Но активная подготовка к предстоящим событиям велась, оказывается, не только в Греции, а и на Крите.
После эвакуации английских войск из Греции на Крит здесь скопилось около 30 тыс. англичан, новозеландцев и австралийцев, а также около 14 тыс. греческих солдат. Воинская дисциплина на острове была очень слабой, и многие солдаты без дела слонялись по острову. В целях устранения такой распущенности были приняты самые строгие меры. Запрещение увольнений, ранний отбой и угроза суровым наказанием, а также выделение многочисленных контрольно-сторожевых подразделений позволили командованию англичан в течение нескольких дней снова навести здесь порядок и поднять дисциплину. Путем создания маршевых подразделений части были приведены в порядок и переформированы.
На остров непрерывно прибывали новые части и оружие, в частности было доставлено 9 танков новой конструкции, броневую защиту которых не могли пробить немецкие противотанковые пушки того времени. Подвозились трофейные итальянские орудия и боеприпасы. 9 мая на Крит прибыли первые части резервного соединения морской пехоты с одной тяжелой и одной легкой зенитной батареей. Как и прежде, противовоздушная оборона острова оставалась самой серьезной проблемой. К уже находившимся там 16 тяжелым 95-мм и 36 легким 40-мм зенитным орудиям можно было прибавить за счет вновь прибывших лишь незначительное количество орудий, а число охраняемых объектов было довольно велико. Поэтому решено было прикрывать главным образом бухту Суда, так как последняя, являясь основной базой снабжения, была особенно уязвима для воздушных налетов противника. Кроме того, здесь начиналась линия снабжения, от которой в значительной мере зависела судьба всего острова. Отдельные склады удалось хорошо замаскировать в оливковых рощах.
Генерал Фрейберг расположил свой штаб вблизи Кании, в предгорье у бухты Суда. Около него разместился командный пункт военно-воздушных сил, прикрывавших остров. Командование военно-морского флота также находилось в Суде. Этим самым была создана возможность тесного взаимодействия, и если верить английским сводкам, то в противоположность Балканской кампании это взаимодействие было действительно достигнуто.
Где немцы предпримут нападение? Какой характер оно примет? Этими вопросами были заняты и генерал Фрейберг, и весь его штаб.
Информация, поступавшая из Лондона, со всей определенностью указывала на то, что немцы наверняка используют свои воздушно-десантные части, однако некоторые сообщения о реквизировании кораблей в греческих портах, по всей видимости, заставляли Фрейберга думать, что немцы намереваются высадиться и с моря. Германские парашютисты уже не были такой неожиданностью, как раньше, и английская разведывательная служба добросовестно и усердно собирала о них все сведения, которые только можно было получить и которые представляли какую-либо ценность. По окончании этой работы английское верховное командование издало инструкцию-памятку о ведении обороны против парашютных и посадочно-десантных войск. Эта инструкция подробно освещала тактику действий немецких воздушных десантов. В ее основу были положены немецкие боевые приказы, которые во время действий в Голландии были захвачены голландцами и теперь оказались у англичан. В этой памятке говорилось прежде всего о необходимости отражения налетов немецких воздушных десантов на аэродромы, поскольку немцы сделали этот метод нападения основным. Генерал Фрейберг действовал, руководствуясь простой логикой вещей. Он распределил свои части по оборонительным участкам, которые были оборудованы с учетом особенностей местности в районе портов и аэродромов. Были подготовлены следующие участки обороны: аэродром Малеме, порт Кания и бухта Суда, аэродром и порт Ретимнон, аэродром и порт Гераклион.
Находившиеся в распоряжении Фрейберга танки он распределил по аэродромам с таким расчетом, чтобы они сразу же могли истребить всех парашютистов еще в воздухе. Он понимал, что это мероприятие, обрекавшее в данном случае часть его сил на бездействие, не отличалось особой мудростью, но нехватка транспортных средств не позволяла ему создать высокоподвижный и сильный централизованный резерв. По этой же причине часть своей артиллерии он должен был установить на постоянных огневых позициях, и само собой понятно, что такие орудия имели лишь местное значение. Он предполагал, что морской десант будет высажен прежде всего в заливе Кания, и потому в этом районе было создано наибольшее количество опорных оборонительных пунктов.