Много странствовал я по необъятным просторам страны и, наконец, в апреле 1908 года остановился в Тифлисе. Там меня вскоре арестовали, препроводили по всем российским этапам по месту судимости в Томскую тюрьму, куда я попал в сентябре 1908 года, и возбудили новое судебное дело — обвинение в принадлежности к Обской группе РСДРП.
В тюрьме я встретил многих друзей новониколаевцев во главе с В. Шамшиным. Тут была группа товарищей, выданная провокатором Петром Струниным: Дмитрий Кофанов — Митяй длинный, Дмитрий Афанасьевич Шамшурин, Николай Ильич Кундашкин, Иван Андреевич Чумаков, Константин Антонович Гедройц и Михаил Иванович Галунов. В эти годы тюремные порядки изменились. Камеры на день не открывались, заключенных всячески изолировали друг от друга. Доступным средством связи являлся «тюремный телеграф» — перестукивание через стену.
Вместе с нами в Томской тюрьме находились два брата Куйбышевых — Анатолий и Валериан, арестованные в Омске. Несмотря на строгий — столыпинский режим, в Томской тюрьме политические заключенные жили своей жизнью, боролись за улучшение тюремного режима. Так, в 1909 году политические заключенные провели четырехдневную голодовку, которой руководил Валериан Куйбышев. Он постоянно заботился о дальнейшем политическом воспитании молодых революционеров — социал-демократов.
Потянулись долгие месяцы следствия, и, наконец, в конце 1908 года состоялся суд по первому моему делу. Приговором Томского окружного суда за хранение и распространение нелегальной литературы я был осужден к 9 месяцам тюремного заключения, а 16 апреля 1909 года тем же судом за принадлежность к Обской группе Сибирского Союза РСДРП — к лишению всех прав и состояния и ссылке на вечное поселение в Восточную Сибирь.
2 декабря 1909 года к этой же мере наказания были приговорены многие мои товарищи по Обской группе. Нас обрили, одели в казенную одежду — в бушлаты с бубновым тузом на спине — и до отправки на поселение посадили в общую камеру, в так называемый Красноярский барак Томской тюрьмы. Хоть и в неподходящем месте, но радостно встретились старые боевые друзья. Но вот и этап. Нас отправляют первоначально в Красноярскую тюрьму, но енисейский губернатор не принимает ссыльных, так как за 1909 год у него заполнена «норма», и нас гонят дальше, в Иркутскую тюрьму, а затем в пересыльную при Александровском централе.
В морозное февральское утро заключенных выстроили во дворе Иркутской тюрьмы, сковали цепями попарно, «чтобы в дороге не разбежались», и погнали в Александровскую пересылку. Мороз крепчал, ручные кандалы, не обшитые кожей, обжигали тело, из рук сочилась кровь. Просидевшим длительные годы в тюрьмах и на каторге, идти трудно, а до ближайшего этапа 30 верст. Конвойные грубо, прикладами подгоняли отстающих. После двухдневного страшного пути — восьмой барак Александровской пересыльной тюрьмы, наполовину занятый уголовными каторжанами, ожидавшими отправки на поселение, показался нам на первых порах чуть не раем.
Новониколаевцы, как и другие политзаключенные, в Томской тюрьме, в арестантских вагонах, Иркутской и Александровской пересыльных тюрьмах держались всегда сплоченно (Сб. Иркутская ссылка, М. 1934, стр. 20) и дружно, давали отпор наглым тюремщикам и уголовным элементам. Еще перед отправкой из Томска наша группа создала коммуну. Все средства, поступавшие от родных, политического Красного Креста, от партийной организации, складывались в общий фонд коммуны и расходовались с общего согласия, в первую очередь на покупку продовольствия больным товарищам и на улучшение общего довольно скудного тюремного питания.
В Александровской пересыльной тюрьме по нашей инициативе также была создана коммуна. Ф. Г. Виноградов (Ягодин) в статье «Борьба за коллектив в Александровской пересыльной тюрьме в 1910 году» писал: «Вскоре в бараке организовалась и стала оказывать влияние на окружающих наша Томская коммуна. Она сложилась из социал-демократов большевиков, имела в своем составе только одного меньшевика-партийца и одного эсера, которые из воли коммуны никогда не выходили. В состав коммуны вошли: В. И. Шамшин (убит белыми в 1918 г.), Д. А. Шамшурин — член ВКП(б), И. И. Шеин — член ВКП(б), К. А. Гедройц, Д. М. Кофанов (Митяй длинный) и автор настоящей статьи. Коммуна томичей сложилась еще в Томске в декабре 1909 года и вновь восстановилась в пересылке. Потом пополнили ее ряды Г. И. Хорошайлов — член ВКП(б) и Г. И. Шпилев — член ВКП(б). Затем к нам присоединился покойный теперь тов. Артем (Сергеев), видный харьковский большевик, и другие. У нас была в полном смысле коммуна: все получаемые средства шли в общий котел, которым до отправки в Балаганский уезд заведовал И. И. Шеин. Жили мы чрезвычайно дружно».