Фрейбергтак энергично занялся приготовлениями к обороне Крита, что уже 5 мая почувствовал себя довольно уверенно и протелеграфировал Черчиллю: «Не могу понять вашего беспокойства. Меня нисколько не волнует нападение воздушного десанта...»
Немцы меж тем начали проводить первые подготовительные мероприятия к операции «Меркурий» (так было условно названо нападение на Крит). Военно-транспортные группы немецкой авиации уже действовали во время Балканской кампании, и теперь многие машины нуждались в ремонте. Части парашютных войск должны были перебрасываться в Грецию по железной дороге и на автомашинах, а этого нельзя было скрыть от противника, несмотря на все меры предосторожности. В результате немцы лишались самого существенного фактора — внезапности.
Первые транспорты уже шли на юго-восток, когда наконец Муссолини согласился на проведение запланированной немцами операции; итальянцы ничего не имели против и даже предлагали свою помощь.
Ничто не препятствовало теперь захвату Крита — но, несмотря на это, не все делалось так, как этого хотел бы генерал Штудент. В марте 1941 года 22-я воздушно-десантная дивизия была переброшена в Румынию для защиты нефтяного района Плоешти. Просьба Штудента — передать ему эту дивизию, которая хорошо сражалась в Голландии и уже накопила большой, пусть даже и горький, опыт для проведения операции против Крита — была отклонена под предлогом трудностей, связанных с ее переброской, и недостатка в транспортных средствах.
Вместо этого для действий на Крите в распоряжение Штудента была выделена 5-я горно-стрелковая дивизия генерал-лейтенанта Рингеля. Она уже успела отличиться в упорных боях за «Линию Метаксаса» и стала настоящей отборной дивизией, однако для действий в составе воздушного десанта она была абсолютно неподготовленной.
К этому прибавлялись и другие проблемы. Предыдущие боевые действия показали, что воздушно-десантные операции требуют самого тесного взаимодействия воздушно-десантных войск и авиации. От этого взаимодействия и слаженности существенным образом зависел успех. В связи с этим появилась крайняя необходимости централизации управления. Поэтому Штудент предложил подчинить непосредственно ему на период боевых действий на Крите весь 8-й авиационный корпус генерала Рихтгофена, чтобы можно было оказывать самую эффективную поддержку парашютистам в наземном бою, ставя соответствующие задачи перед военно-воздушными силами. Но и в этом ему было отказано. Общее руководство операцией было возложено на командующего воздушным флотом «Юго-Восток» генерал-полковника Лёра.
Войскам были поставлены следующие частные задачи: 8-й авиационный корпус должен был провести предварительную обработку острова с воздуха и оказать поддержку при высадке десантов. Парашютные, посадочно-десантные и горно-егерские части под командованием генерала Штудента должны были захватить остров штурмом. Для этого сюда стягивались военно-транспортные части 11-го авиационного корпуса под командованием генерал-майора Конрада. Адмирал Шустер должен был по мере возможности поддерживать операцию действиями на море, используя находившиеся в его распоряжении небольшие силы флота.
Район, который предусматривался для сбора и развертывания сил, был к тому времени в основном еще занят противником, и им необходимо было овладеть в первую очередь.
Особую проблему составляла организация снабжения предстоящего десанта. Время не ждало, и квартирмейстер подполковник Зейбт (позднее он стал генералом) вместе со своими людьми должен был решить небывалые по трудности задачи. К началу подготовительного периода — 22 апреля — то есть еще до выброски десанта в Коринфе, они даже не знали, можно ли будет использовать для операции на Крите те запасы снабжения, которые находились на складах в районе Пловдива. Большая часть предметов материально-технического обеспечения парашютистов предназначалась для операции «Зеелёве» и была сосредоточена в районе Лаона в Северной Франции. Десантные контейнеры и различные материалы находились в авиационном парке Гардслеген под Магдебургом, а боеприпасы — на складах одного из военных заводов в Северной Германии. К этому прибавлялось еще и то обстоятельство, что большинство железнодорожных линий в Югославии было разрушено в ходе боевых действий, и потому проблема переброски войск сильно осложнялась. Помимо всего прочего, уже началось развертывание сил для осуществления плана «Барбаросса», то есть для нападения на Советский Союз. По этой причине предметы материально-технического снабжения, поступавшие из Франции и Германии, направлялись сначала в румынский порт Констанцу, а уже оттуда после перегрузки на транспортные суда доставлялись через Дарданеллы в греческий порт Пирей.