Чтобы восполнить недостаток в кораблях, пригодных для действий на речных театрах, немцы осенью 1944 г. передислоцировали на Дунай малые боевые средства и создали из них две группы, находившиеся в распоряжении групп ВМС «Юг» и «Юго-Восток». Одна группа в период с ноября по декабрь 1944 г. находилась в районе Будапешт — Вена — Линц, а также на озерах Балатон и Нейзидлер. Она провела значительные работы на Дунае по взрывам различных объектов, а затем при обеспечении отхода из Вены понесла значительные потери; часть кораблей попала в русский плен.
Вторая группа кораблей действовала на реке Драва. Она состояла из роты взрывающихся катеров, штурмовой морской роты и роты подрывников, имевших на вооружении комплект торпед. В феврале 1945 г. эта группа катеров прибыла в Аграм. Первая задача, которая возникла перед ней, состояла в уничтожении русского понтонного моста, расположенного на Дунае в 30–40 км от устья Дравы. Выход катеров осуществлялся из устья Дравы. Атака не удалась, немцы потеряли несколько катеров. Затем катера действовали некоторое время к югу и северу от Нойзатца. В дальнейшем эти действия были прерваны переходом русских через Дунай и начавшимся их наступлением. Катера своевременно вскрыли подготовку русских к форсированию и доложили об этом. Однако командование армейских соединений посчитало наступление русских маловероятным.
Соединения малых боевых средств временно базировались в Раабе, Комморне и Карме, а затем — в Гензерндорфе под Веной. После боевых действий на Дунае в середине апреля по Саве должна была последовать еще одна операция на Дунае. Но ее пришлось отложить из-за советского наступления, и уже развернутые мелкие боевые корабли начали отступление на Клагенфурт, чтобы сдаться в плен англичанам.
29 марта 1945 г. немецкое главнокомандование сообщило, что взрывающимися катерами «Линзен» на Дунае в районе Нойзатца потоплено 4 речных судна и взорван склад боеприпасов, а 9 апреля 1945 г. в сообщении штаба хорватских вооруженных сил сообщалось о действиях речной флотилии против одной советской базы на Дунае, в результате которых были взорваны русские укрепления. Наконец, 10 мая 1945 г. морские части особого назначения захватили мост через р. Драва и удерживали его в течение времени, которое было необходимо для отступающих немецких войск.
В целом использование малых боевых средств на р. Драва не дало ощутимого результата. Громкий шум моторов в большинстве случаев выдавал подходившие катера, а относительно небольшая ширина реки не позволяла укрыться от огня противника.
Действия венгерской Дунайской флотилии в 1944–1945 годах с самого начала зависели от переговоров о перемирии, проводившихся адмиралом Хорти, общей усталости от войны и внутренним расколом Венгрии после привода немцами к власти правительства «Скрещенных стрел». 16 ноября 1944 г. венгры сформировали так называемую штурмовую бригаду (генерал-майор Трунивальтер), которая состояла из трех штурмовых батальонов (1-й и 3-й батальоны, один запасной батальон), 16-ro батальона пограничников, роты жандармов, батареи реактивных минометов и роты обычных минометов, а также из 6 полевых орудий калибра 80 мм. Эта бригада имела задачу не допустить переход русских войск через Дунай в районе между Паксом и устьем р. Драва. В последующем для этой бригады линия обороны была сокращена, поскольку к югу от Неметболи развернули 4-ю немецкую бригаду войск СС. 30 ноября русские подошли к Дунаю во всем этом районе. Немцы отошли, но, по данным венгров, не предупредили их об этом. Вслед за этим штурмовая бригада была атакована русскими и разбита. Остатки этой бригады в дальнейшем действовали на озере Балатон (венгерский отряд Иллей) и участвовали в обороне Будапешта, при которой были уничтожены несколько рот. Остатки бригады (группа, действовавшая на озере Балатон, и три роты) отступили в Австрию вместе с немецкими войсками и были взяты в плен американцами.