Несмотря на вышеописанные потери, благодаря подкреплениям активность советской авиации не снижалась. 4-й авиакорпус люфтваффе не мог ответить тем же. Как ни малы были его потери по сравнению с русскими, каждая из них оказывалась намного болезненней. Новые самолеты, особенно бомбардировщики, поступали нечасто, а заменить подготовленного аса было вообще невозможно. Кроме того, 30 сентября OKW приступило к осуществлению плана «Тайфун» — генеральному наступлению на Москву. Эскадра StG 77, столь эффективно действовавшая на Перекопе, была изъята из состава IV и передана во II авиакорпус, поддерживавший наступление 2-й танковой группы Гудериана и 4-й танковой группы Гота. В люфтваффе умели быстро сосредотачивать силы для сокрушительных ударов, но редко могли позволить себе длительное время держать их на одном участке. В результате количество самолето-вылетов немецких ударных самолетов над Перекопом резко уменьшилось, и немцы в воздухе вновь перешли из разряда нападающих в разряд обороняющихся. Впрочем, оборонялись они весьма умело.
30 сентября советская авиация произвела в направлении немецких позиций около 200 самолето-вылетов, причем 87 приходится на ВВС 51-й армии и 66 на Фрайдорфскую авиагруппу. Кроме того, немецкие позиции бомбили 18 Пе-2 и 12 СБ. Из их воздушного эскорта на аэродромы не вернулись «лагг» летчика Яблицына и «миг» Бабаева, сбитые, по всей вероятности, зенитной артиллерией. При схожих обстоятельствах пропал без вести И-16 летчика Засотина из 1-го иап, а подбитый «ишачок» Загорьяна приземлился на своей территории. Произошло три крупных воздушных боя, сложившихся явно неблагоприятно для краснозвездных авиаторов. В первом воздушный эскорт семи Пе-2 доложил о сбитии двух «мессершмиттов». Во втором ударная группа Фрайдорфской авиагруппы (пять И-153, три И-15бис, восемь И-16) вступила в бой с шестью Bf-109 и потеряла из своего состава И-15бис летчика Хватова. И-16 пилотов Хомутова и Герасимова столкнулись в воздухе и развалились, но летчикам удалось спастись на парашютах. Но самый неудачный исход имел налет на аэродром Аскания-Нова, произведенный силами 62-го смап. Для выполнения задачи вылетели шесть Пе-2, три ЛаГГ-3, пять МиГ-3 и 12 И-16. Они успешно достигли цели и по результатам удара зачислили на свой боевой счет пять поврежденных «мессершмиттов». Прокомментировать эту заявку весьма трудно, поскольку, по современным немецким данным, их авиация здесь вообще не базировалась, но, по показаниям пленных пилотов JG 77, здесь базировалась целая группа истребителей в количестве не менее 30 машин. При отходе от аэродрома начались воздушные бои. Погибли два Пе-2 вместе с экипажами, пропал без вести «лагг» Коротчева и «миг» Петрова. Немцы якобы потеряли еще три «мессершмитта». По современным данным, признается только гибель Bf-109 унтер-офицера Julius Dite (по советским данным, он в плену с 20 сентября) и катастрофа Bf-109 Е-7 из 1 (J)/LG 2 унтер-офицера Karl Ferenz, который упал по неизвестной причине вместе с пилотом. Немецкое донесение об 11 сбитых в этот день советских самолетах так же далеко от истины, как и советское о пяти.
В тот же день отдельным приказом по армии Ф. И. Кузнецов подвел итоги действий авиации в последнюю декаду месяца. В целом он оценивал их положительно. Вместе с ВВС ЧФ авиаполки 51-й армии произвели 2127 самолето-вылетов и сбросили на противника 11 849 бомб общим весом 389 тонн. Уничтоженными считались 94 вражеских самолета (70 в воздушных боях и 24 на аэродромах), 19 танков, 6 батарей (25 орудий), 231 автомашина и большое количество солдат и офицеров противника. Свои потери признавались в 37 самолетов. Данная цифра выглядит явно заниженной, поскольку только ВВС ЧФ потеряли за этот период над Перекопом 32 боевых самолета. Из-за отсутствия части необходимых документов точную цифру назвать затруднительно, но она составила никак не меньше 50 машин. К числу недостатков генерал причислил низкую напряженность действий ВВС — в среднем по 5 вылетов на самолет за 10 дней — и малый калибр применяемых авиабомб — в подавляющем большинстве применялись бомбы калибром 25 и 50 кг. Большая часть более крупных авиабомб весом 100 и 250 кг применялась с самолетов МБР-2 и ДБ-3 ночью, в результате чего получалось, что не менее 60% боевой нагрузки сбрасывалось в темное время суток, то есть с гораздо меньшим эффектом.
По люфтваффе точной статистики, характеризующей ход операции, нет. Известно, что пилоты JG 77 доложили за этот период о 119 воздушных победах, завысив свои результаты почти в три раза. Потери составили 16 «мессершмиттов» (ни один не признавался потерянным в результате бомбежек аэродромов), 7 пилотов считались убитыми или пропавшими без вести, 4 ранеными. Сюда вошли четыре аса: пропали без вести обер-фельдфебель Eugen Wintergerst (20 воздушных побед) и лейтенант Hedwig Zuzic (13 побед), получили ранения обер-лейтенанты Ernst Ваег (14 побед) и Erich Friedrich (13 побед). Стоит заметить, что на тот момент в ВВС ЧФ и 51-й армии все еще имели лишь одного аса — командира 247-го иап Федосеева. Самый результативный летчик ВВС ЧФ лейтенант Мустафа Аллахвердов имел три индивидуальные и одну групповую победу, Михаил Авдеев — две индивидуальные и две групповые.
Но как бы немцы ни преувеличивали свои воздушные победы, главное заключалось в том, что люфтваффе сыграло весьма важную, если не решающую роль в прорыве перекопских позиций. Еще в ночь на 26-е командующий 51-й армией Кузнецов докладывал в Генеральный штаб РККА: «…Бомбардировочная авиация противника нами не подавлена ввиду слабости нашей истребительной авиации. Всего 28 самолетов (Ф. И. Кузнецов «скромно» умолчал о приданной в его подчинение Фрайдорфской авиагруппе. — М. М.) Это явилось основной причиной того, что передний край 156-й сд, достаточно прочно укрепленный, в течение двух суток был прорван». Своей же авиации, несмотря на все ее старания, сухопутные генералы ставили неудовлетворительную оценку. В своих мемуарах П. И . Батов приводит текст послевоенной беседы с генералом Полуэктовым, который в 41-м занимал должность начальника артиллерии 156-й дивизии: «Как помните, ужасно нас донимала немецкая авиация, и мы раздражались, почему же нет наших истребителей. Я и сейчас не скажу почему — самолеты у нас в Крыму были. Скорее всего Владимир Александрович Судеец со своими летчиками выдохся — весьма активно бомбил район Берислав — Каховка при подходе и форсировании немцами Днепра, а к 24 сентября выдохся». — После этой фразы Полуэктова Батов заключает: — Да, ни авиация Черноморского флота, ни воздушные силы самой 51-й армии не прикрывали с воздуха воюющие на Перекопе войска и в течение сентябрьских и октябрьских боев не оказали существенного воздействия на наступающего противника».
При сопоставлении с фактами видно, что генералы правы лишь отчасти — авиация их прикрывала, но не смогла прикрыть. Главные причины поражения в воздушном сражении видятся две: во-первых, отказ адмирала Октябрьского от использования главных сил своей авиации, особенно истребителей новых типов, в боях на Перекопе. В самом деле, из таблицы № 2 видно, что в состав Фрайдорфской авиагруппы было выделено всего 8 Як-1, в то время как в ПВО Севастополя оставалось 35 новых истребителей. В течение сентября ВВС ЧФ получили 13 Як-1, 29 МиГ-3 и 8 ЛаГГ-3, из которых лишь несколько попали на фронт в составе 62-го смап. Адмирал все еще верил, что флоту не придется вести серьезных боевых действий на суше, и ко всем отвлечениям от морского направления относился как к временному явлению. Именно этим и объясняется, что для действий на севере Крыма было выделено не полнокровное соединение, а сводная группа, которая даже не имела нормального штаба и средств связи.
Во-вторых, исход многих боев определялся ошибочной тактикой. Нет, многие из советских пилотов неплохо владели техникой воздушного боя и на своих устаревших «ишачках» и «чайках» умудрялись сбивать куда более совершенные «мессершмитты». Речь о другом — о неумении управлять действиями истребителей над полем боя. Как это делалось у немцев: воздушный патруль в два яруса, управление с земли и связь между собой. Если советские самолеты появлялись где-либо над полем боя, наводчик сразу же отправлял дежурящие группы на перехват. Если советская группа оказывалась очень большой, он успевал вызвать подкрепление из Чаплинки, которая находилась всего в 25 км за линией фронта. Точно так же он мог организовывать штурмовые действия против советских контратак. Советская же сторона по части тактики ушла не дальше времен Первой мировой войны — воздушное патрулирование над ближним тылом своих войск. Если самолеты видели противника, они вступали в бой, если не видели, то не происходило ничего, даже если на соседнем участке десятки бомбардировщиков перемешивали советские войска с землей. Рассчитывать приходилось только на себя — связи не было не только с наземными частями, но даже со своим аэродромом. В этих условиях противник теоретически каждый раз мог сосредотачивать против воздушного патруля превосходящие силы и наносить ему тяжелые удары. К счастью, на самом деле так происходило далеко не всегда — у немцев просто не хватало истребителей для выполнения всех задач и организации охоты на каждый русский самолет.