Каноны Латеранского собора предписывали епископским судам не препятствовать обвиняемым присутствовать при решении их дел. Обвиняемому следовало предъявлять все жалобы, чтобы он мог дать свои объяснения; имена свидетелей и их показания следовало обнародовать и принять все законные отводы.
Разумеется, инквизиция эти каноны старалась в расчет не брать. В задачу инквизитора входило заставить обвиняемого сознаться в своем прегрешении. Чтобы легче было этого добиться, возможности защиты сводили до минимума, а иногда, в стремлении полностью развязать себе руки, обвиняемого лишали права иметь защитника. И это при том, что в епископских судах защитник был обязателен и часто бедным, которые не могли нанять себе адвоката, давали бесплатного защитника. Так, во всяком случае, записано в испанских законах XII века.
Но декреталий Иннокентия III, внесенный в каноническое право, запретил адвокатам и нотариусам оказывать содействие еретикам и лицам, сочувствующим ереси, а также выступать вместо них в судах. Это запрещение, которое касалось лишь закоснелых еретиков, было вскоре распространено на всех людей, подозреваемых инквизицией. Соборы Баланса и Альби в 1248 и в 1254 годах предупреждали инквизиторов об опасности адвокатских уловок и признавали адвокатов еретиков сочувствующими ереси, а ведь мы уже знаем, что объявленный сочувствующим ереси признавался по закону еретиком, если в течение года не мог это опровергнуть. Таким образом, защищать еретика в суде было делом небезопасным, хотя формально обвиняемый имел право взять себе защитника. Если защитниками были лица духовного звания, их навсегда лишали бенефиций.
Инквизиция имела право вызвать адвоката в качестве свидетеля, заставить его выдать ей имевшиеся у него документы и узнать от него все, что было сказано ему клиентом. Постепенно в принцип канонического права было возведено, что адвоката еретика по малейшему поводу можно было отрешать от обязанностей и самого подвергать суду, а затем, на тот случай, если все-таки еще найдутся смельчаки, желающие защищать еретиков, адвокатам вообще запретили выступать в судах инквизиции. Таким образом, обвиняемый защищался сам.
Защита могла прибегать к отводу свидетелей обвинения. Свидетель мог быть отведен в случае, если он испытывал смертельную вражду к обвиняемому, но вражда признавалась таковой, если в стычке между ними проливалась кровь или, по крайней мере, ссора была настолько крупной, чтобы могла вызвать кровопролитие. В отводе свидетеля была вся надежда защиты, но и она разрушалась сокрытием от обвиняемого его имени. Несчастному приходилось наудачу называть имена лиц, которые могли быть замешаны в его деле. Если он указывал на кого-либо из свидетелей как на своего личного врага, то его допрашивали о причинах вражды; инквизитор рассматривал мотивы ссоры и решал, достаточны ли они для отвода свидетеля. Одна из уловок судей состояла в том, что они в конце допроса спрашивали у обвиняемого, не имеет ли он таких озлобленных врагов, которые стали бы показывать ложно против него; если он отвечал отрицательно, то для него зашита уже теряла смысл. В других случаях обвиняемому предъявляли самого враждебного ему свидетеля и спрашивали, знает ли он его; отрицательный ответ лишал возможности ссылаться в будущем на личную вражду. Обвиняемому обыкновенно не позволяли вызывать своих свидетелей, за исключением случаев, когда требовалось установить враждебное отношение к нему кого-либо из обвинителей. Если обвиняемому не удавалось угадать имен своих врагов и опровергнуть их показания, то осуждение его было неизбежно.