Атамана Дутова в это время на фронте не было. Занятый внутренними делами войска, он вынужден был оставаться в Троицке, а затем, по соображениям высшей политики, уехал в Омск. По должности командующего армией его временно заменил начальник штаба генерал-майор Вагин, который со штабом переехал в Орск; а в исполнение обязанностей войскового атамана вступил генерал-лейтенант Тимашев.
В двадцатых числах мая на участках 1-го и 2-го Оренбургских казачьих корпусов снова произошли ожесточенные бои, в которых ни одна из сторон решительного успеха не имела. Но казаки ни за что не хотели отказаться от мысли овладеть Оренбургом, хотя в последних боях выяснилось, что красные в Оренбургском районе значительно усилились. Командиры 1-го и 2-го Оренбургских казачьих корпусов, действовавшие до сих пор не вполне согласованно, стали готовиться к новой операции по овладению Оренбургом.
Для свободного маневрирования и взаимной поддержки было наведено через реку Урал два моста; принимались меры к возможно быстрому пополнению в частях боевых запасов; изучались до мельчайших подробностей подступы к Оренбургу; делались съемки местности; вычерчивались кроки; устанавливались батареи; производилась перегруппировка войска. Принимались меры и морального порядка: офицеры и заведующие в частях культурно-просветительными отделами вели с казаками и солдатами беседы, в которых разъясняли смысл происходивших событий, усиленно печатались и распространялись среди войск и населения, а также перебрасывались к красным приказы, воззвания, газеты. Одновременно с наступлением на фронте предполагалось выбросить конную группу на правый берег реки Урала (к западу от Оренбурга) для разрушения железной дороги (Оренбург – Самара) и нападения на противника с тыла.
В общем, намечалось повести на Оренбург методическое наступление, которое должно было завершиться конным ударом с фронта и с тыла. Всем казалось, что намеченная операция сулит несомненный успех, и падение Оренбурга ожидалось со дня на день; но 20 мая из Омска пришел приказ о расформировании Оренбургской (Юго-Западной) армии.
Этим же приказом создавалась новая – Южная армия, в состав которой должны были войти (после некоторых переформирований и перегруппировок) все части Оренбургской (Юго-Западной) армии и Южной группы, выделенной из Западной армии. Командующим Южной армией назначался Генерального штаба генерал-майор Белов (командовавший Южной группой). Штаб Оренбургской (Юго-Западной) армии расформировывался, и часть чинов штаба поступала на формирование разных учреждений Южной армии; остальные зачислялись в резерв. Командующий Оренбургской (Юго-Западной) армией генерал-лейтенант Дутов получал новое назначение – походного атамана всех казачьих войск и инспектора кавалерии, с оставлением войсковым атаманом Оренбургского войска.
Весеннее наступление Сибирской и Западной армий – в составе которой действовали лучшие Оренбургские казачьи полки – увенчалось большими успехами: были взяты Пермь и Уфа; части Сибирской армии переправились на правый берег реки Камы и угрожали Вятке и Казани; Западная армия приближалась к Симбирску и Самаре; начал оживляться и фронт уральских казаков; появились надежды на соединение армий Восточного фронта с Северной (Архангельской) и Добровольческой (Юга России) армиями. Победы на Восточном фронте за рассматриваемый период способствовали укреплению власти Омского правительства и высоко подняли имя Верховного Правителя адмирала Колчака.
Оставление оренбургскими казаками Оренбурга и недостижение крупных успехов на Оренбургском фронте умалили престиж атамана Дутова и Войскового правительства Оренбургского войска как в Сибири, так и среди казаков. С весны 1919 года в омских казачьих кругах не раз возникала мысль о созыве казачьего съезда и о создании центрального казачьего органа при Всероссийском (Омском) правительстве. Еще во время Директории в Омске было образовано Главное управление по казачьим делам, которое по своей конструкции мало чем отличалось от бывшего Главного управления казачьих войск. Но при новом Главном управлении состояло Особое совещание из выборных представителей от всех восточных казачьих войск, которое возбуждало и обсуждало разные вопросы по казачьим делам. Председателем Особого совещания состоял начальник Главного управления по казачьим делам генерал-майор Б.И. Хорошхин (Уралец), который входил в состав совета министров на правах товарища министра. В Особом совещании как раз и разрабатывались проекты о казачьей власти и о казачьем съезде, но последующие события на фронте не позволили приступить к практическому осуществлению этих начинаний.