В том же докладе Б.М. Шапошников отмечал выдающуюся роль Маркса, Энгельса и Ленина в развитии военной теории, революционной стратегии и тактики. Маркс и Энгельс, сказал он, много занимались военным вопросом. «Тов. Ленин, — заявил Борис Михайлович, — также внимательно изучал вопрос о войне. Во время Гражданской войны Ленин направлял и сам развивал нашу советскую военную мысль, он сплошь и рядом сам был полководцем, указывая, что нужно сделать для выполнения того или иного стратегического плана. Тов. Ленин прямо говорил, что война есть продолжение той политики, которую ведет данный класс. Мы с вами являемся классом пролетариата, и у нас должна быть соответствующая научная мысль и соответствующая научная теория. У нас должна быть своя революционная стратегия и своя революционная тактика».
Приволжским военным округом Б.М. Шапошников командовал менее года. Партия и правительство поручали ему новый важный пост — пост начальника и комиссара Военной академии имени М.В. Фрунзе. В его жизни и службе наступил период, имевший большое значение в последующей работе Бориса Михайловича. За три с половиной года, в течение которых он руководил академией, проделана весьма плодотворная работа. Существенно улучшен учебный процесс в академии, учебные программы приведены в соответствие с требованиями технической реконструкции Красной Армии. Значительно повышено качество учебных пособий, усовершенствована методика преподавания. Ведущей дисциплиной стала оперативно-тактическая подготовка слушателей академии. На более высокую ступень была поднята научно-исследовательская работа кафедр. Профессорско-преподавательский состав академии был пополнен людьми, обладающими опытом командования воинскими соединениями и частями в новых условиях.
Выражая свое мнение о задачах военной академии, Б.М. Шапошников писал: «Академия должна, с одной стороны, готовить общевойскового и штабного командира, вооруженного знаниями современной теории военного искусства, а с другой — дать армии практика военного дела… Знание военной техники, знание технических родов войск и умение организовать их использование в боевых действиях составляют важнейший отдел обучения в военной академии»[6].
Большое внимание Борис Михайлович уделял оперативно-тактической подготовке профессорско-преподавательского состава академии. Мастерски владея методикой организаций военных игр на картах, он проводил эти игры весьма поучительно и с творческим вдохновением. Они содержали актуальные вопросы теории и практики применения крупных мотомеханизированных и воздушно-десантных соединений на различных театрах военных действий. Убедительные разборы игр, которые проводил Борис Михайлович, навсегда оставались в памяти слушателей и преподавателей академии.
Отмечая заслуги Б.М. Шапошникова в преподавательской и научной деятельности, высшая аттестационная комиссия в мае 1935 года присвоила ему ученое звание профессора. В решении комиссии, в частности, отмечалось, что Б.М. Шапошников — военно-научный работник исключительной эрудиции и больших обобщений, пользующихся известностью не только в СССР, но и за рубежом. Под его командованием Военная академия имени М. В. Фрунзе достигла новых успехов, она удостоена высокой награды — ордена Ленина.
Б.М. Шапошников много дал академии, и она ему тоже дала многое. Он близко познакомился со слушателями оперативного факультета — будущими военачальниками и работниками Генерального штаба. В последующем это оказало Борису Михайловичу серьезную услугу при подборе оперативных работников. В теоретических дискуссиях, которые проходили в академии, сформировались его взгляды на характер возможных боевых действий Красной Армии в будущей войне, сложились представления о возможных формах операций, стратегическом взаимодействии фронтов и т. д. Без преувеличений можно сказать, что работа в академии послужила Б.М. Шапошникову прекрасной школой для последующей работы на посту начальника Генерального штаба.
После повторного двухгодичного командования Ленинградским военным округом Б.М. Шапошников весной 1937 года выдвинут на должность начальника Генерального штаба Красной Армии (до весны 1937 года Генштаб возглавлял А.И. Егоров). Заместителем начальника Генштаба был назначен К.А. Мерецков.