Призыв Каткова был услышан - император Александр II, лично Муравьева недолюбливавший, вынужден был под напором общественного мнения назначить Михаила Николаевича Наместником Северо-Западного края, включающего в себя 7 губерний (Могилевскую, Витебскую, Минскую, Виленскую, Ковенскую, Августовскую, Гродненскую). В момент назначения Муравьева восстание было на подъеме, отношения с западными державами - обострены до предела. Не случайно императрица Мария Александровна сказала Михаилу Николаевичу при отъезде в Вильну: «Хотя бы Литву, по крайней мере, мы могли бы сохранить»8. Собственно Польшу в Петербурге считали уже потерянной. Однако Муравьев оказался на высоте положения.
Действовать он стал решительно и жестко. 1 мая 1863 г. Муравьев был назначен генерал-губернатором, 26 мая - прибыл в Вильну в качестве Наместника, а уже 8 августа - принимал депутацию виленского шляхетства с изъявлением покаяния и покорности. К весне 1864 г. восстание было окончательно подавлено. По приговорам военно-полевых судов 127 мятежников были публично повешены, сослано на каторжные работы - 972 человека, на поселение в Сибирь - 1427 человек, отдано в солдаты - 345, в арестантские роты - 864, выслано во внутренние губернии - 4096 и еще 1260 чел уволено с должности административным порядком. В боях было убито около 10 тысяч мятежников. Кроме того, причастных к мятежу, но помилованных и освобожденных было 9229 человек. Приводим эти документально зафиксированные цифры для опровержения до сих пор успешно существующего мифа о сотнях тысячах казненных и сосланных поляков. Усмирение мятежа стоило России относительно малой крови: погибло 826 солдат и 348 умерло от ран, болезней или пропали без вести. Больше - до нескольких тысяч -погибло полицейских, сельских стражников, чиновников и представителей гражданского населения.
Однако Муравьев не только воевал и вешал. Он прибыл в Литву и Белоруссию с определенной программой. Своей задачей генерал-губернатор видел полную интеграцию края в состав империи. Главным препятствием этому было польское помещичье землевладение. Учитывая, что городское население края состояло в основном из евреев и поляков, единственной опорой русской власти в крае могло быть белорусское крестьянство.
Следовательно, для полной русификации края требовались поистине революционные меры по искоренению влияния местного дворянства и предоставление политических и социальных прав только что освобожденному крестьянству.
В какой-то степени стремление к подрыву неблагонадежного польского землевладения было присуще и прежним российским монархам. Большие конфискации владений магнатов и шляхты проводила еще Екатерина II. При Николае I после подавления восстания 1830-31 гг. также были предприняты карательные меры против польского дворянства. В частности, в пяти белорусских губерний было конфисковано 217 шляхетских имений с 72 тыс крепостных9. Однако в качестве социальной опоры власти империи пытались тогда создать здесь русское помещичье хозяйство. Эти попытки оказались неэффективными из-за сопротивления сохраняющего и численное, и экономическое преобладание польского дворянства. Теперь же Катков требовал сделать ставку на крестьянство.
Муравьев обложил налогом в 10% доходов шляхетские имения и собственность Католической церкви. Помимо этого дворянство должно было оплачивать содержание сельской стражи. (Можно представить себе ярость панов, оплачивающих стражу, состоящую из их же бывших крепостных!)
Одновременно Муравьев ликвидировал в крае временнообязанное состояние. Мировыми посредниками назначались православные. Наделы для крестьян были увеличены. Крестьяне Гродненской губернии получили на 12% земли больше, чем было определено в уставных грамотах, в Виленской - на 16%, Ковенской - на 19%. Выкупные платежи были понижены: в Гродненской губернии - 2 р. 15 коп. до 67 коп. за десятину, в Виленской - 2р.11 коп. до 74 коп., в Ковенской - 2 р. 25 коп. до 1 р.49 коп.10. В целом в результате реформ Муравьева в Белоруссии наделы крестьян были увеличены на 24%, а подати - уменьшены на 64,5%. Для усиления русского элемента в крае Муравьев ассигновал 5 млн рублей на приобретение крестьянами секвестированных панских земель.
О характере реформ Муравьева можно судить уже по указам, которые выпускал генерал-губернатор. Так, 19 февраля 1864 г. появился указ «Об экономической независимости крестьян и юридическом равноправии их с помещиками», 10 декабря 1865 г. К. П. Кауфман, преемник Муравьева на посту генерал-губернатора, полностью поддержавший его курс, издал красноречивый указ «Об ограничении прав польских землевладельцев». Помимо этого Муравьев издал циркуляр для чиновников «О предоставлении губернским и уездным по крестьянским делам учреждениям принимать к разбирательству жалобы крестьян на отнятия у них помещиками инвентарных земель».