Более четко обязанности Генштаба военного времени ГКО изложил в директиве от 10 августа. Согласно этой директиве Генеральный штаб являлся «центральным органом управления Народного комиссара обороны Союза ССР по подготовке и использованию Вооруженных Сил Союза ССР для обороны страны». Данная директива возлагала на Генштаб обязанности по разработке директив и приказов Ставки ВГК об оперативном использовании вооруженных сил, планирование действий на новых возможных театрах, организацию и руководство всей разведывательной деятельностью, разработку вопросов противовоздушной обороны (ПВО), разработку и руководство строительством укрепленных районов, руководство военно-топографической службой Красной Армии и снабжение всех войск топографическими картами, руководство оперативной подготовкой всех родов войск, штабов, служб и органов тыла, организацию и устройство оперативного тыла действующей армии, сбор и обработку материалов по изучению опыта войны, а также разработку приказов, директив и указаний по использованию этого опыта, организацию и руководство шифровальной службой Красной Армии и обеспечение скрытого управления войсками.19
После того, как началась война, ГКО и НКО существенно перестроили структуру Генерального штаба – в первую очередь удалив из нее все организации, не связанные напрямую с планированием и ведением военных действий.20 После этих изменений, внесенных по частям в 1941 и в начале 1942 года, Генеральный штаб 25 апреля 1942 года был реорганизован с созданием в нем семи управлений, трех отделов и группы офицеров Генштаба, действующих в полевых войсках. Эта структура сохранилась без особых изменений до самого конца войны. После описанной перестройки Генштаб состоял из оперативного (первого), разведывательного (второго) и организационного (третьего) управлений, а также управлений устройства оперативного тыла и строительства укрепрайонов, военно-топографического и шифровального. Кроме них, здесь имелось три отдела: военно-исторический, кадровый и общий, а также группа офицеров Генштаба Красной Армии на правах самостоятельного отдела Генерального штаба.21
В дополнение к работе специальных представителей Ставки, уже используемых Генеральным штабом для оказания помощи командованию фронтов и их штабам в оперативном планировании, Генштаб в 1942 году также начал напрямую посылать на длительное время небольшие группы офицеров в штабы действующих фронтов, армий, корпусов и даже некоторых дивизий. Такая посылка осуществлялась из расчета два офицера Генштаба на корпус, три – на армию и столько же – на действующий фронт. Эти группы офицеров оценивали боевую обстановку и условия в действующих соединениях и объединениях, докладывали Генштабу, насколько хорошо данные войска выполняют поставленные перед ними боевые задачи, а также помогали штабам координировать действия своих сил и управлять подчиненными войсками.22
По ходу войны ГКО и НКО поручали Генштабу и широкий спектр важных задач, не конкретизированных в положении от 10 августа 1941 года. В их число входили планирование, организация и руководство оперативной передислокацией войск, а также координация действий всех служб и штабов вооруженных сил с главными и центральными управлениями НКО. В области материально-технического обеспечения Генштаб совместно с НКО, Главным управлением тыла Красной Армии и военно-морским флотом формулировал требования к советской военной промышленности по производству тех или иных вооружений и боевой техники, представлял эти требования на одобрение и утверждение ГКО и Ставки, а также поддерживал тесные контакты с Госпланом и другими государственными органами, отвечавшими за материально-техническое обеспечение советских военных усилий в соответствии со стратегическими планами Ставки.
Кроме того, Генштаб также напрямую отвечал за состояние войск Красной Армии, особенно за адекватность их материального обеспечения и боеспособности. Он снабжал НКО рекомендациями по изменению структуры сил, руководил формированием и подготовкой резервных соединений и их своевременным использованием в контексте решений и планов Ставки. И наконец, Генеральный штаб на самом высоком государственном уровне готовил предложения, доклады и другие материалы, касающиеся военных вопросов, которые обсуждались на встречах глав государств и на конференциях союзных держав – особенно относящиеся к военному сотрудничеству между Красной Армией и войсками союзников.23
И в интеллектуальном, и в практическом плане одной из наиболее важных задач, выполняемых Генштабом во время войны, являлся сбор, анализ и использование (обобщение) военного опыта своих войск, а также применение данного опыта для подготовки приказов, инструкций, уставов и других материалов, предназначенных для повышения боевой отдачи Красной Армии. Этот обработанный опыт Генштаб распространял по вооруженным силам посредством издания исследований, информационных бюллетеней, сборников материалов [12] по использованию боевого опыта, сборников боевых документов и боевых примеров. Это огромное количество обработанных материалов боевого опыта также служило логическим обоснованием и практической основой для создания и использования новых и более действенных видов войск и войсковых структур, а также для разработки новых оперативных и тактических боевых приемов.24
В первый период войны Генеральный штаб возглавлял маршал Советского Союза Б. М. Шапошников, который в июле 1941 года сменил на этом посту Жукова, но ушел с него в мае 1942 года из-за болезни. Его преемниками стали генерал-полковник (с 18 января 1943 года – генерал армии, а с 16 февраля 1943 года – маршал Советского Союза) А. М. Василевский, сменивший Шапошникова в мае 1942 года и прослуживший начальником Генштаба до февраля 1945 года, и генерал армии А. И. Антонов, который стал преемником Василевского и оставался начальником Генштаба до 1946 года.25 В числе начальников важнейшего Оперативного управления были Василевский (пробывший на этом посту до апреля 1942 года, когда он стал первым заместителем начальника Генерального штаба), его преемник, генерал-лейтенант П. И. Бодин (возглавлял данное управление с апреля по декабрь 1942 года), генерал Антонов (пока его не назначили в мае 1943 года первым заместителем начальника Генерального штаба) и, наконец, генерал-лейтенант С. М. Штеменко, заместитель Антонова, который возглавлял это управление до конца войны.