Инквизиционный суд носил характер поединка между судьей и обвиняемым. Свидетельским показаниям в этой борьбе придавали большое значение, если они давали повод к задержанию и преследованию или были средством устрашения. С этой целью собирали самые незначительные слухи, даже заведомую клевету. Судопроизводство регулярных духовных судов, основанное на гражданском праве, признавало и применяло правила последнего относительно свидетельских показаний и обязывало подтвердить их на суде. Но уже с начала XIII века инквизиторы считали себя свободными от всяких ограничений, утверждая за собой право «сообразоваться не с обычными законами, как при других преступлениях, а с частными узаконениями и привилегиями, предоставленными инквизиторам Святым престолом, ибо есть много иного такого, что свойственно одной только инквизиции».
В самом начале деятельности святого трибунала была сделана попытка определить, в чем состоит проявление ереси. Нарбоннский собор 1244 года постановил: для такого проявления достаточно, если обвиняемый будет уличен в том, что «он выказывал доверие еретикам или считал их добрыми людьми». Добытые свидетельские показания на этот счет были обычно настолько же ничтожны и неосязаемы, как и те факты, которые желали подтвердить ими. Инквизиция не только предоставляла свидетелям право, но даже убеждала их говорить все, что взбредет на ум. Огромное значение придавали народной молве и общественному мнению; для подтверждения обвинения принимали на веру все слова свидетеля, даже основанные на личном предубеждении, на сплетнях, на пустых слухах или бессмысленной болтовне. Все, что могло повредить обвиняемому, разыскивалось и тщательно записывалось. В 1254 году Арно де Монреаль был объявлен «подозреваемым в ереси» только за то, что навещал свою мать и помогал ей в нужде после совершения над нею обряда еретикации; против него нельзя было сказать ничего другого, но и этого было достаточно, так как Арно был обязан донести на свою мать. В конце концов возвели в правило, что муж и жена, зная, что один из них исповедует ересь, должны донести об этом в течение года; в противном случае они становились соучастниками и без дальнейшего расследования осуждались как еретики.
Инквизиторами был составлен длинный перечень признаков ереси. Собор в Альби в 1254 году постановил, что посещение дома заведомого еретика изменяло простое подозрение в ереси на сильное. Некоторые инквизиторы считали достаточным поводом для осуждения своих жертв, например, подаяние еретику милостыни. Инквизитор все, чего нельзя истолковать в пользу обвиняемого, должен был рассматривать в неблагоприятном для него смысле. Безуспешно искать среди задаваемых инквизитором вопросов хотя бы один о вере обвиняемого. Всю свою энергию инквизитор употреблял на то, чтобы получить показания касательно его поступков. Достаточно одного примера, чтобы понять, от каких шатких улик зависела жизнь человека. В 1234 году Аккурсио Альдобрандини, флорентийский купец в Париже, познакомился с несколькими иностранцами; однажды он даже дал их слуге десять су. Когда Альдобрандини узнал, что его новые знакомые — еретики, он понял, что погиб, так как его поклоны им могли быть истолкованы как выражение почитания. Он поспешил в Рим и представил все дело Григорию IX, который потребовал от него денежный залог и поручил епископу Флоренции произвести расследование о предках Аккурсио. Следствие, произведенное кардиналами Остии и Пренесте, дало самые благоприятные результаты; Аккурсио отделался епитимией, наложенной на него папским духовником Раймундом Пеннафорте, и Григорий запретил парижским инквизиторам преследовать его.