Наставление по боевой деятельности речных флотилий было введено в действие в 1942 году. В нем подчеркивалось, что сила речных флотилий заключается в сочетании мощи артиллерийского вооружения с высокой подвижностью, способностью быстро развертывать свои огневые средства и вести меткий огонь по видимым и невидимым с кораблей целям. В ходе фронтовых и армейских наступательных операций в полосе рек они способны с приданными частями сухопутных войск проникать глубоко в расположение противника, артиллерийским огнем и высадкой десантов воздействовать на приречные фланги его обороны, обходить неприятельские сильно укрепленные приречные узлы сопротивления.
В соответствии с характером фронтовых операций и общевойскового боя на речные флотилии возлагались следующие основные задачи: содействие сухопутным войскам в наступлении и обороне при действиях вдоль реки; самостоятельные и совместные с сухопутными войсками прорывы по реке для ударов по приречным объектам в глубине обороны противника, обходов и охватов его флангов; борьба с речными силами противника; артиллерийская поддержка сухопутных войск; прикрытие приречных флангов своих сухопутных войск от воздействия сил флота противника; содействие сухопутным войскам в форсировании водных преград в наступлении; борьба с переправами противника и защита переправ своих войск; обеспечение перевозок своих войск по рекам во фронтовой полосе и другие.
Наставлением определялось, что ядро боевых сил флотилии должны составлять корабли преимущественно с артиллерийским вооружением - мониторы, канонерские лодки, бронекатера, плавучие артиллерийские батареи.
Наряду с артиллерийской поддержкой войск в наступлении и обороне важное значение придавалось десантным действиям, предусматривались в составе речных флотилий части морской пехоты для высадки в качестве передовых отрядов десантов.
В связи с возросшей ролью минного оружия, особенно с появлением неконтактных мин, считалось необходимым, чтобы речные флотилии располагали и достаточным количеством тральщиков.
Были четко определены задачи каждого класса речных кораблей и способы боевого использования оружия.
Мониторы, вооруженные 100 - 152-мм морскими артиллерийскими орудиями и гаубичной артиллерией, предназначались для борьбы с артиллерией сухопутных войск противника; поражения дальних целей в тактической глубине его обороны на приречных рубежах; разрушения бетонных и броневых сооружений в прибрежной полосе, а также искусственных препятствий; борьбы с бронетанковыми войсками противника; подавления огневых средств и живой силы неприятельской пехоты; борьбы с кораблями противника; уничтожения вражеских транспортных и вспомогательных судов, мостов и плавучих средств.
Речные канонерские лодки (артиллерия калибра 100 - 152 мм) предназначались для подавления полевой артиллерии противника, поражения его живой силы и уничтожения огневых средств пехоты, прикрытия речных коммуникаций прифронтовой полосы, сопровождения транспортных судов с войсками и грузами. В отличие от мониторов канонерские лодки, обладавшие невысокой живучестью и слабой защищенностью артиллерии, должны были наносить кратковременные артиллерийские удары, как правило, с закрытых огневых позиций.
На плавучие самоходные и несамоходные артиллерийские батареи калибра 102 - 152 мм, как и на мониторы, возлагалось подавление наиболее мощной укрытой артиллерии противника, разрушение хорошо защищенных объектов большой прочности, поддержка мониторов и канонерских лодок в бою с речными кораблями противника.
Бронекатерам, вооруженным одной-двумя танковыми 76-мм артиллерийскими орудиями, крупнокалиберными пулеметами, а в отдельных случаях и реактивными минометными установками, были свойственны задачи артиллерийской поддержки сухопутных войск поражением живой силы и подавлением огневых средств пехоты противника с малых дистанций; борьбы с бронекатерами, сторожевыми кораблями и канонерскими лодками противника; охранения сил флотилии на переходе и стоянках; разведки речных сил и сухопутных войск противника, а также навигационной и минной разведки; высадки первых бросков десанта; прикрытия транспортов с войсками и грузами на внутренних водных коммуникациях; борьбы с переправами противника и защиты переправ своих войск; постановки оборонительных минных заграждений.
Теоретические обоснования оперативного назначения речных флотилий, состава и задач их разнородных сил в советском военно-морском искусстве были в основном правильными, отвечали характеру войны того времени, уровню развития кораблестроения и боевых средств флота, Это позволяло в практике оперативной и боевой подготовки предвоенных лет и первого периода Великой Отечественной войны вырабатывать у офицерского состава речных флотилий единство правильного оперативно-тактического мышления, готовить личный состав, боевые и технические средства к эффективному содействию сухопутным войскам на приречных флангах и операционных направлениях.
Тактика боевого использования классов кораблей речных флотилий была достаточно разработана и выражена в соответствующих наставлениях по боевой деятельности мониторов, канонерских лодок, бронекатеров и тральщиков. Эти документы ориентировались на возможности кораблей, находившихся в строю, вступавших в строй в те годы, и на корабли, которые планировалось переоборудовать из транспортных речных судов по военному времени. Эти наставления, опробированные и откорректированные с учетом опыта второй мировой и первого года Великой Отечественной войн, играли важную роль в тактической подготовке офицерского состава, тактических соединений и подразделений однородных кораблей речных флотилий и одиночной подготовке экипажей кораблей к решению боевых задач.
Главной задачей всех наших речных флотилий являлась артиллерийская поддержка приречных флангов сухопутных войск в наступлении и обороне, т. е. ведение артиллерийского огня по долговременным огневым точкам приречных узлов обороны противника, его танкам, артиллерийским и минометным батареям и живой силе. В советском военно-морском искусстве в предвоенные годы получила всестороннюю разработку теория артиллерийской стрельбы кораблей по береговым объектам и методика управления огнем. В 1938 году были введены в действие Правила артиллерийской стрельбы по береговым целям. Они опробировались в процессе огневой подготовки мониторов, канонерских лодок и бронекатеров речных флотилий в 1938 - 1941 годах и совершенствовались в первый год Великой Отечественной войны.
В Правилах были конкретно определены огневые задачи корабельной артиллерии флотов и флотилий при использовании ее против береговых объектов противника. Предусматривалось, что в совместных боевых действиях с войсками Красной Армии корабельной артиллерии должны выделяться те цели на приречных флангах, которые не могли подавляться артиллерией сухопутных войск.
На корабельную артиллерию калибра 76 - 120 мм возлагалась задача уничтожения живой силы и огневых средств пехоты противника вне укрытий и в укрытиях легкого типа, уничтожение танков и бронемашин, наблюдаемых с кораблей, подавление артиллерии, разрушение укрытий легкого типа. Корабельная артиллерия калибра 130 - 152 мм предназначалась для борьбы с артиллерией, танками и бронемашинами противника, разрушения его долговременных огневых точек и подавления удаленных целей.
Для систематической артиллерийской поддержки сухопутных войск, наступающих или обороняющихся на приречных флангах и направлениях, предусматривалось создание отрядов артиллерийских кораблей из мониторов, канонерских лодок и бронекатеров. Эпизодическая артиллерийская поддержка приречных флангов сухопутных войск могла вестись отрядами, группами или отдельными кораблями по приказанию командующего флотилией и командования сухопутных войск, которому корабли или соединения подчинялись оперативно.