Отряды хариджитов боролись против Омейядов, но более активно против Алидов. Они нападали даже на большие города, а после столкновения с войсками халифа уходили в болотистые и горные районы Ирана. Хариджитов поддерживали крестьяне и бедные горожане. С течением времени хариджиты стали очень нетерпимыми к мусульманам, не принимавшим их учения, что привело к значительному уменьшению поддержки населения. Идеологи хариджитов выдвинули лозунг, что дело каждого члена движения – постоянная борьба за осуществление их программы. Все другие, не поддерживающие хариджитов мусульмане, не имели права на спасение. Фанатичное крыло хариджитов воевало не только против власти халифа, но и против населения. У хариджитов появилось восемь группировок, в свою очередь распавшихся на более мелкие группы. При Аббасидах хариджитское движение полностью лишилось народной поддержки и быстро пошло на убыль.
Шиизм возник в первом столетии существования ислама. Первое время шииты составляли особую группу (по-арабски «шиа»), состоявшую из приверженцев Али, родственника Мухаммеда – посланника Аллаха. Они заявляли, что Али, родственник и зять Мухаммеда, имеет преимущественное право на верховную власть среди мусульман; после его смерти это право распространяется на его потомков. Шииты верили в то, что «божественная душа» может воплощаться в определенный период только в одном человеке. Этим человеком по верованиям шиитов мог быть только потомок пророка Мухаммеда, происходивший от Али и дочери Мухаммеда Фатимы. Этот избранный получил у шиитов название «имам», понимавших это слово, как «мессия».
Наследование халифата шииты основывали не на свободном выборе мусульманской общины, а на божественном праве, принадлежащем роду пророка Мухаммеда, «святой семье Али». Наследственный принцип передачи верховной власти они противопоставляли и захвату власти силой.
Священными городами шиитов считались Кербела – место гибели великомученика Хусейна, сына Али, и Неджеф, где находилась могила Али.
Шиитское учение быстро распространилось по иранским землям. Шииты считали Омейядов и Аббасидов узурпаторами, захватившими власть. Своими повелителями они признавали Али и его потомков. Род Али образовал династию шиитских имамов, которые не обладали политической властью, но считались духовными руководителями шиитской общины. Шииты признают двенадцать имамов. Первый имам – Али, второй – его старший сын Хасан, третий – сын Али Хусейн. Остальные имамы – потомки Хусейна. Последний двенадцатый имам Мухаммед последний раз упоминается в летописях в 873 году. Шииты верят, что Мухаммед исчез в таинственном ущелье и скрыт Аллахом в некоем недосягаемом месте. Там он будет находиться до тех пор, пока Аллах не пошлет его к шиитам – «скрытый имам» вернется, чтобы установить совершенный строй равенства и справедливости. Учение о «скрытом имаме» стало одним из основных догматов шиизма. Все шиитские правители и наставники считались представителями «скрытого имама». Шиитские имамы считались у последователей непогрешимыми в делах веры.
Шииты отвергают Сунну, у них есть своё священное предание – ахбар. В Средневековье, когда шиитов стали притеснять турки-сельджуки, принявшие суннизм, шииты, преследуемое религиозное меньшинство, разработали особую тактику, спасавшую их от преследований. В случае опасности шииты могли отрицать свою религиозную принадлежность – на словах, оставаясь в душе верными своему учению.
У суннитов существует учение о «Махди» – «тот, кого Аллах ведет по истинному пути». Мусульманский мессия явится, когда это будет угодно Аллаху, и установит справедливый строй.
В 786 году халифом стал Харун-ар-Рашид. Для укрепления государственной власти он создал особое войско, преданное халифу и отделенное от населения воспитанием, дисциплиной и образом жизни. Опале в Халифате подверглось много знатных семей, включая род наследственных визирей – главных министров, державших в руках экономику государства. Борясь со знатью, Харун-ар-Рашид потерял земли в Северной Африке; все попытки вернуть потерянное оказались неудачными.