В середине марта 1945 г. немцы предприняли крупный контрудар, который принес некоторый временный успех и закончился захватом на несколько суток города Шиофак вместе с верфью, на которой стоял захваченный русскими большой моторный катер. Русское наступление, предпринятое в конце марта 1945 г., переросло затем в прорыв немецкой обороны к северу от озера. Так как сухопутный фронт был раздроблен, естественно, не возникало необходимости в удержании озера, а 25 марта 1945 г. суда были затоплены открытием кингстонов. Взрывающиеся катера и штурмботы удалось своевременно вывезти. Экипажи кораблей флотилии отходили вместе с немецкими войсками. Оборона озера Балатон немецко-румынскими ВМС стоила им одного убитого из состава группы Иллей, который погиб в результате падения на него невзорвавшейся бомбы при налете советской авиации.
Оборона озера Балатон, на которую 15 декабря 1944 г. обратил внимание Гитлер на совещании в ставке, зависела, как и все подобные операции, в конечном счете от хода военных действий на суше к северу и югу от озера. На озере Балатон имелись части вооруженных сил, принадлежащих, по крайней мере, четырем государствам, не объединенные единым командованием. Укомплектованные немецкими экипажами два венгерских теплохода имели ограниченное военное значение, поскольку были очень слабо вооружены. Особенно бессмысленной была отправка на озеро 24 взрывающихся катеров, для которых здесь не могли найтись достойные цели. Казалось странным, что венгры делали на озере Балатон большие минные постановки и в то же время ощущался большой недостаток мин для постановки заграждений на Дунае!
Еще в марте немецкие суда ходили вдоль берега, занятого русскими, и пытались привлечь внимание русских передачами и сентиментальной музыкой через громкоговорители, склоняли их к переходу к немцам. Это было доказательством того, что немцы даже в марте 1945 г. оптимистически оценивали положение на фронтах.
Русские, по-видимому, не интересовались ведением войны на озере Балатон вообще. При этом они, конечно же, исходили из предположения, что рано или поздно в результате крушения сухопутного фронта оно полностью перейдет к ним. Для Германии и Венгрии оборона озера Балатон вызывалась не только тактической и стратегической необходимостью, но и экономической заинтересованностью в связи с наличием к северу от озера венгерских и австрийских нефтяных промыслов.
Немецко-венгерской Дунайской флотилии, остатки которой собрались в районе, расположенном выше Железных Ворот, после затопления судов «группы Циба» приходилось приспосабливаться к новым сложившимся условиям обстановки. Первая задача, возникшая перед флотилией в этих условиях, состояла в том, чтобы очистить сербскую часть Дуная от партизан Тито, движение которых в этом районе все более расширялось.
Вскоре за этим необходимо было обеспечить вывод из этого района в верховьях Дуная многочисленных судов с ценными грузами, которые могли попасть к русским. Первый конвой более чем из 100 различных судов, сформированный из 10 буксируемых караванов, вышел из Белграда и Землина в условиях, когда там уже шли бои и левый берег находился в руках русских. Колонна судов длиной 7 км во главе с «Бехеларен» (капитан 3 ранга Кошу) медленно с боями шла вверх по течению. Несмотря на артиллерийский огонь, сбрасывание мин и пулеметный огонь, конвою удалось достигнуть Венгрии. Было доставлено свыше одного миллиона тонн зерна, топлива, табака и военных материалов. При выходе конвоя из Белграда и Земуна несколько буксируемых судов получили повреждения от артиллерийского огня и один танкер был уничтожен. С прибытием в Венгрию торговые суда были направлены дальше в Вену.
Когда русские уже продвинулись к Будапешту и вышли к Байя, Дунайской флотилии удалось провести в ночное время мимо русских еще один конвой в 70 судов. Суда прошли в Будапешт, но попали в руки русских, когда город капитулировал.
Германские корабли, действовавшие на Дунае, сосредоточились в Будапеште и образовали две ударные группы. Венгерская Дунайская флотилия перешла в подчинение Инспекции минно-тральной службы на Дунае.
Русские продвигались по Дунаю медленно. Казалось, что они, главным образом, занимались тралением минных заграждений и перевозкой военных грузов. Тем не менее советские корабли и десантные части 29 сентября 1944 г. участвовали в занятии города Радуевач и 20 октября 1944 г. — Белграда.