Начальник края приступил тем временем к составлению замечательной записки о некоторых вопросах по устройству Северо-Западного края. Он пригласил для этой цели директора хозяйственного департамента Министерства государственных имуществ, Вешнякова (прежнего своего подчиненного) и диктовал ему ежедневно в течение почти всего утра. Записка была окончена дней в 10 и представлена Государю 15-го мая 1864 г. Государь, прочитав ее, приказал в кратчайший срок рассмотреть в Комитете министров в присутствии генерала Муравьева.
Рассмотрению этой записки посвящены были два или три заседания; тут, казалось, решались судьбы Северо-Западного края. Записка обнимала все главнейшие вопросы, как то: крестьянское дело, учебную реформу, закрытие католических монастырей, обеспечение быта православного духовенства и постройку церквей, устройство русской администрации, воспрещение в делах польского языка, высылку из края политических преступников; но в главе всего этого стоял один вопрос, по-видимому не требующий разрешения, но на котором генерал Муравьев особенно настаивал - это необходимость признания Северо-Западного края раз навсегда русским и ведения в нем дела на будущее время в этом смысле. По этому, как и по многим другим вопросам, последовало утверждение; по некоторым было поручено разным министерствам войти в ближайшие соглашения с генерал-губернатором и лишь по одному возникло разногласие. Генерал Муравьев представил о вредном преобладании польских уроженцев во многих учебных заведениях и университетах и полагал необходимым ограничить число польских уроженцев в этих заведениях до 10% всего числа учащихся и свыше того не принимать. Предположение это было вызвано тем, что польские уроженцы составляли совершенно замкнутые кружки в университетах и часто завлекали в них и русских. Тогдашний министр народного просвещения восстал против этого, и с ним было большинство комитета; мнение меньшинства (председателя и трех членов, в числе коих был и М. Н. Муравьев) хотя и было утверждено, но мера эта признана лишь временною. В конце записки генерал-губернатор просил, чтобы министры и главноуправляющие сообщали на предварительное заключение начальника края все предположения касательно края - на это последовало заключение комитета такого рода, что это по возможности уже исполняется.
Достигнув, таким образом, утверждения многих мер, предварительно уже им принятых, и вообще одобрения общего направления дела в крае, генерал Муравьев возвращался в Вильну с большею еще властью, и ему предстояло привести в исполнение, так сказать, внести в жизнь края, все высшие решения, которые ему удалось испросить у правительства.
Когда в Вильне узнали, что Михаил Николаевич возвращается, радость всех русских была общая; особенно торжествовал виленский губернатор Панютин, предсказывавший всем нам, что мы непременно вернемся, несмотря на наши положительные уверения в противном. Семейство же генерал-губернатора было почему-то очень недовольно и с трудом примирилось с мыслью о необходимости возвратиться в Вильну.
До отъезда в Вильну начальник края был еще раз с докладом у Государя, испросил приказания по случаю предстоявшего следования чрез край Императорской фамилии, а также некоторым лицам награды. Вместе с тем он выхлопотал себе чрезвычайно важное право иметь помощника по гражданской части, так как ближайшее заведывание семью губерниями было сопряжено со множеством второстепенных дел, мешавших генерал-губернатору устремить все свое внимание на устройство края в политическими отношении. Кроме того имелось в виду, что преемник его должен быть человек, не только знакомый с гражданским управлением и с краем, но хорошо понявший и направление, необходимое для управления в западных наших областях. Выбор пал на управлявшего III отделением и начальника штаба корпуса жандармов, генерала Александра Львовича Потапова.