К рассвету 1 сентября вниз по течению от румынских укреплений находилось еще большое количество судов. В дальнейшем они также были проведены с помощью подошедших двух артиллерийских барж. Тяжелый ночной бой полностью нарушил боевой порядок. Во главе колонны уже не было сильной группы кораблей. «Майнц», буксировавший «Uj 110», получил несколько попаданий снарядами и затонул. Одна БДБ, подошедшая к тонущему буксиру, тоже попала под сильный артиллерийский обстрел и погибла. На кормовую часть этой баржи наткнулась другая баржа, но смогла освободиться и продолжить движение. «F 534» подошла к борту «Uj 110», и, таким образом, оба судна продолжали движение. Флагманский корабль, после того как в 09.56 еще одним попавшим в него снарядом ему повредило руль, представлял собой остов. В 10.35 оба корабля стали на якорь у Прахова ниже по течению Железных Ворот. При Калафате погибло 20 кораблей, осталось еще 172 корабля.
Таким образом, прорыв у Калафата удался при значительных потерях в кораблях. Хотя вскоре после открытия огня в 20 часов в результате взрыва боеприпасов удалось привести одну румынскую бронированную башенную батарею к молчанию, немецкое соединение встретило губительный обстрел других башен. Из-за сильного течения скорость кораблей снизилась до 2 узлов, и только темнота спасла корабли от полного уничтожения.
В районе Прахова, в маленьком рыбачьем поселке, стали выгружать раненых. 1600 раненых пришлось разместить прямо под открытым небом на кукурузных полях. Затем с помощью двух сохранившихся плавучих мастерских начали устранять повреждения, полученные кораблями. Одновременно с этим вышедшие на берег солдаты стали устанавливать выгруженные легкие пушки на позициях на ближайших высотах и вдоль дороги на Неготин. Район Прахова и его гавань были подготовлены к обороне. На БДБ возложили задачу охранения водного района. В это время с левого берега Дуная румынская артиллерия вела артиллерийский огонь по немцам, пытаясь помешать их действиям.
Вечером контр-адмирал Циб вылетел на самолете «Шторьх» в Белград к генерал-фельдмаршалу Вайхсу. Тот ему сообщил, что район Железных Ворот уже занят русскими и для того, чтобы двигаться дальше, необходимо сначала взять Железные Ворота. В этих целях к району Железных Ворот с севера идет группа войск под командованием генерала Батцинга. С юга атака будет производиться частями майора Рее. Одновременно по Дунаю в район Железных Ворот будет прорываться 7-я десантная флотилия. Эта атака состоялась 5 сентября 1944 г. 7-я флотилия, усиленная паромами Зибеля, под командованием капитана 3 ранга Шелтерса предприняла попытку атаковать румынские позиции. При этой попытке было потеряно много саперных катеров. Атаки обеих сухопутных боевых групп окончились безрезультатно. После этого усиленный батальон Рее и его многочисленные танки пришли на усиление обороны Прахова. Тем временем контр-адмирал Циб прилетел из Белграда. С этого момента оборона Прахова перешла к майору Рее. Началась эвакуация раненых, женщин и детей через Неготин.
Вскоре после начала атак в районе Железных Ворот в Прахово прибыл начальник инспекции минно-тральной службы на Дунае капитан 1 ранга Лаутеншлегер. После того как выяснилось, что пройти Железные Ворота невозможно, он приказал потопить все корабли. При выполнении этого приказа пришел противоположный по своему характеру новый приказ, согласно которому следовало прекратить не только затопление судов, но и отправку 1200 гражданских лиц, в том числе женщин и детей. Этот последний приказ оказался чистейшей глупостью. Контр-адмирал Циб послал на самолете свою секретаршу в Белград, где она должна была добиться отмены этого приказа. Тем временем очередная партия эвакуированных была отправлена на поезде, а следующая была задержана. Вышедший поезд впоследствии подорвался на мине, подложенной партизанами, и сошел с рельсов, в результате чего было убито 30 человек. Оставшихся в живых переправили в ближайший город, который в ту же ночь был взят партизанами. Майор Рее в своем докладе в Белград, переданном через секретаршу Циба, предлагал эвакуировать Прахово. Не получив в ближайшие два дня ответа, контр-адмирал Циб 7 сентября снова вылетел в Белград, где ему стало известно, что полк «Бранденбург» в ближайшие дни прибудет в Прахово и обеспечит затопление кораблей и отправку людей. Действительно, через несколько дней этот полк появился, но расквартировался в Неготине. Тем временем русские и румынские войска перешли Дунай и стали сосредоточиваться на южном берегу. Затопление всех кораблей оказалось уже невозможным. Русские захватили 12 груженых судов. Полк «Бранденбург» и остатки группы Циба в течение пяти недель в условиях постоянных атак партизан и авиации пешком добирались до Белграда.