В соответствии с задачей эффективной борьбы с минной опасностью, обеспечения перевозок нефтепродуктов командование флотилии разработало более гибкую организацию ее сил. В основу новой организации был положен принцип формирования мощных соединений тральных сил и закрепление за каждым из них определенного боевого района с органами тыла, подчиненными непосредственно командиру соединения. Командир соединения являлся и командиром боевого района.
Предусматривалось также сформировать соединения кораблей для непосредственной противовоздушной обороны транспортных судов на переходах, развернуть единую систему противовоздушного и противоминного наблюдения. Планировалось создать более совершенную систему навигационногидрографического обеспечения боевого траления и безопасности плавания транспортных судов, организовать военно-лоцманские пункты для проводки караванов судов по фарватерам, опасным в минном отношении. В предложениях предусматривалось, что командиру трального соединения должны непосредственно или оперативно подчиняться все силы и средства, обеспечивавшие противоминную и противовоздушную оборону Волжской водной коммуникации в границах данного боевого района.
Народный комиссар Военно-Морского Флота одобрил предложения командования флотилии. В короткий срок были сформированы: 1-я бригада траления (командир - капитан 1 ранга П. А. Смирнов, начальник политотдела капитан 2 ранга Ф. Я. Отмахов, начальник штаба - капитан 2 ранга А. А. Асямолов) и 2-я бригада траления (командир - капитан 2 ранга В. А. Кринов, начальник политотдела - капитан 2 ранга С. Д. Бережной, начальник штаба капитан 3 ранга А. А. Комаров).
3-я бригада речных кораблей (командир - капитан 2 ранга Н. Д. Сергеев, начальник политотдела - капитан 3 ранга А. Н. Воронцов, а с 21.06 1943 г. капитан 2 ранга Г. И. Спицкий, начальник штаба - капитан-лейтенант В. А. Протопопов) включала только канонерские лодки.
1-я и 2-я бригады кораблей были переформированы в 4-ю бригаду речных кораблей (командир - капитан 2 ранга А. И. Цибульский, начальник политотдела - капитан 2 ранга И. И. Величко, начальник штаба - капитан 3 ранга П. Л. Яблонский, с 14 июля - капитан-лейтенант Я. В. Небольсин). В ее состав вошли 1-й и 2-й гвардейские дивизионы бронекатеров, дивизион .сторожевых катеров. Создаются два района службы наблюдения и связи с восемью участками, насчитывавшими 424 поста, два гидрографических района с восемью участками, военно-лоцманская служба, тыл флотилии, тылы 1-й и 2-й бригад траления. Ликвидируются военно-морские базы как неоправдавшие своего назначения на Волге{128}. Оперативное развертывание сил в соответствии с новой боевой организацией было закончено в основном к 15 мая. 1-я бригада траления действовала в границах 1-го боевого района - от Замьян до Райгорода. Флагманский командный пункт этой бригады (штабной корабль "Марат") дислоцировался у Черного Яра. На командира бригады непосредственно замыкались отделение тыла района, трехорудийная зенитная плавучая батарея, оперативно ему подчинялись 1-й район службы наблюдения и связи, 1-й гидрографический район.
Четыре дивизиона тральщиков этой бригады были развернуты на четырех боевых участках. Командиры дивизионов являлись и командирами боевых участков. Им оперативно подчинялись участки службы наблюдения и связи.
2-я бригада траления действовала в границах второго боевого района от Райгорода до Саратова. Ее командный пункт находился на штабном корабле у Камышина. Командиру бригады непосредственно подчинялись четыре дивизиона тральщиков, развернутые на 5 - 8 боевых участках, отделение тыла 2-го боевого района, восемь зенитных батарей флотилии.
За Астраханской военно-морской базой закреплялся район от Замьян до Астрахани, включая и астраханские рейды. Ее тральные силы были сведены в 3-ю бригаду траления, состоявшую из трех дивизионов (48 тральщиков и 18 трал-барж).
3-я бригада речных кораблей дислоцировалась в Саратове. Некоторые ее канонерские лодки передавались в оперативное подчинение начальника "Волготанкера" для непосредственной буксировки нефтеналивных судов и их противовоздушной обороны на переходах. С этих кораблей были сняты кормовые 85-мм орудия, а на их места устанавливалось буксирное оборудование. Основная часть канонерских лодок предназначалась для конвоирования наиболее важных караванов судов.
4-я бригада речных кораблей была сосредоточена также в Саратове. Флагманский командный пункт соединения находился на штабном корабле "Тура". Бронекатера и сторожевые катера предназначались для конвоирования транспортных судов в границах 1-го и 2-го боевых районов и усиления ПВО отстойных пунктов.
В мае 1943 года реорганизуется также служба наблюдения и связи во всей операционной зоне (начальник связи - капитан 3 ранга В. А. Баранов). Создаются узел связи флотилии в Сталинграде, узлы связи боевых районов, береговые участки связи в зонах действий дивизионов тральщиков с разветвленной сетью постов наблюдения и связи, противоминного наблюдения.
Всесторонне было отработано взаимодействие органов связи флотилии с линейными органами связи транспортного флота и службой связи противовоздушной обороны бассейна Волги. Такая система обеспечивала непрерывное наблюдение за обстановкой и гибкое управление боевыми действиями кораблей, частей и соединений. Своевременно обнаруживалось появление в операционной зоне вражеской авиации, данные быстро поступали в штаб флотилии. Это позволяло всесторонне анализировать обстановку, принимать эффективные меры по борьбе с минной опасностью, непосредственной обороне судов на переходе, в местах погрузки и разгрузки, в отстойных пунктах.
В этот период была организована единая система постов противовоздушного и противоминного наблюдения по штатам Волжской флотилии и Войск ПВО страны, службы пути Волжского бассейна и на общественных началах гражданскими организациями приволжских городов Астраханской, Саратовской и Куйбышевской областей. Она отвечала создавшейся обстановке в операционной зоне флотилии, новой боевой организации ее сил и задачам обеспечения безопасности плавания на Волге от Астрахани до Батраков.
404 поста СНиС флотилии вели противовоздушное и противоминное наблюдение в границах боевых районов и участков{129}.
По решению исполкомов Куйбышевского, Саратовского и Сталинградского областных советов депутатов трудящихся создаются 372 поста местной противовоздушной обороны, выделяются для них сотни шлюпок{130}. Эти посты обслуживали на общественных началах более 8 тыс. комсомольцев из числа рабочей и учащейся молодежи.
Наблюдение за воздушной и минной обстановкой вели также посты службы пути Волжского бассейна и посты ПВО транспортной службы на Волге. Все полученные данные концентрировались в штабах боевых районов и в штабе флотилии.
Народный комиссариат Военно-Морского Флота с разрешения Государственного Комитета Обороны предоставил командующему Волжской флотилией право выплачивать денежное вознаграждение личному составу соединений, кораблей и частей, гражданскому населению за каждую обнаруженную и уничтоженную мину. Это имело большое значение в борьбе с минной опасностью на Волге в навигацию 1943 года.
Важную роль в противоминной и противовоздушной обороне Волжской коммуникации играла служба войсковой разведки флотилии, возглавляемая капитан - лейтенантом А. В. Горожанкиным. Информационные данные Генерального штаба и Главного морского штаба, сведения разведки фронтов и Войск ПВО страны, наблюдения войсковой разведки флотилии позволяли своевременно и обстоятельно анализировать действия авиации противника в бассейне Нижней Волги и принимать необходимые меры по совершенствованию противовоздушной обороны Волжской водной коммуникации, усилению борьбы с минной опасностью.
Изменения в организации сил флотилии, естественно, потребовали перестройки и системы тылового обеспечения боевой деятельности кораблей и частей. Без хорошо организованной и гибкой работы тыла немыслима была борьба с высокой минной и воздушной опасностью на Волжской коммуникации, пролегавшей от Астрахани до Куйбышева. На участке Волги от Астрахани до Батраков, находившемся в зоне досягаемости вражеской авиации, действовало одновременно до 400 боевых кораблей и вспомогательных судов, десятки частей береговой зенитной артиллерии и службы наблюдения и связи, сотни постов противоминного наблюдения. К этому же времени в быстром темпе переоборудовались транспортные суда под тральщики и вспомогательные корабли. Заметно росла численность боевого состава флотилии.