Огромное значение в устройстве инквизиции имело совещание, на котором решалась участь обвиняемого. Инквизитор мог вынести приговор только с участием епископа. Климент V объявил не имеющими силы все приговоры, принятые одними инквизиторами, однако ради ускорения процессов папа разрешил епископам давать согласие письменно, и этой лазейкой пользовались беспрестанно. Часто инквизиторы штамповали приговоры без всякого участия епископов. Бывали также случаи давления инквизиторов на епископов, если епископ не соглашался с инквизитором. Поэтому довольно часто епископы просто предпочитали не связываться с инквизиторами.
Так как первое время при назначении инквизиторов более принималась во внимание их ревность к вере, чем их знания, и так как обыкновенно они были невежественны, то вскоре нашли нужным прибавить к ним для выработки приговора людей, изучивших сложные гражданские и церковные законы. Инквизиторам было дано право приглашать сведущих людей, как правило, уважаемых в городе, чтобы с ними вместе рассматривать показания и пользоваться их советами при вынесении приговора. Приглашенные не имели права отказаться от этого приглашения, причем работали они бесплатно, хотя инквизитор и мог, если находил нужным, оплачивать их труд. Присутствие почтенных граждан при обвинении важных еретиков имело целью скорее увеличить торжественность совещания, чем дать помощь судьям. Совещание обычно назначалось на пятницу; заседателями были юристы и нищенствующие монахи, назначенные инквизитором. Они клялись на Евангелии сохранять тайну и судить по совести, следуя внушениям Бога; затем инквизитор читал доклад по каждому делу, опуская иногда имена обвиняемых, и они произносили одно из следующих решений: «Епитимия по усмотрению инквизитора»; «Осужденный должен быть заключен в тюрьму» или «Осужденный должен быть выдан светской власти».
По большей части судопроизводство было формальное, так как инквизитор мог представить всякое дело так, как он сам понимал его; детальное изучение многих дел в короткий срок, пока проходило совещание, было совершенно невозможно. Форму при этом инквизиторы соблюдали строго. Так как невозможно было собирать всех судей для каждого отдельного случая, дела соединялись, и поэтому в приговорах часто встречаются имена осужденных, о которых на самом суде не было и речи.
В первую эпоху инквизиции еретиков судили и казнили ежедневно — поодиночке или группами в два-три человека. С течением времени церемония становится более внушительной, и происходит она только по воскресеньям. С высоты всех кафедр священники приглашали народ присутствовать на торжестве и заслужить, таким образом, сорокадневное отпущение грехов. В центре церкви воздвигалось нечто вроде сцены; там помещались кающиеся, окруженные духовными и светскими чиновниками. Инквизитор произносил речь, после которой представители светской власти приносили присягу в повиновении, и торжественно провозглашалось отлучение от церкви всех, кто так или иначе помешает действиям святого трибунала. Затем нотариус прочитывал на народном языке показания, спрашивая после каждого из них у обвиненного, чистосердечно ли оно дано им; впрочем, с этим вопросом обращались только к тем, кто был действительно «кающимся» и не мог произвести скандала, уличив судей во лжи. На утвердительный ответ обвиненного его спрашивали, хочет ли он раскаяться или, упорствуя в ереси, желает погубить и тело и душу? Человек выражал желание принести покаяние, и тогда читалось отречение, которое он повторял слово за словом; после этого инквизитор объявлял, что с него снимается отлучение от церкви, и обещал ему снисхождение, если он будет впредь вести себя согласно с тем решением, которое будет ему объявлено. Кающиеся следовали один за другим, начиная с менее виновных; к концу приберегались те, кого нужно было «освободить», то есть предать в руки светской власти.
Торжественное объявление приговора над приговоренными к смерти происходило на площади, где для этого воздвигался особый помост; вызывалось это заботой, чтобы храм Божий не был осквернен объявлением приговора, влекущего за собой пролитие крови; из того же побуждения эта церемония откладывалась на будни. Но казнь всегда происходила на другой день; сутки отводились на то, чтобы осужденный мог покаяться и душа его не попала из огня временного в огонь вечный. Тщательно заботились о том, чтобы осужденные не могли обратиться к народу, боясь, что заявления их о своей невинности вызовут нежелательные проявления сочувствия.