В результате в ночь на 18 ноября три члена Директории – Авксентьев, Зензинов и Аргунов, а также товарищ министра внутрененних дел Роговский были группой офицеров во главе с казаками Волковым, Красильниковым и Катанаевым неожиданно арестованы. Молва говорила, что за их спиной якобы принимал деятельное участие в аресте министр финансов Михайлов.
Тотчас же по получении сведений о совершившемся собрался совет министров и, ввиду создавшегося острого положения и боязни эксцессов в эту трудную минуту, решил, взяв всю полноту власти в свои руки, передать ее затем в руки военного, который только один мог поддержать порядок. Намеченных кандидатов оказалось двое: генерал Болдырев и вице-адмирал Колчак. Первый получил, однако, лишь один голос, почему Колчаку была вручена верховная власть, которую он принял после блестящей патриотической речи, произведшей огромное впечатление на всех присутствующих.
Арестованных чинов Директории Колчак хотел тут же выпустить на свободу, взяв лишь обязательство с них о немедленном выезде из пределов Сибири, на что, однако, арестованные не согласились, боясь эксцессов со стороны военных, настроение которых было повышено. Через несколько дней арестованные под иностранной охраной были вывезены в Китай. Как говорят, Колчаком было им ассигновано по 75 тысяч рублей на дорогу каждому, что по тогдашнему курсу составляло солидную сумму и на иностранную валюту. Колчак, считая недопустимым покушение на верховную власть, предал офицеров, произведших «coup d’etat», военному суду, который, однако, вынес им оправдательный приговор.
Конечно, во всем этом было много неестественного, явно несообразного и логически непоследовательного, но не нужно забывать той нервозности, окружающей центр политической жизни, того недоверия, которым были проникнуты многие борющиеся с большевизмом в то время, и опасений предательства со стороны лиц, допустивших Ленина, почти без сопротивления, к власти.
Верховным Правителем Колчак признан был окраинами не сразу. Атаман Дутов, командующий Приамурским корпусом на Дальнем Востоке, генерал И ванов-Ринов, атаман Анненков ему подчинились, генерал Хорват, находившийся в Харбине, тоже его признал, выговорив лишь себе автономное положение и название Верховного уполномоченного. Но атаман Семенов и Калмыков долго боролись против его власти, не желая признавать его, и лишь к лету 1919 года этот вопрос уладился, но, конечно, это принесло немало вреда ходу последующей борьбы. В Чите была выпущена специальная брошюра (изд. русских патриотов) под заглавием «Адм. Колчак и атаман Семенов». Одна из статей этой брошюры говорит об отношении к Омску. Она озаглавлена «Что делать с Колчаком?» и гласит: «Граждане! Теперь тяжелый политический момент и не таким грязным и больным людям, как адмиралу Колчаку, быть нашим Верховным Правителем… Долой его! Сам Колчак – это олицетворение честолюбия – добровольно не уйдет, нужно его убрать… Помните, граждане, что с появлением у власти Колчака большевизм уже поднимает голову…»
Конечно, такое отношение к центральной власти служить к ее укреплению не могло. Само собой понятно, что Колчака не признал и Комитет Учредительного собрания, но фактически тогда ни территории, ни организованного аппарата, ни военной силы в его распоряжении не было, и потому сопротивление комитет оказывал лишь прокламациями, призывающими к восстанию.
Структура управления сложилась следующим образом: верховная власть была в руках Верховного Правителя адмирала Колчака (он же был и Верховным главнокомандующим), исполнительная власть оставалась у совета министров, постановления которого утверждались Верховным Правителем. Наложение им «вето» в течение зимы 1918/19 года было всего лишь два раза. Все законоположения, ассигновки и высшие персональные назначения (кроме боевых) проходили через совет министров. Центр государственного аппарата, нужно сказать, действовал хорошо, конституционные гарантии были налицо, но на местах влияние центра чувствовалось слабо; там царил произвол и дело абсолютно налажено не было.