Совет Народных Комиссаров СССР 13 марта 1938 года принял постановление об образовании Главного Военного совета (до этого существовал Военный совет при наркоме обороны). В составе Главного Военного совета находился начальник Генерального штаба Б.М. Шапошников. Он получил возможность непосредственно влиять на принятие важнейших решений по вопросам военного строительства. В работе Главного Военного совета участие принимал И.В. Сталин, входивший в его состав. Члены Главного Военного совета прислушивались к предложениям Б.М. Шапошникова, высоко оценивали его глубоко научный и деловой подход к сложным проблемам, связанным с дальнейшим укреплением военной мощи нашего государства.
Б.М. Шапошников считал, что без слаженной и четкой работы штабов всех степеней не может быть достигнуто успешное руководство подготовкой войск в мирное время и управление боем в период войны. По мнению Бориса Михайловича, необходимо было повысить внимание командного состава всех степеней к организации штабной службы, внедрить в их сознание мысль о том, что штаб в целом, его начальник и военный комиссар, так же как и командир и комиссар соединения, части, несут полную и персональную ответственность за организацию и исход боя. В качестве практических мер он предложил, чтобы все приказы подписывались вместе с соответствующими командирами, комиссарами и начальниками штабов и чтобы они несли ответственность за содержание и исполнение приказов. Начальник штаба, отмечал Борис Михайлович, должен чувствовать себя первым заместителем командира как в мирное, так и в военное время, его службу следует приравнять к строевой со всеми вытекающими из этого преимуществами.
Важно отметить, что по инициативе Б.М. Шапошникова Главный Военный совет рассмотрел и утвердил предложенные Борисом Михайловичем мероприятия по реорганизации оперативно-штабной службы и узаконил эти мероприятия специальным постановлением.
Служба в Генеральном штабе чрезвычайно ответственна и напряженна. Она требует от его работников, и особенно от руководителя, таких качеств, как отличное знание военного дела, широкая эрудиция, огромное трудолюбие и высокое чувство ответственности. Б.М. Шапошников обладал всеми этими качествами. Опыт оперативно-штабной работы в годы Первой мировой и Гражданской войн, практика командования войсками трех военных округов, детальное знание структуры и функций центрального военного аппарата и, наконец, высокий деловой авторитет у руководителей Коммунистической партии и советского правительства позволили Борису Михайловичу сделать Генеральный штаб подлинным центром планирования боевой и оперативной подготовки Красной Армии. Для работы в Генеральном штабе Б.М. Шапошников подобрал лучших из числа окончивших военные академии, зарекомендовавших себя способными, грамотными и инициативными начальниками в войсках. Несмотря на относительную малочисленность работников Генштаба, он успешно справлялся со своими нелегкими задачами. Предложения и планы, исходившие из Генерального штаба, отличались реальностью, дальновидностью и всесторонней обоснованностью.
Большое влияние на формирование качеств работников Генерального штаба оказывал и личный пример Б.М. Шапошникова. Его вежливость в отношениях с подчиненными, скромность и большой такт во взаимоотношениях с ответственными работниками центральных и главных управлений Наркомата обороны, дисциплинированность и предельная исполнительность при решении задач, поставленных партией и правительством, — все это воспитывало у работавших вместе с ним людей чувство ответственности, исполнительность и высокую культуру личного поведения. В безупречном, инициативном и своевременном выполнении заданий партии и правительства по укреплению обороноспособности страны видел он свою главную обязанность и смысл существования Генерального штаба. Все это, вместе взятое, создавало тот непередаваемый словами дух сплоченности, который отличал все коллективы, руководимые Б.М. Шапошниковым.
Борис Михайлович принимал участие в работе советской военной делегации на переговорах с военными делегациями Франции и Англии. Эти переговоры проходили в августе 1939 года. Их участники обсуждали вопросы координации действий армий трех государств — Советского Союза, Англии, Франции — в случае возникновения агрессии в Европе. Представители английских и французских армий, излагая на переговорах планы своих стран, ограничивались общими, нередко очень туманными рассуждениями. Их планы фактически не были рассчитаны на военное сотрудничество с СССР.