Активная деятельность западных держав на Ближнем Востоке сопровождалась пропагандой католицизма и протестантизма в Палестине. Это не было не замечено в России и стало дополнительным аргументом в пользу желания действовать в защиту православия. ”Бедствия христианской церкви, — писал вице-канцлер К.В.Нессельроде в июне 1842 года в докладе Николаю I, — зависят не от одного лишь мусульманского владычества, они также имеют причины: 1) стремление католиков и протестантских миссионеров к распространению своих вероисповеданий; 2) недостаточность нравственных и материальных средств греческого духовенства”. Петербургский кабинет признал полезным ”присутствие в Иерусалиме благонадежной образованной особы из российского духовенства”.
В развитие этого решения в 1843 году за счет министерства иностранных дел России в Иерусалим под видом паломника Синодом был направлен архимандрит Порфирий Успенский, знакомый с ситуацией на Ближнем Востоке. В Центральном государственном историческом архиве (в Санкт-Петербурге) хранится ”Дело о назначении стоящего при Венской миссии архимандрита Порфирия в Иерусалим в виде поклонника для поддержания на Востоке православия…”. В своих донесениях Синоду, которые последний передавал в российский МИД, Успенский настойчиво рекомендовал правительству России открыть в интересах русских паломников и православия в Иерусалиме русскую духовную миссию. В 1847 году постановлением Синода была учреждена Русская духовная миссия, которая 17 февраля 1848 года прибыла в Иерусалим. В ее составе был кроме Порфирия Успенского иеромонах Фесфан Говоров и два студента — Н.Крылов и П.Соловьев.
Русская миссия не только действовала в поддержку православия и обслуживания паломников на Святой Земле, но и фактически выполняла роль дипломатического и консульского представителя российской державы. Ведь поток русских паломников возрастал с каждым годом. Если до 1820 года Святую Землю ежегодно посещали до 200 русских паломников, то в начале 40-х годов — до 400 человек. Так что работы малочисленной миссии хватало.
В 1848 году идею создания ”всероссийского неправительственного Палестинского комитета для поддержания православия в Сирии и Палестине” высказывали известные в то время путешественники на Ближний Восток, авторы описаний своих поездок ”по Святым местам” — А.С.Норов и А.Н.Муравьев. Российский МИД, по словам украинского востоковеда и академика А.Е.Крымского (1871–1942), ”питал опасения”, что действия Палестинского комитета могут пойти вразрез с линией дипломатических представителей и породят путаницу и неразбериху на Ближнем Востоке. Поэтому поданная царю Николаю I руководителем Русской духовной миссии в Иерусалиме архимандритом Порфирием записка с соответствующим ходатайством была отклонена царем с рекомендацией глубже обдумать эту идею.
Начавшаяся в 1853 году Крымская война прервала общение России с Ближним Востоком. Порфирий Успенский был отозван на родину. За время войны и особенно после ее трагического завершения для России католическая пропаганда приняла в Святой Земле особенно значительные размеры. В Палестине появились монашествующие и полумонашествующие ордена: лазаристы, кармелитки, сёстры Св. Иосифа, сёстры ”святых сердец Иисуса и Марии” и др.
Однако Россия не желала отставать от своих конкурентов. И в конце 50-х годов прошлого века Русская духовная миссия, вернувшись в Иерусалим, вновь попыталась развернуть свою деятельность как в самой Палестине, так и в соседних Сирии, Ливане и Египте. Из-за увеличения числа паломников (в 1858 году их было уже 800 человек) еще в 1857 году было установлено прямое пароходное сообщение. Пароходы Российского общества пароходства и торговли регулярно ходили из Одессы до Яффы.
В 1858 году в Иерусалиме открылось русское консульство, а в Петербурге был создан Палестинский комитет, основной задачей которого стало ”изыскание новых и особых денежных источников, которые могли бы быть обращены на улучшение нашего материального положения на Востоке и всей обстановки, определяющей там наше значение”. С марте 1858 по октябрь 1863 года в России было собрано более 1 млн. рублей пожертвований. Эти народные деньги пошли на покупку в Палестине земельных участков, строительство и содержание там церквей, больниц и школ. Деньги собирались в церквах, на ярмарках, среди русских предпринимателей.