Несмотря на то что после принятия Соборного уложения политическое положение в России стабилизировалось, вследствие неудачной финансовой политики правительства произошло довольно чувствительное восстание населения столицы, возникшее в июле 1652 г. и известное под названием «Медный бунт». Правительство, испытывая финансовые затруднения вследствие войн с Польшей и Швецией, решило заменить деньги из серебра (оно ввозилось из-за границы) на медные. Но хлынувший поток медных денег вызвал рост цен на предметы первой необходимости и особенно продовольствия, что отрицательно сказалось на положении горожан и служилых людей. Около 5 тыс. человек двинулось к селу Коломенское, где находился царь. Во время переговоров с повстанцами верные царю люди подтянули к селу войска, а в столице уже начались погромы дворов богатеев. И хотя Алексей Михайлович успокоил переговорщиков, но из Москвы к Коломенскому снова направилась партия повстанцев уже из 9-10 тыс. человек. Они были встречены войсками. Произошла расправа с недовольными. Тем не менее в начале 1663 г. царь признал ошибочность действий правительства и под предлогом избежания нового кровопролития отменил выпуск медных денег.
XVII столетие было переполнено острыми социальными конфликтами и войнами. Современники называли его «бунташным веком». Не обошлось и без острейшего конфликта в сфере духовной жизни — религии. Несмотря на то что на просторах России существовали различные конфессии — православие, ислам, буддизм и другие, жили они в мире и согласии. И вот в области религии, а именно самой распространенной — православной, — произошел раскол в самой церкви на «староверов» и «никонианцев».
Уже в XVI в. иерархи православной церкви указывали на ошибки в текстах богослужебных книг и обрядов. В середине XVII столетия было решено исправить существующее положение. Работу по исправлению возглавил патриарх Никон, который в свое время был монахом Соловецкого монастыря. В 1652 г. он, будучи митрополитом Новгорода Великого, стал патриархом московским и всея Руси. Царь Алексей Михайлович, находившийся в большой дружбе с новым патриархом, возложил на него проведение церковных реформ. Он знал Никона как умного, обладавшего железной волей духовника, но царь не учел одного — патриарх был также весьма честолюбивым человеком.
На первый взгляд, вроде бы изменения в обрядах, исправление рукописей не носили принципиального характера, например: двоеперстное знамение заменялось троеперстным, а в книгах стали писать вместе «певцы» — «песнопевцы» и т. д. Но конфликт между приверженцами старой веры и реформаторами лежал в более глубокой сфере — в основе его были принципиальные убеждения, разное понимание преданности отеческим и семейным традициям. А русский, а в более широком смысле — православный человек под обрядом всегда понимал не простой ритуал, а наполнял его жизненным символическим смыслом. И в этом отношении покушение на основы веры вызвало протест со стороны не только трудовой части населения — крестьян, посадских людей, казаков и других, но и в родовитом боярстве, в верхах духовенства. И конфликт, потрясший духовную сферу жизни россиян, растянулся почти на 300 лет. Он окончательно был исчерпан решением Собора Русской Православной Церкви только в 1971 г., который снял клятвы, наложенные на старообрядцев Собором 1666–1667 годов. Старые обряды были провозглашены «спасительными и равночестными новым». Однако в XVII в. раскол в обществе имел трагические последствия. В верхах наметились серьезные разногласия. Властный и честолюбивый патриарх Никон попытался подчинить своему влиянию царя Алексея Михайловича и даже объявил себя представителем власти на земле от Бога. На что «тишайший» царь вполне резонно заметил — он сам является помазанником Божиим и власть дана ему от Бога. Никон отказался от патриаршества в надежде, что царь будет его просить вернуться на духовный престол. Но Алексей Михайлович подыскал более сговорчивого патриарха, и Никон окончил свою жизнь в опале.