Другие пилоты «Штук» все же смогли добиться двух прямых попаданий в корабль. Одна бомба пробила палубу и упала в каюту, но не взорвалась и потом была выкинута за борт матросами. Вторая тоже пробила палубу и взорвалась в каютах начсостава. Близкие разрывы вызвали многочисленные повреждения корпуса и надстроек, а также течь в дифферентном отсеке № 1.
Тем временем вторая группа штурмовиков во главе с Динортом довольно удачно отбомбилась по линкору. В корабль попали две бомбы: одна – в палубу над казематом № 10, а вторая – в крышу башни главного калибра № 3. В последней образовалась пробоина размерами 60 на 70 см, а плита боковой стенки сдвинулась на 3 см. Однако в целом бронезащита дредноута выдержала удар. В ходе налета также пострадали и береговые сооружения, в частности, был разрушен цех № 9 Морзавода, а в углу Военной гавани был потоплен буксир КП-36 «Фигаро».
В 21.45, уже в темноте, над Кронштадтом снова послышался гул моторов. Но на сей раз это были «Хейнкели» из I./KG4, которые несли под фюзеляжами донные мины LMB и ВМ1000. Как сообщается в документах 1-го воздушного флота, целью миссии было с «помешать уходу красного флота в Швецию». По докладу экипажей, из девяти мин LMB пять были успешно поставлены на рейдах, еще три рядом с ними, а одна взорвалась в юго-восточной части Кронштадта. Из восьми «Моник» только две достигли цели, остальные разорвались на суше и при ударах о молы и отмели. Но главное, что эта минная постановка окончательно решила судьбу лидера «Минск». Одна из донных мин взорвалась всего в 40 м от корабля, подняв огромный столб воды и вызвав большую волну. Огромная волна накрыла корабль, и без того находившийся в критическом полузатопленном положении, раскачав корпус и залив еще не заполненные водой отсеки. «Минск» начал постепенно погружаться в воду с креном на левый борт и в 00.15, оборвав швартовые тросы, затонул на глубине 8,5 м. К утру над поверхностью остались торчать только часть его надстроек, трубы и мачты.
Безусловно, самой серьезной потерей Балтийского флота в этот день стал «Марат». Носовая часть корабля от форштевня до 20-го шпангоута лежала на грунте с креном на левый борт. Основная часть от 57-го шпангоута находилась на плаву с креном на правый борт. Но поскольку высота борта была 14 м, а глубина в этом месте составляла 11 м, верхняя палуба вместе с настройками и уцелевшими орудийными башнями осталась над водой. Позднее начались работы по переоборудованию останков линкора в плавучую артиллерийскую батарею.
После понесенных потерь командование Балтфлота находилось в состоянии близком к панике. Вице-адмирал Владимир Трибуц приказал перевести все корабли, способные двигаться (отнюдь не в Швецию, как опасался Гитлер!), в устье Невы. 24 сентября туда уплыли крейсер «Киров», три уцелевших эсминца и несколько вспомогательных судов. Считалось, что противовоздушная оборона Ленинграда сильнее, чем в Кронштадте, и там им будет безопаснее. Для защиты остававшихся в Кронштадте кораблей 24 сентября на аэродром Бычье Поле (в западной части острова) прибыл 71-й ИАП ВВС Балтийского флота. Он был вооружен истребителями И-16 и И-153. На следующий день туда перевезли артиллерийские батареи 6-го ЗенАП.
Тем временем воздушные атаки против военно-морской базы продолжались. Утром 26 сентября Кронштадт бомбили 12 Ju-88. В результате было разрушено нефтехранилище, сгорел стоявший рядом с ним пароход «Бирута».
На следующий день люфтваффе предприняли еще один налет, в котором участвовали Ju-87B/R из III./StG2 и Ju-88A из KG77 – 42 самолета. Они появились над островом в 17.32. Основной целью налета опять был линкор «Октябрьская революция». Бомба SC500 пробила мостики фок-мачты и взорвалась на палубе перед башней главного калибра № 2. Были повреждены барбет и механизмы башни, она оказалась заклиненной и вышла из строя. Помимо этого, линкор подвергся неконтактному воздействию 98 взрывов бомб на расстоянии до 25 м от борта. От взрывной волны и сотрясений внутри корпуса сорвало многие механизмы, помяло обшивку и переборки, помпы почти непрерывно откачивали из трюмов воду. В результате всего этого ущерба старый дредноут был выведен из строя и потерял способность самостоятельно передвигаться. Но не утонул!