Противостояние между ВВС и ПВО с каждым днём набирало обороты. Новый командующий ВВС Московского военного округа, сын вождя, генерал Василий Сталин потребовал передать ему лучшие аэродромы авиации войск ПВО — Кубинку, Клин, Калинин, Ржев, Подольск, Люберцы, — имевшие бетонированные взлётно-посадочные полосы и мощные узлы связи, для подготовки самолётов округа к воздушным парадам. Сталин-отец очень любил воздушные парады, которые при нём проводились по три раза в год: 1-го мая, в день авиации, 7-го ноября. Поэтому именно парады стали главной «боевой задачей» авиации МВО.
Главнокомандующий ВВС Вершинин (который через несколько лет по иронии судьбы сам стал командующим войсками приграничной линии воздушной обороны, а в 1953 году — командующим войсками ПВО страны) поддержал своего подчинённого, дополнительно потребовав благоустроенный аэродром ПВО в районе станции Насосная под Баку.
Вооружение истребителей МиГ-9 выглядело впечатляюще, однако эффективность его оставляла желать лучшего
Конца этой «домашней» войне было не видно. В ход шли все средства. Так, генерала М. С. Громадина (1899—1962) обвинили в том, что он неправильно организовал базирование истребительной авиации ПВО. Дескать, он не понимал, что ИА ПВО должна уничтожать самолёты противника на дальних подступах к охраняемым объектам, и разместил авиацию непосредственно возле крупных городов. За такое «вредительство» тогда можно было заплатить жизнью, не говоря уже о тюремном сроке.
В конце концов, вся эта мышиная генеральская возня надоела Сталину, и в 1948 году по его требованию войска ПВО вывели из подчинения командующего артиллерией Советской Армии и официально объявили самостоятельным видом вооружённых сил. Главнокомандующим назначили маршала Л. А. Говорова (1897—1955). Истребительную авиацию оставили в составе войск ПВО, «укрепив» новыми кадрами из ВВС. В частности, командующим истребительной авиацией стал бывший командир истребительного авиационного корпуса генерал Е. Я. Савицкий.
Новый главком сразу взялся за реорганизацию доставшегося ему запущенного хозяйства. Вся территория СССР была разделена на приграничную полосу и внутренние (тыловые) районы, с дроблением системы ПВО в приграничных и приморских районах по военным округам. Через три года, в 1951 году, были созданы войска воздушной обороны приграничной линии, подчинённые ВВС (как уже сказано, их возглавил маршал авиации Вершинин). Оборона объектов во внутренних районах возлагалась на войска ПВО страны.
Но уже через два года (в 1953 г.) войска воздушной обороны приграничной линии были ликвидированы, а руководство системой ПВО на всей территории СССР снова возложили на командующего войсками ПВО страны. Этот пост занял бывший главнокомандующий ВВС маршал Вершинин (в 1957 г. он вернулся в ВВС, во второй раз за десять лет став их главкомом).
Устраивая многочисленные реорганизации, московские начальники и лично товарищ Сталин хотели сделать «как лучше». Но реально всё это привело к ещё большему снижению эффективности управления и боевой подготовки системы ПВО. Ещё надо добавить несовершенство техники, состоявшей на её вооружении (так, истребители не имели бортовых радиолокаторов, имевшихся у американцев и англичан ещё в 1943—44 гг.; наземные РЛС обладали весьма ограниченными техническими возможностями обнаружения воздушного противника). В итоге не вызывают удивления многочисленные полёты американских разведчиков и бомбардировщиков в Подмосковье.
Народу, которому советская пропаганда ежедневно твердила о «закрытых на замок границах», об этом, естественно, не сообщали, хотя чужие самолёты регулярно летали, куда хотели. Более того, они сбрасывали диверсионные и разведывательные группы в Прибалтике и на Украине. Воздушные границы Страны Советов оказались с многочисленными воротами.
Воздушно-десантные войска
Для ведения крупномасштабных военных операций в Западной Европе, помимо гигантской группировки танковых войск, сосредоточенной в Восточной Европе и западных военных округах, были необходимы мощные воздушно-десантные войска, способные осуществить вертикальный охват обороняющегося противника, захватить или уничтожить важнейшие объекты в его тылу (склады ядерного оружия, аэродромы, узлы связи, командные пункты, стратегические мосты).
Несмотря на неудачный опыт применения парашютистов против немецких войск (ни Вяземская десантная операция, ни Киевская успеха не имели), Сталин по-прежнему верил в их потенциально большие возможности. Поэтому, не успела война закончиться, как началась большая перестройка ВДВ, затронувшая и авиацию.