Генерального штаба капитана Алексеева назначили старшим адъютантом в штаб первого армейского корпуса в Петербурге, а спустя четыре года — делопроизводителем в канцелярию Военно-ученого комитета Главного штаба, занимавшегося составлением планов войны и стратегического развертывания. В это время он также преподает в Петербургском юнкерском и Николаевском кавалерийском училищах. В 1898 году Алексеев получает звание полковника, становится профессором Академии Генштаба по кафедре истории русского военного искусства.
С 1900 года М.В.Алексеев служит начальником Оперативного отделения генерал-квартирмейстерской части Главного штаба, не оставляя профессуры в Академии Генштаба. В мае 1904 года за отличия по службе Михаил Васильевич получает генерал-майора и возглавляет отдел Главного штаба. В это время среднего роста 47-летний генерал Алексеев, большелобый, с клочкастыми бровями, подкрученными жесткими усами на худощавом лице, в очках, под которыми косили глаза, никак не выглядел военной косточкой, а больше — профессором из разночинцев. Углубляла это впечатление его крайняя аккуратность, до педантизма, причем любил носить генерал резиновые калоши. Женат Алексеев был на «левой» Анне Николаевне, которая позже будет подчеркнуто навещать его в Ставке лишь тогда, когда там не будет императора. Сам Михаил Васильевич «демократически» избегал надевать генштабистские аксельбанты, хотя его сын будет служить в лейб-гвардии Уланском Его Величества полку. Ко всему этому Алексеев религиозен, часто ходит в церковь.
На войну с Японией, как и когда-то на русско-турецкую, генерал Алексеев уходит по личному ходатайству, получив в октябре 1904 года должность генерал-квартирмейстера штаба 3-й Маньчжурской армии. «Калошный» генерал показывает себя здесь молодцом, выезжая на передовую для личного проведения рекогносцировок. Однажды его выбрасывает из седла разорвавшийся рядом с конем японский снаряд. На дальневосточном фронте Алексеев награжден многими боевыми орденами и Золотым оружием.
После японской войны Михаил Васильевич служил обер-квартирмейстером Главного управления Генштаба, руководил военными играми, маневрами, разработкой планов войны. Крупный военный историк русского Зарубежья, бывший генерал-квартирмейстер Ставки Верховного Главнокомандующего генерал Н.Н.Головин так аттестовал в своих работах его качества:
"Генерал Алексеев представлял собой выдающегося представителя нашего генерального штаба. Благодаря присущим ему глубокому уму, громадной трудоспособности и военным знаниям, приобретенными одиночным порядком, он был на голову выше остальных представителей русского генерального штаба".
Об этом периоде службы Алексеева есть и более многозначное упоминание в мемуарах генерала А.С.Лукомского, ставшего впоследствии одним из видных белых военачальников: "Отличаясь громадной работоспособностью и пунктуальностью при выполнении работы, генерал Алексеев являлся образцом, по которому старались равняться и другие участники полевых поездок. Играло здесь роль, конечно, и то, что, хотя на всех этих поездках генерал Алексеев являлся якобы Одинаковым членом со всеми другими участниками поездки, получая и выполняя одинаковые с другими задачи, он, будучи ближайшим помощником начальника генерального штаба, являлся фактически лицом, которое влияло на аттестации участников поездок и от заключения которого могла зависеть дальнейшая служба и старших, и младших офицеров генерального штаба".
Такие замечания проливают некоторый свет на возможные причины того, отчего дворцовый комендант Николая П. В.Н.Воейков в своих воспоминаниях называл алексеевскую физиономию «хитрой», причем, умеющей принять "еще более хитрое выражение".
В 1908 году Алексеев удостаивается звания генерал-лейтенанта и становится начальником штаба Киевского военного округа.
В 1912 году в Москве проходит секретное совещание командующих военными округами и их начальников штабов. Здесь принимается план развертывания Русской армии на случай войны. Алексеев выступает с критической запиской "Общий план действий", которую не разделяет большинство собравшихся, но все же старый план стратегического развертывания, утвержденный в 1910 году, был пересмотрен. В это время Алексеева назначают командиром 13-го армейского корпуса, он переезжает с семьей в Смоленск. Имя его у «передового» офицерства становится весьма популярно.