Желая заняться сельским хозяйством в имении своей жены, М. Н. просил уволить его в отставку; но начальство удержало его на службе.
Вместо отставки он получил временный отпуск и вскоре возвратился к своим занятиям в училище колонновожатых.
Хотя в 1820 году для удержания М. Н. на службе его произвели в чин капитана гвардейского Генерального штаба, а затем в подполковники свиты Его Величества по квартирмейстерской части, но все-таки М. Н. возобновил свою просьбу об отставке, на этот раз подкрепленную ходатайством его отца, и был уволен от службы в ноябре 1820 года.
По выходе в отставку М. Н. поселился со своей молодой женой в ее имении, селе Лазицах Смоленской губернии, в 50 верстах от г. Рославля, и ревностно занялся сельским хозяйством. Мирная деятельность его по улучшению своего благосостояния была прервана, когда Смоленскую губернию постиг сильный голод. В это время М. Н. пришлось заботиться не о своем хозяйстве, а о голодающих крестьянах. Прежде всего он занялся обеспечением продовольствия для крестьян своего имения: для этого при своем винокуренном заводе устроил мирскую столовую, в которой ежедневно получало горячую пищу по 150 человек и более; приходилось кормить крестьян и других имений, собиравшихся в Лазицах целыми толпами. Более двадцати тысяч рублей своих денег М. Н. истратил на продовольствие голодающего населения. Кроме того он обратил внимание и на другие местности губернии, также страдавшие от недостатка продовольствия; он собирал местных дворян, убедил их действовать в этом важном деле единодушно; по его примеру и убеждению дворяне не жалели своих средств для поддержки населения и испросили у правительства денежную помощь для той же цели в размере 50 000 рублей; на призыв Михаила Николаевича о помощи голодающему населению Смоленской губернии откликнулись дворяне Московской губернии и прислали щедрые пожертвования. Правительство также обратило особенное внимание на Смоленскую губернию и командировало сенатора Мертваго для принятия мер по обеспечению крестьян на дальнейшее время. Этот сановник приписывал успех своих действий главным образом помощи молодого помещика Муравьева и высказывал ему особенное уважение.
В июле месяце 1826 года М. Н. Муравьев вновь поступил на службу с прежним чином подполковника, но не получил особого назначения. Пользуясь свободным временем, М. Н. в течение этого года привел в порядок свои заметки о гражданском управлении губерниями, которые он составил во время пребывания в деревне. Это время было хорошею школою для М. Н.: ему тогда приходилось входить в сношение с различными правительственными учреждениями губернии и с лицами разных сословий; его в одинаковой степени интересовали и администрация, и суд, и учебное дело; от его проницательного ума не укрылось все то, что требовало исправления. Из этих заметок М. Н. составил записку и представил ее Государю Императору Николаю Павловичу. Привыкший к порядку и строгий к самому себе, М. Н. Муравьев признает необходимость строгого отношения ко всем и заканчивает свою записку такими словами: «никакие строгие, но справедливые меры не страшны для народа; они гибельны для законопреступников, но приятны массе людей, сохранивших добрые правила и желающих блага общего».
В этих словах и всей вообще записке, обнаруживающей глубокое знание многих потребностей государства, вырисовывается и сам будущий великий администратор. Записка М. Н. Муравьева удостоилась Высочайшего внимания и личной благодарности Государя Императора.
Достоверно известно, что многие недостатки в административных и судебных учреждениях были исправлены в царствование Императора Николая Павловича благодаря этой записке М. Н. Муравьева; насколько же М. Н. был дальновиден и сведущ даже в учебной части, можно, например, видеть из того, что в этой же записке он указывает на необходимость учреждения ремесленных училищ, а это дело и в настоящее время составляет предмет особой заботливости правительства.
Записка М. Н. доставила ему известность знатока в гражданском управлении.
Министр финансов поспешил привлечь его на службу в свое ведомство и в 1827 году назначил вице-губернатором в г. Витебск. В то время вице-губернаторы назначались министерством финансов, причем М. Н. по чинопроизводству был переименован в коллежские советники.