Несмотря на поражение войск Лжедмитрия, на его сторону перешли города и уезды юга, юго-запада и юго-востока — огромный район, охватывающий бассейн рек Днепр, Дон, Волга, Ока. Народные низы продолжали верить в легенду о «добром царе-заступнике» Дмитрии. Жители города Путивль приютили самозванца и стали собирать новые силы. «Прелестные письма», сулившие тягловому населению льготы и облегчение, дворянам — поместья, а московской аристократии — избавление от «выскочки» Бориса Годунова, создали благоприятную обстановку для победного шествия Лжедмитрия на московский трон. Весной 1605 г. интервенты возобновили поход на Москву.
13 апреля 1605 г. скоропостижно скончался Борис Годунов. Царская армия, осаждавшая Кромы, не присягнула 16-летнему сыну Годунова Федору. Воеводы, в том числе П.Ф. Басманов, возглавлявший войска, перешли на сторону самозванца. 1 июня 1606 г. «прелестные грамоты» появились в столице. Горожане начали громить хоромы сторонников Годуновых. Восстание городского населения против зажиточной верхушки посада и спекулянтов хлебом окончательно расчистило путь к Москве ставленнику польских феодалов. 20 июня 1605 г. Лжедмитрий в сопровождении поляков и казаков прибыл в столицу и через месяц был увенчан шапкой Мономаха.
Оценивая эти события, Н.М. Карамзин писал, что царь Федор Борисович Годунов «цвел добродетелею и надеждою: столько имел и столько обещал для счастья России, если бы оно угодно было Провидению», но он был свергнут с престола и вместе с матерью умерщвлен. Прах его отца изъяли из порфирородных погребений кремлевского Архангела Михаила (Архангельского) собора. Он был перенесен в убогой деревянной раке в девичий Варсонофьевский монастырь на Сретенке и погребен уединенно там, где уже покоились его сын и жена. Затем останки Годуновых перенесли в Троице-Сергиев монастырь[2], где при Успенском соборе устроили им семейную усыпальницу (1782).
Решалась и судьба приверженцев Бориса Годунова. Из Москвы, подвергнув изгнанию, удалили более 70 опальных семейств и отправили их в темницы и ссылки.
Был сведен с патриаршества и предстоятель Иов. Лжедмитрий боялся и предположить, что многообличительный старец мог бы благословить его на государство, с благоговейным видом возложив царский венец на своего беглого послушника. И «важнейшего свидетеля истины, противного самозванцу», на простой тележке свезли в Старицкий Богородицкий монастырь под Тверью, где полувеком прежде подвижник принял иноческий постриг.
На место сверженного патриарха Лжедмитрий повелел избрать грека Игнатия, прежнего епископа города Элассо, находившегося близ Афона. Он был изгнан турками и некоторое время жил в Риме, а затем при Федоре Ивановиче прибыл в Россию. Вскоре он оказался в поле зрения Бориса Годунова и принял Рязанскую епархию. Льстивый грек сумел снискать благосклонность и самозванца, встретив его одним из первых еще в Туле.
Лжедмитрий I вырвал из Сийской пустыни и мнимого своего сородича — опального священоинока Филарета, которого возвел в сан митрополита на кафедру в Ростов Великий, хотя и вопреки его желанию. Филарет отклонял от себя эту высокую честь.
Но недолго властвовал Лжедмитрий I. Многие творимые им бесчинства «для Церкви, двора и народа» умножили ненависть и презрение к самозванцу. Наглость и безнаказанность поляков ожесточили москвичей. Пришло прозрение и отрезвление.
Итак, вернувшись в Москву, Лжедмитрий I показал свое истинное лицо. Его внутренняя политика носила ярко выраженный крепостнический характер. Самозванец боялся народа и вопреки обещаниям всеми мерами приближал к себе бояр и дворян. Он и его польские приспешники бесчинствовали, глумились над русскими национальными обычаями. Наемники Лжедмитрия вели себя в Москве как завоеватели. Не платили в лавках денег за товары, приставали к женщинам. Во время богослужения в храмах не снимали шапок, громко разговаривали и смеялись над обрядами. Да и самозванец не отличался благопристойным поведением: дочь Бориса Годунова красавицу Ксению принудил к сожительству; устраивал шумные застолья, проматывал и раздавал государственную казну. В Москве нарастало недовольство. Бояре во главе с В.И. Шуйским решили отстранить самозванца от власти. 17 мая 1606 г. на рассвете под звуки набата горожане выступили против интервентов. Заговорщики-бояре и дворяне ворвались в Кремль. Лжедмитрий был убит. Восставший народ громил не только польскую шляхту, но и собственных богатеев. С большим трудом бояре-заговорщики успокоили московские низы, сумев при этом спасти и вывезти из Москвы претендентку в русские царицы Марину Мнишек. Воспользовавшись народным восстанием, московская аристократия добилась свержения власти захватчиков. На трон был посажен ставленник бояр В.И. Шуйский (правил с 1606 по 1610 г.). «Однако избрание 20 мая 1606 г. нового царя, как писал Н.М. Карамзин, было сделано „малыми некими от царских палат“ и скоропоспешно, без широкого представительства. И это „несчастное обстоятельство“ послужило предлогом для измен и смятений, которые ожидали Шуйского на престоле, к новому позору и бедствию России».