Пытка противоречила не только принципам христианства и традициям церкви; даже варвары, за исключением вестготов, избегали применять пытки. Однако в 1252 году Иннокентий IV одобрил применение пытки для раскрытия ереси; правда, церковные каноны запрещали лицам духовного звания при пытке присутствовать. Но в 1256 году, когда Александр IV дал инквизиторам и их помощникам право отпускать друг другу грехи за «неправильное поведение», инквизитор и его помощники стали пытать подозреваемых сами. Пытка была скорым и действенным приемом, чтобы добиться желаемых признаний. В документах следствия пытка упоминается как дело совершенно обычное. В октябре 1317 года Иоанн XXII решил ограничить применение пыток и предписал, чтобы они применялись только с согласия епископа, — правда, если через восемь дней после обращения за разрешением применить пытку ответа от епископа не поступало, инквизитор мог действовать по своему усмотрению.
Но инквизиторы недолго мирились даже с такими незначительными ограничениями. Тонкие схоластики разъяснили, что коль скоро папа не упомянул о пытке свидетелей, то сами инквизиторы должны решать, следует пытать свидетелей или нет — ведь они могли скрывать правду. А поскольку обвиняемый обычно сам становился свидетелем по вопросу о виновности своих друзей, то его подвергали пыткам именно в качестве свидетеля, добиваясь все новых и новых разоблачений.
При этом законоведы расходились во мнениях относительно того, при каких условиях оправдывалось применение пытки в отношении обвиняемого. Одни считали, что обвиняемого, пользовавшегося хорошей репутацией, можно подвергать пытке, лишь когда против него свидетельствуют двое, а человек дурной репутации может быть подвергнут пытке на основании показаний только одного человека. Другие утверждали, что показаний одного уважаемого лица уже достаточно, чтобы приступить к пытке, какой бы репутацией ни пользовался обвиняемый. Третьи считали, что для применения пытки достаточно «народной молвы». И все законоведы считали достаточным поводом к пытке, если обвиняемый на допросе проявлял страх, запинался или менял ответы, хотя против него и не существовало никаких свидетельских показаний.
Правила, принятые инквизицией для применения пытки, были впоследствии усвоены светскими судами всего христианского мира. Пытка должна была быть умеренная, и при этом следовало тщательно избегать пролития крови. Главную роль при выборе пыток играло мнение судьи. Узнику показывали орудия пытки и убеждали признаться. Если он отказывался, его раздевали и связывали; затем снова убеждали признаваться, обещая ему снисхождение. Это часто достигало желательного эффекта. Но если угрозы и увещания не достигали цели, то пытку применяли с постепенно возрастающей жестокостью. Если обвиняемый продолжал упорствовать, то приносили новые орудия пытки и предупреждали жертву, что они будут применены; если же и после этого жертва не ослабевала, ее развязывали и назначали на другой или третий день продолжение пыток. По правилу пытка могла применяться только один раз; но достаточно было приказать не повторить, а лишь продолжить пытку, и, как бы ни был велик перерыв, ее могли продолжать бесконечно. Можно было также заявить, что добыты новые свидетельские показания, которые требуют новых пыток.
Упрямую жертву подвергали все более тяжелым пыткам. В тех случаях, когда после мучений, найденных судьями достаточными, признаний не добивались, некоторые законоведы считали, что несчастного следует признать невиновным и отпустить на свободу; другие же считали, что подозреваемого в любом случае следует оставлять в тюрьме. Чтобы обойти запрет повторных пыток, следователи применяли подряд одну за другой пытки по разным пунктам обвинения. Если же жертва признавалась прямо в камере пыток, то признание записывали, зачитывали узнику и спрашивали, правдиво ли оно. Существовало, правда, правило, предписывавшее перерыв в двадцать четыре часа между пыткой и признанием или подтверждением признания, но обычно это не исполнялось. Молчание считалось знаком согласия. Продолжительность молчания определялась судьями, которые должны были принимать во внимание возраст, пол и физическое и нравственное состояние узника. Во всех случаях признание записывалось в протокол с отметкой, что оно сделано добровольно. Если обвиняемый отрекался от своего признания, то его можно было снова подвергнуть пытке, которая считалась продолжением прежней. Так как отречение от признания представляло «помеху деятельности инквизиции», обвиняемого карали отлучением от церкви. Инквизиторы всегда считали признание правдивым, а отречение от него — клятвопреступлением, свидетельствующим, что обвиняемый нераскаянный еретик и рецидивист, которого следует выдать светским властям. Если человек сознался и затем, отпущенный на свободу с наложением на него епитимии, публично утверждал, что был вынужден к признанию страхом, то на него смотрели как на нераскаявшегося еретика-рецидивиста.