Однако Румыния под давлением Германии приняла советские требования, поэтому план ввода войск был пересмотрен, наступление по правому берегу Днестра через Тыргу-Фрумос — отменено. Около полудня 28 июня 1940 года передовые советские подразделения без боя перешли Днестр и двинулись по следам спешно отводимых румынских войск. Однако основная часть сил 9-й армии задержались на восточном берегу Днестра из-за проблем с переправой, поэтому для быстрейшего занятия территории было решено высадить в районе слияния Прута и Дуная воздушные десанты.
Вечером 28 июня через командира 209-й тяжелой авиабригады задание на выброску получила 204-я вдбр полковника Губаревича. В 4.00 утра личный состав был выведен к самолетам, около 9 часов утра началась погрузка в машины. Никакой разведки района выброски, естественно, не производилось, истребительного прикрытия также не было. Всего до половины десятого утра в воздух поднялось 99 самолетов ТБ-3 с 1422 парашютистами, с 12.30 до 14.30 они произвели десантирование в 10 километрах севернее Болграда. Всего было высажено 1372 человека, 50 человек прыгнуть с парашютом не смогли из-за плохого самочувствия (укачало). Несмотря на то что выброска была осуществлена в довольно широком районе, уже к 16.30 основная часть бригады собралась в одном месте, а командир направил два батальона для занятия Болграда и станции Троянов Вал. К половине седьмого город и станция были заняты, тогда же в расположение бригады прибыл представитель штаба Южного фронта с новым приказом командования — занять города Рени и Кагул. Ночью рота десантников на реквизированных автомашинах достигла Рени, где имела стычку с отступающими румынами. Рано утром 1 июля 204-я вдбр заняла Кагул и взяла под защиту местное население, подвергавшееся ограблениям и насилиям со стороны деморализованных румынских солдат. Наземные части 25-й стрелковой дивизии достигли Кагула только 4 июля.
На рассвете следующего дня (30 июня) 201-я вдбр, базировавшаяся на аэродроме Скоморохи, получила приказ высадить посадочный десант в Измаиле. Приказ был выполнен с некоторым запозданием, но все же около полудня 44 самолета ТБ-3 с 809 десантниками поднялись в воздух. Первые 12 машин благополучно приземлились в Измаиле, высадив 240 человек, но при этом выяснилось, что городской аэродром слишком мал для приема такого количества тяжелых машин. Поэтому оставшихся десантников решили выбросить с парашютами. В итоге было выброшено 509 парашютистов, три машины с 60 десантниками вернулись на свои аэродромы. Румынские войска сопротивления не оказывали, однако от различных травм и несчастных случаев погибло 3 парашютиста, еще 7 получили переломы, а 25 — легкие травмы. В принципе для столь импровизированной высадки такие потери можно считать минимальными.
Командование Южного фронта было вполне довольно проведенной операцией, заявив, что десанты «полностью себя оправдали и заставили румын считаться с соглашением». Однако Управление боевой подготовки РККА имело по этому поводу совсем другое мнение. В своем докладе от 24 июля начальник Управления генерал-лейтенант В. Н. Курдюмов заявил, что из-за отсутствия надлежащей подготовки операция была выполнена чрезвычайно плохо и в боевых условиях привела бы к провалу с бессмысленной потерей людей и самолетов. Правда, большинство из перечисленных недочетов (запаздывание с вылетом на полтора-два часа, несвоевременное поступление приказов, разброс парашютистов в зоне высадки по площади 10 на 10 километров) с учетом последующего опыта реальных десантных операций, скорее, могут вызвать улыбку. Как правило, воздушные десанты Второй мировой войны проходили куда менее организованно, чем высадка советских парашютистов в Бессарабии в июне 1940 года.
К июню 1941 года советские воздушно-десантные войска представляли собой самостоятельный род войск РККА. Они имели свое командование, штаб и транспортную авиацию и подчинялись непосредственно Верховному Главнокомандующему. Командующим советскими ВДВ был генерал-майор В. Я. Глазунов, начальником штаба — генерал-майор авиации П. П. Ионов.
Всего в РККА насчитывалось десять воздушно-десантных корпусов. На стадии формирования находились еще пять корпусов, кроме них имелось несколько отдельных парашютных бригад и батальонов. Каждый воздушно-десантный корпус имел по три бригады в каждом. Бригада в свою очередь состояла из четырех парашютно-десантных батальонов, минометного дивизиона и четырех рот — зенитно-пулеметной, разведывательно-самокатной, саперной и роты связи. В парашютно-десантном батальоне имелось пять рот — три парашютно-стрелковые, минометная и рота противотанковых ружей, а также четыре взвода — пулеметный, саперный, разведывательный и взвод связи. Численность личного состава батальона составляла по штату 546 человек. Всего в бригаде было около 3000 бойцов, в корпусе — 10 000 человек. Практически единственным транспортным самолетом ВДВ к началу 1941 года оставался ТБ-3, производство лицензионных машин ПС-84 (позже — Ли-2) еще только разворачивалось (до 22 июня 1941 года было изготовлено 74 самолета этого типа).