Отсутствие на суде по любой причине только увеличивало предполагаемую виновность; часто неявка считалась равной признанию. Еще до учреждения инквизиции розыск вошел в судебную практику духовных судов. В каноническое право было внесено положение, что в случае неявки показаний, добытых розыском, достаточно для обвинения без прений в суде. Если обвиняемый не являлся на суд до истечения установленного срока после объявления вызова в приходской церкви, то выносили обвинительный приговор в его отсутствие; отсутствие обвиняемого замещалось «присутствием Бога и Евангелия» в момент, когда читался приговор. Фридрих II в своем эдикте 1220 года объявил, следуя Латеранскому собору 1215 года, что всякий подозреваемый, который не докажет своей невиновности в течение года, должен быть осужден как еретик; это постановление было распространено и на отсутствующих, которые подлежали осуждению через год после отлучения их от церкви независимо от того, были собраны или нет доказательства против них. Человек, остававшийся год отлученным от церкви и не предпринявший усилий, чтобы заслужить снятие отлучения, считался еретиком, отрицающим таинства. Инквизиция приговаривала к пожизненной тюрьме тех, кого нельзя было обвинить в каком-либо другом преступлении, кроме уклонения от суда, даже если они и соглашались покориться инквизиции и дать отречение.
Даже в могиле нельзя было скрыться. Если осужденный посмертно приговаривался к тюрьме или другому, как считалось, легкому наказанию, то вырывали и выбрасывали его кости; если же ересь заслуживала костра, то останки торжественно сжигались. Беспощадное рвение, проявлявшееся в этих посмертных процессах, ясно сказалось в деле Арманно Понджилупо Феррарского, из-за останков которого в течение тридцати двух лет спорили епископ и инквизитор Феррары; победа в 1301 году осталась на стороне инквизиции. Обвинение против Герарда Флорентийского, умершего в 1250 году, инквизитор брат Гримальдо довел до конца в 1313 году. Опасность конфискации имущества умершего увеличивалась, когда судьей выступал полупомешанный фанатик, заранее уже видевший во всяком еретика или, того хуже, когда судьей был просто алчный человек, искавший наживы в штрафах и конфискациях.
Инквизитор не стеснялся формой, не позволял, чтобы ему мешали юридические правила и хитросплетения адвокатов; он сокращал судопроизводство, лишая обвиняемого самой обыкновенной возможности сказать слово в свою защиту, он не давал права на апелляции и отсрочки. Инквизиция облекала дело глубокою тайною даже после произнесения приговора. Если не приходилось делать объявления об отсутствующем, то даже вызов на суд человека, только подозреваемого в ереси, делался тайно. О том, что происходило после явки обвиняемого в суд, знали немногие «скромные» люди, избранные судьей и давшие присягу хранить все в тайне; даже сведущие люди, призванные дать свое заключение о судьбе обвиненного, были обязаны сохранять молчание.
Выдержки из протоколов могли сообщаться только в исключительных случаях и с крайней осторожностью.
Обычно ход инквизиционного процесса был следующим. Когда на кого-то падали подозрения в ереси, приступали к негласному расследованию и собирали все возможные свидетельства на сей счет; затем человеку приказывали явиться в суд в такой-то день и час; если казалось, что он хочет сбежать, его могли неожиданно арестовать и держать до суда под арестом. По закону вызов в суд могли повторять до трех раз, но это правило не соблюдалось. Когда преследование было основано на народной молве, в качестве свидетелей вызывали первых попавшихся; количество догадок и пустых слухов, распространенных этими свидетелями, боявшимися навлечь на себя обвинение в сочувствии к ереси, было достаточно для доказательств вины. Таким образом, можно сказать, что обвиняемого осуждали заранее. Единственным средством спастись было признать все собранные против себя обвинения, отречься от ереси и согласиться на епитимию. Если же при наличии порочащих свидетельств человек упорно отрицал свою вину и настаивал на своей верности католичеству, то его именовали закоренелым еретиком и выдавали светской власти; далее его чаще всего ждал костер. Один инквизитор XV века настаивал, что ни в коем случае ни при каких условиях обвиняемого не следует отпускать на свободу; если он раскаивается, то его следует подвергнуть пожизненному тюремному заключению.