При подобной системе самый набожный католик ни одной минуты не мог чувствовать себя в безопасности. В большинстве случаев только одно признание обвиняемого могло удостоверить факт ереси; поэтому, чтобы не оправдать тех, от кого нельзя было добиться признания, измыслили новое преступление — «подозрение в ереси». Различали три степени подозрения — легкое, сильное и тяжелое; толкователи трудились над определением количества и качества свидетельских показаний, обусловливавших одну из трех степеней подозрения, причем окончательное решение этого вопроса зависело от усмотрения судьи. Инквизитор же и вовсе считал несправедливостью отпустить безнаказанным человека, католицизм которого находился под сомнением.
Обычно признавали, что для осуждения человека, пользующегося хорошей репутацией, достаточны два свидетеля, хотя некоторые инквизиторы требовали большего числа. Однако если можно было опасаться, что обвинение не состоится из-за недостатка свидетелей, то вопрос решался всецело по усмотрению инквизитора; если нельзя было вызвать двух свидетелей для подтверждения одного и того же факта, то достаточно было двух отдельных свидетелей, которые могли бы засвидетельствовать два однородных факта. Если свидетель отказывался от своего первого показания, бывшего благоприятным обвиняемому, то первое показание не принималось во внимание; но если показание было неблагоприятно, то уже отречение не имело значения.
Эдикты Фридриха II лишали еретиков права выступать свидетелями, но они допускались свидетелями против других еретиков. Этот принцип был принят повсеместно, внесен в каноническое право и утвержден практикой. Если бы дело обстояло иначе, то инквизиция лишилась бы одного из наиболее плодотворных каналов для раскрытия и преследования еретиков. Отлученные от церкви, клятвопреступники, ростовщики, публичные женщины и все, кто по уголовным законам той эпохи был лишен права выступать в качестве свидетелей, имели законное право показывать против еретиков; и только личная смертельная вражда к обвиняемому, если, конечно, о ней было известно суду, признавалась законным поводом для отвода свидетелей.
Согласно действовавшему уголовному закону государств Италии, свидетель не мог быть моложе двадцати лет; но в делах о ереси допускались показания и более молодых людей, и эти показания, хотя и незаконные, признавались достаточными для того, чтобы послать человека на пытку. Во Франции возраст свидетеля не был строго определен, и решение этого вопроса предоставлялось на усмотрение инквизитора. Ввиду того что собор в Альби в 1254 году определил, что семилетние дети должны посещать церковь и знать «Верую», «Отче наш», «Богородицу», не допускались показания лиц моложе этого возраста. В протоколах инквизиции возраст свидетелей указывается редко, но в деле 1244 года об открытии гнезда еретиков в Монсегюре указано, что свидетелем выступает десятилетний мальчик. Показания ребенка против отца, сестры и других семидесяти лиц приняли всерьез, и они стали решающими при определении виновности этих несчастных.
Жены, дети и слуги обвиняемых не могли свидетельствовать в их пользу; но если их показания были неблагоприятны обвиняемым, то их принимали и даже считали особенно вескими. Когда дело шло о покойнике, то показанию священника, исповедовавшего и напутствовавшего его, не придавали значения. Но если тот же священник свидетельствовал, что покойник признался ему в ереси, отрекся от нее и получил отпущение грехов, то кости не вырывались и не сжигались, однако наследники подвергались штрафу или конфискации, которыми был бы наказан умерший при жизни.
Никто не мог отказаться выступить в качестве свидетеля; никакая привилегия, никакой обет, никакая присяга не освобождали от этой обязанности. Если свидетель не желал или колебался давать показания, то рядом с залом суда находился застенок, к орудиям которого инквизиторы прибегали для убеждения свидетелей чаще, чем для убеждения обвиняемых. Полагали, что применение пыток устраняло всякое сомнение относительно искренности показаний. Священникам было приказано требовать от исповедующихся сообщений всего, что они знали о еретиках и людях, сочувствующих ереси. Если исповедник узнавал что-либо касающееся ереси, то он должен был остановиться на этом и приложить все усилия, чтобы убедить кающегося донести об этом властям; если же его убеждение оставалось тщетным, то он должен был, не называя имен, посоветоваться с людьми «опытными и богобоязненными» и спросить их, как ему поступить в данном случае; уже один тот факт, что в подобном деле рекомендовалось обращаться за советами, показывает, что тайна исповеди не считалась инквизицией неприкосновенной.