Имеется довольно большое число упоминаний хапиру в письмах на аккадском языке из Амарнского архива (XIV в. до н. э.), адресованных египетским фараонам вассальными правителями Сиро-Палестины. В большинстве из них используется шумерограмма SA.GAZ, в некоторых — слово ḫāpiru (m). Начальный звук ḫ в аккадской передаче этого слова не является оригинальным. Он появился вследствие того, что ещё в дописьменный период аккадский язык утратил все гортанные согласные кроме ḫ (и ’ в некоторых положениях), поэтому гортанные звуки в словах, заимствованных из других семитских языков, аккадяне могли передавать только при помощи ḫ. В западносемитском же оригинале слова хапиру начальным согласным был ‘ (айн), о чём свидетельствует передача этого слова в угаритском («pr) и египетском языках, которые этот гортанный звук сохраняли. В египетских источниках XV — XII вв. до н. э. слово хапиру передаётся как «pr. w: корень «pr + формант множественного числа w (перепёлка) + детерминатив «множество людей» (сидящий на корточках человек и три черты).
Таким образом, в качестве западносемитского оригинала слова хапиру мы получаем трёхсогласный корень ‘-b/p-r, который полностью соответствует корню «br, лежащему в основе этнонима «еврей». Глагольный вид этого корня, согласно масоретской вокализации «aḇar, означает «пересекать», «переходить», «нарушать», «совершать преступление». Бытует точка зрения, согласно которой производное от этого глагола прилагательное «iḇri («еврей») служило обозначением для кочевых аморейских племён, переселявшихся из Месопотамии в Сиро-Палестину, потому что при этом переселении они пересекали реку Евфрат. Однако, ввиду тождества корня этого слова с корнем слова хапиру, гораздо более вероятно, что в основе слова «iḇri лежит более отвлечённый смысл — «совершать преступление», а само оно означает «преступник», «разбойник» и, таким образом, по смыслу полностью соответствует аккадскому и шумерскому эквивалентам слова хапиру.
Предположение это подтверждается особенностями использования слова «еврей» в ЕБ. Во-первых, оно употребляется очень редко. В текстах Еврейской Библии слово «iḇri и производные от него встречаются всего лишь 34 раза (Быт. 14, 13; 39, 14, 17; 40, 15; 41, 12; 43, 32; Исх. 1, 15, 16, 19; 2, 6, 7, 11, 13; 3, 18; 5, 3; 7, 16; 9, 1, 13; 10, 3; 21, 2; Втор. 15, 12; Иер. 34, 9, 14; 1 Цар. 4, 6, 9; 13, 3, 7, 19; 14, 11, 21; 29, 3; Ион. 1, 9). Во-вторых, оно почти всегда используется при описании столкновений между евреями и инородцами, т. е. имеет черты экзонима. В-третьих, персонажи, к которым оно применяется, это почти всегда живущие на чужой земле бродяги, рабы, мятежники, наёмники, беглецы, т. е. люди, находящиеся вне обычного правового поля. Трудно признать случайным совпадение этого набора смыслов с набором смыслов, которые во II тысячелетии до н. э. вкладывались в слово хапиру.
Совпадение формы и содержания позволяет заключить, что этноним «еврей», по всей видимости, действительно связан по своему происхождению со словом хапиру, восходящему к западносемитскому корню ‘-b/p-r. Малодоступное Иудейское нагорье, где в эпоху позднего бронзового века возникло ханаанейское племенное объединение Израиль, должно было быть привлекательным в качестве убежища для хапиру. Вероятно, из-за их значительного количества, обосновавшегося там, всё население Израиля стало у его соседей называться их именем. Это название, первоначально бывшее экзонимом, постепенно было усвоено самими израильтянами и стало использоваться ими в некоторых случаях применительно к себе.
Помимо того, что Иаков и Израиль изначально были праотцами двух разных племён, представление о происхождении евреев от общего мужского предка, жившего во II тысячелетии до н. э., опровергается данными современной генетики. Исследование ею Y-хромосомы позволяет установить происхождение по мужской линии любой человеческой популяции в зависимости от распространённых в ней гаплогрупп. Среди современных евреев наиболее распространены переднеазиатские мужские гаплогруппы J1 (ок. 20 %), J2 (ок. 25 %) и E1b1b (ок. 25 %), остаток же приходится на смесь европейских и азиатских гаплогрупп R1a, R1b, G, Q1 и др. Из них коренной семитской является гаплогруппа J1, которая широко распространена у арабов (йемениты — 76 %, саудиты — 64 %), а также преобладает у когенов, считающих себя потомками жрецов Иерусалимского храма (46 %). Гаплогруппа J2, по всей видимости, возникла севернее, чем J1, предположительно в восточной Анатолии. Она чаще всего встречается у вайнахов (ингуши — 87 %, чеченцы — 55 %), с меньшей частотой также у других переднеазиатов. Её носителями являются 14 % когенов. Гаплогруппа E происходит с северо-востока Африки. Она отделилась от гаплогруппы J примерно 30–40 тысяч лет назад. J, в свою очередь, разделилась на J1 и J2 позже, но в любом случае за многие тысячи лет до предполагаемого времени жизни патриарха Иакова-Израиля. Из современных евреев на происхождение от общего мужского предка, жившего во II тысячелетии до н. э., могут претендовать лишь считанные проценты.