Так как глубокая таинственность была существенной чертой деятельности инквизиции, то стало общим правилом, что показания и свидетелей и обвиняемых делались обязательно в присутствии двух беспристрастных людей, не принадлежавших к инквизиции, но приносивших клятву хранить в тайне все, что услышат. Инквизитор мог для этого пригласить любое лицо по своему усмотрению. Преимущественно такими представителями общества были лица духовного звания, обычно доминиканцы, «люди скромные и религиозные», которые вместе с нотариусом подписывали протокол показаний и удостоверяли его соответствие сказанному. Частое подтверждение этого правила папами и то, что оно было внесено в канонические законы, показывают, что ему придавали большое значение как средству придать судопроизводству беспристрастный вид.
Никто из посторонних не имел права присутствовать на суде; исключение делалось в течение нескольких лет только в Авиньоне, где в середине XIII века представители городских властей временно добились для себя и нескольких сеньоров права присутствовать при судоговорении. В других же местах несчастные, защищавшие перед судьями свою жизнь, были всецело в руках инквизитора и его креатур.
Все судопроизводство инквизиции, все вопросы и ответы записывались; всякий свидетель и всякий обвиняемый были обязаны удостоверить правильность своих показаний, когда они прочитывались им в конце допроса, и приговор основывался исключительно на показаниях, добытых таким путем. Поэтому особая нагрузка ложилась на нотариуса; иногда в помощь ему приглашались писцы, но он был обязан лично удостоверять все документы. Текущие дела судилища порождали груду бумаг; их все надо было переписывать для архивов; кроме того, инквизиции в разных местах постоянно обменивались копиями своих дел — все это была гигантская работа. Инквизитор мог и здесь потребовать бесплатной помощи любого подходящего для этого лица; но было опасно доверять ведение таких бумаг людям, не получившим специальной подготовки. Поэтому старались привлекать грамотных нищенствующих монахов — в идеале раньше бывших нотариусами. В городах, где происходили постоянные заседания, у инквизиции был свой штатный нотариус, получавший жалованье как должностное лицо. Климент V предписал, чтобы этот нотариус давал присягу перед епископом и перед инквизитором.
В 1235 году признания стали тщательно записывать в особые специальные книги. Инквизиторам было приказано сохранять все судопроизводство от первого вызова в суд до приговора. Этот указ неоднократно повторялся; кроме того, было предписано, чтобы со всех документов снимались копии и одна из них помещалась в безопасном месте или передавалась епископу. Книга приговоров тулузской инквизиции за 1308–1323 годы кончается перечнем 636 осужденных, расположенных в алфавитном порядке; против каждого имени сделаны ссылка на страницу, где оно упоминается, и краткое указание на наложенное на наказание и все в нем последовавшие изменения. Таким образом, если должностному лицу нужно было собрать сведения о жителях какого-нибудь поселка, то он сразу мог узнать, кто из жителей находился под подозрением и какое решение относительно него было принято. Первый попавшийся пример из этой книги показывает, насколько точны и подробны были первоначальные списки. В 1316 году была приведена на суд одна старуха; благодаря записям определили, что в 1268 году, то есть почти за полвека до этого, она отреклась от ереси и была воссоединена с церковью. Так как это увеличивало ее вину, несчастную приговорили провести остаток дней в оковах.
С течением времени инквизиция собрала огромный запас справок, которые не только увеличивали ее могущество, но и вызывали ужас людей. Имущество потомков еретиков подлежало конфискации, и тайны семейств, столь тщательно хранимые в архивах инквизиции, давали ей возможность, когда она это находила нужным, увеличивать свои доходы. Особенно ловко инквизиторы раскрывали предосудительные деяния предков тех людей, кто имел несчастье возбудить против себя их недовольство.
Когда нужно было поразить врага, списки нередко подделывали; при этом всякое постороннее лицо, имевшее у себя документы, относящиеся к судопроизводству инквизиции или к преследованию еретиков, подлежало отлучению от церкви. С другой стороны, люди, спокойствию которых эти документы угрожали, стремились их уничтожить. Около 1285 года в Каркассоне консулами города был раскрыт заговор, в котором участвовало несколько высокопоставленных духовных лиц, с целью уничтожения архивов инквизиции. Заговорщики подкупили одного из слуг инквизиции, Бернара Гаррика, который согласился сжечь архивы, но их разоблачили и примерно наказали. Один из них, адвокат по имени Гильем Гаррик, около тридцати лет томился без суда в тюрьме и был судим только в 1321 году.