Прежде чем перейти в разряд транспортных машин, этот самолет успел снискать известность в качестве одного из самых распространенных пассажирских самолетов начала 1930-х годов, а затем в роли первого немецкого массового бомбардировщика германских военно-воздушных сил, создаваемых в нарушение Версальских соглашений. Спроектированный Эрнстом Цинделем, Ju.52/3m представлял собой завершение линии цельнометаллических пассажирских машин, создававшихся концерном Юнкерса с 1919 года. Фактически это был трехмоторный вариант одномоторного Ju.52/lm, впервые поднявшегося в воздух 13 октября 1930 г. Первый Ju.52/3m был седьмым экземпляром Ju.52/lm, оснащенным тремя моторами «Пратт-Уитни». Он впервые взлетел в апреле 193l года, после чего все уже готовые планеры самолетов этой модели были переделаны под три двигателя.
Первая крупносерийная модель Ju.52/3m-ge начала производиться с лета 1933 года, она оснащалась 660-сильными моторами BMW-132A-1 мощностью 660 л. с., имела экипаж из трех человек, максимальная скорость достигала 290 км/ч. Очень скоро фирма «Юнкерс» получила заказ на ее переделку во вспомогательный бомбардировщик для оснащения вспомогательной бомбардировочной эскадры, созданной в октябре 1933 года и ставшей ядром будущих бомбардировочных сил «Люфтваффе» (в целях конспирации она была подчинена летной инспекции компании «Люфтганза»). Поскольку планировалось вооружить всю бомбардировочную авиацию машинами Do.ll, Ju.52 рассматривался только в качестве временного решения, однако машина Клода Дорнье оказалась неудачной, в результате чего простой в пилотировании и чрезвычайно надежный в эксплуатации Ju.52/3m превратился в серийный боевой самолет. От гражданского варианта он отличался немногим — наличием сверху открытой турели с 7,92-мм пулеметом и второго пулемета в полуубираемой «корзине» в полу фюзеляжа, для защиты от атак снизу имелась полуубираемая корзина со вторым MG-15 (750 патронов). Каждый из трех внутренних бомбоотсеков вмещал до 500 кг бомб, максимальная бомбовая нагрузка составляла 1500 кг, запас топлива — 2475 л. Боевой радиус машины достигал 500 км при крейсерской скорости 245 км/ч на высоте 1000 м. При этом самолет можно было легко переоборудовать обратно в транспортный.
Ju.52/3m-g3e снискал известность на полях гражданской войны в Испании — уже через неделю после начала мятежа 20 таких машин были перегнаны в Севилью как гражданские, после чего использовались для переброски из Африки марокканских стрелков основной опоры мятежников в первые недели войны. Всего с 20 июля по конец августа 1936 года они совершили 460 рейсов, доставив в Испанию 7350 человек пехоты, артиллерийские орудия и пулеметы. За сентябрь машины совершили 324 рейса, перевезя еще 5455 солдат, за октябрь — 83 рейса и 1157 человек. Далее машина широко использовалась в качестве бомбардировщика, как в войсках «националистов», так и в составе немецкого «Легиона Кондор». В апреле 1937 года эти машины снискали себе сомнительную славу, приняв участие в уничтожении Герники и Дуранго (в налете на Гернику участвовало 23 самолета Ju.52).
Тем временем в 1937 году Германия приступила к созданию воздушно-десантных войск, основой самолетного парка которых должны была стать группа IV/KG.152 «Гинденбург», состоявшая из 39 Ju.52 (с 1 апреля 1938 года «Боевая группа специального назначения» K.Gr.z.b.V.1). Первой операцией германских ВДВ стала высадка на аэродроме Грац-Талерхов 13 апреля 1938 года во время аншлюсса Австрии одного батальона 7-й воздушно-десантной дивизии. 1 августа 1938 года была создана и вторая группа — K.Gr.z.b.V.2. Каждая группа состояла из четырех эскадрилий по 12 самолетов и штаба из 5 машин. Летом 1939 г были созданы еще две аналогичные транспортные группы, все вместе они составили 1-ю транспортную эскадру KG.z.b.V.l. Но уже в конце августа 1939 года из ее персонала был сформирован штаб 2-й транспортной эскадры — KG.z.b.V.2, а также специальная группа для перевозки тяжелой техники — K.Gr.z.b.V.9. Чуть позже на базе мобилизованных из «Люфтганзы» машин и персонала была сформирована еще одна транспортная эскадра — KG.z.b.V.172.
С 1932 по 1939 год было построено не менее 1600 самолетов Ju.52 в боевом и гражданском вариантах, однако значительная часть гражданских машин была продана за рубеж. Поэтому к 1 сентября 1939 года в составе «Люфтваффе» числилось только 552 самолетов Ju.52 (включая 59, забранных из «Люфтганзы»). Во время Польской кампании эти машины почти не использовались (боевые потери составили 12 Ju.52), зато они широко применялись во время операции «Везерюбунг» — захвата Норвегии в апреле-мае 1940 года.