Несколько лучшим по сравнению с истребителями было положение в полках ударной авиации. 40-й бап вел свою историю с весны 1938 г. и к моменту начала войны являлся крепко сколоченной частью. Только 1-я эскадрилья являлась учебной. Увы, первые современные бомбардировщики типа Пе-2 в количестве пяти прибыли в полк в первый день войны. Кроме того, как мы уже отмечали, накануне войны полк лишился 3-й эскадрильи. 2-й мтап сформировали только весной 1940 г. и к июню 41–го 4 и 5-я его эскадрильи все еще числились в разряде учебных. Всего же из 110 экипажей 63-й бабр к 1-й линии относились 33 (30%), 2-й — 42 (38%) и учебным — 35 (32%).
Помимо практически полного отсутствия новой техники и большого количества необученных летчиков, с точки зрения последующего повествования, ВВС ЧФ имели и иные проблемы. К ним следует отнести, во-первых, крайнюю разношерстность авиационной техники, особенно в истребительной авиации. Как правило, каждый из авиаполков располагал самолетами всех типов, которые только имелись на вооружении советской авиации. Даже многие эскадрильи имели по два типа самолетов. Особенно заметным это стало после начала войны, когда на флот стали прибывать истребители новых типов. Командование ВВС ЧФ не стремилось концентрировать технику одного типа в отдельных полках, равномерно «размазывая» ее по всем частям. Это создавало большие трудности не только в снабжении самолетов запасными частями, но и создавало трудности в боевом применении, поскольку самолеты разных эскадрилий даже одной части не всегда могли взаимодействовать друг с другом из-за разности в летных ТТХ машин.
Во-вторых, большинство стационарных аэродромов морской авиации находилось в районе Севастополя и Феодосии, откуда тяжело было достигнуть районов вскоре развернувшихся боевых действий. Бомбардировщикам приходилось летать без сопровождения истребителей, что часто приводило к неоправданным потерям. В результате для истребителей пришлось оборудовать временные полевые аэродромы в северной части Крыма, что, конечно же, облегчалось условиями выжженной солнцем и гладкой, как стол, степью, но вовсе не отменяло сложностей по доставке боеприпасов и горючего.
В-третьих, до начала войны черноморские летчики совершенно не отрабатывали штурмовых действий по наземным целям, не говоря уже того, что в составе ВВС ЧФ не было ни одного специального штурмового подразделения. В боевой подготовке ударной авиации наибольшее внимание уделялось бомбардировочным ударам с горизонтального полета по кораблям в море и ВМБ противника, истребителей — ведению воздушного боя. Большинство из последних не имело ни бомбодержателей, ни узлов подвески для реактивных снарядов, которых среди летного состава до начала войны никто в глаза не видел.
Справедливости ради следует признать, что в плане Гитлера по нападению на СССР (план «Барбаросса», директива OKW №21 от 18.12.1940) ни Крым, ни Севастополь вообще никак не фигурировали. Объяснялось это просто — Гитлер планировал нанести удар не по каким-то отдельным экономическим районам или стратегическим позициям, а по Советской России в целом, заставив развалиться ее как государство. Конкретно группа армий «Юг», наступавшая в полосе от Припятских болот до побережья Черного моря, имела задачу окружить и уничтожить советские войска на территории Правобережной Украины, не допустив их отхода за Днепр. Считалось, что после реализации этого замысла ничто не помешает немцам занять Донбасс и выйти к Северному Кавказу. Дальнейшие операции планировались в зависимости от развития военной и политической обстановки.
Если у германского сухопутного командования не существовало никаких сомнений в справедливости и возможности реализации этого плана, то командование кригсмарине проявило заметно большее беспокойство. 4.2.1941 на очередном совещании в ставке фюрера по военно-морским вопросам главком кригсмарине гросс-адмирал Э. Редер докладывал замысел действий флота в войне с СССР. Основные предложения относительно Черноморского театра сводились к следующему: планировалось оказать помощь Румынии и Болгарии в организации береговой обороны морского побережья и устья Дуная. Кроме этого, Редер настоятельно требовал организации серии внезапных ударов по русским ВМБ с воздуха, чтобы сковать активность советского флота и предотвратить его операции против румынских портов, в первую очередь Констанцы. Последняя являлась одной из главных болевых точек «оси» в данном регионе. Дело в том, что добываемая в нефтеносном районе Плоешти нефть частично отправлялась в Германию по железной дороге, а частично по трубопроводу транспортировалась в нефтехранилища Констанцы. В этих морских воротах Румынии нефть перекачивалась на итальянские танкеры и далее через черноморские проливы, Эгейское и Ионическое моря доставлялась в Италию. Одним из основных потребителей этого топлива являлся итальянский флот, который в это время вел ожесточенную борьбу с англичанами за господство на Средиземном море. Итальянские корабли охраняли конвои транспортов с грузами для армии Роммеля, которая в это время вела наступательные операции в Ливийской пустыне. Боевые действия на различных фронтах Второй мировой войны сплетались в весьма сложный узел, и тому, кто терпел неудачи на одном направлении, было очень тяжело успешно действовать на другом. Именно поэтому союзники по «оси» были крайне заинтересованы в исключении из игры советского Черноморского флота до того момента, как доблестные войска вермахта займут с суши все его базы. Севастополь являлся главной из них.