во избавление от «моровой язвы» по обычаю тех лет вологжане за одни сутки возвели деревянную церковь Спаса — «Спас обыденный».
Дальнейшая жизнь города, как бы сполна получившего свою долю несчастий, протекала мирно и не примечательна какими-либо внешними событиями.
Значение Вологды с конца XVII века заметно уменьшается. С построением Петербурга Вологда оказывается в стороне от торговых путей и превращается в заштатный провинциальный город.
В исторически сложившейся планировке и застройке города принято различать четыре основные части, на которые прежде подразделялась вся его территория — Город, Верхний и Нижний посады и Заречье (илл. 2).
Город
Так называемый Город — один из центральных районоз современной Вологды. Он расположен на высоком правом берегу реки. Граница Города, некогда составлявшего основное ядро планировки Вологды, проходит по линии современных улиц — Мира, Октябрьской и Ленинградской (илл. 3).
Сооружение Иваном Грозным в 1560-х годах мощного каменного детинца, территория которого и составила Город, открывает первую страницу в летописи вологодского монументального строительства.
Идея создания Грозным в Вологде северной опричной резиденции оказалась реализованной далеко не полностью. Сооружение кремля было лишь начато: возвели стену с девятью башнями с юго-восточной стороны и две башни с пряслом между ними на юго-западном углу. Внутри детинца, близ берега реки построили каменный соборный храм, а невдалеке от него — деревянный царский дворец с домовой церковью Иоакима и Анны. Одновременно произвели грандиозные инженерно-гидротехнические работы по усилению мощи кремля.
Прерванное в 1571 году строительство каменного Города так и не возобновилось. На месте его недостроенных стен был поставлен деревянный острог с 21 шатровой башней. В 1632 году, обветшавший, он был заменен новыми деревянными стенами, рубленными «тарасами», с 12 высокими шестигранными башнями.
Однако эти сооружения до нас не дошли. Они исчезли еще в первой половине XIX века. Представление об их архитектуре могут дать лишь письменные источники — документы и описи, а также графические материалы — позднейшие рисунки, планы и чертежи. Наиболее интересна гравюра 1670-х годов, изображающая въезд голландского посла Конрада ван Кленка в Вологду на пути в Москву. Она довольно точно передает общий облик стен кремля в конце XVII века.
Судя по различным историко-археологическим данным детинец Ивана Грозного представлял собой неправильный ромбический четырехугольник. С северо-восточной его стороны протекала Вологда, с юго-восточной — река Золотуха, юго-западную и северо-западную ограничивал ров, проходивший по линии современных бульваров на Октябрьской и Ленинградской улицах. Планировка вологодского детинца, явно тяготеющая к геометрически правильной форме, — характерный пример крепостного зодчества Руси середины XVI века с господствующими в нем тенденциями регулярности. Известно также, что стены кремля имели множество башен. Так, стена, выходящая на речку Золотуху и обращенная к Нижнему посаду, включала девять тесно поставленных башен различной формы. Такая «насыщенность» одного участка ограды башнями, небывалая для русских крепостей того времени, а также удивительная толщина стен (около 4 м) позволяют оценить мощь кремля, обещавшего стать одной из неприступных твердынь всего Севера.
3. Схематический план Города
1 — Софийский собор; 2- Архиерейский дом; 3 — деревянные особняки; 4 — здание Присутственных мест; 5- церковь Покрова; 6 — Ярмарочный дом; 7 — дом Удельного ведомства
Даже в незаконченном виде вологодский кремль производил огромное впечатление на современников, в том числе и на иностранцев.
Дженкинсон писал о сооружении здесь большой крепости «величиной в 2400 саженей»; по его сведениям в строительстве принимало участие не менее 10 тысяч рабочих, а камень специально привозили издалека. Немецкий авантюрист Г. Штаден, в 1575–1576 годах побывавший на Севере, в том числе в Вологде, сообщал, что «Город начат постройкой; половина стены из камня, другая — из дерева. Здесь выстроены каменные палаты; в них лежат серебряные и золотые деньги, драгоценности и соболя. Здесь лежит также около 300 штук пушек, недавно отлитых в Москве … Во время опричнины в этом городе день и ночь держали стражу 500 стрельцов». Английский посол Т. Рандольф, проезжая в 1598 году через Вологду, отметил построенную царем крепость, «обнесенную красивыми высокими каменными и кирпичными стенами».