Признание подозрения виной значительно облегчило инквизиции возможность не выносить оправдательных приговоров. Эдиктом Фридриха II предписывалось, что подозреваемые в ереси должны доказать свою невиновность; в противном случае они лишались покровительства закона.
Подозрение могло возникнуть разными путями, но особенно часто его порождала молва. Право определять степень подозрения в каждом конкретном случае предоставили инквизиторам. Считалось, что подозреваемые еще не пропащие люди, что их нельзя осуждать наравне с еретиками и следует налагать на них относительно легкие наказания, за исключением случаев «тяжелого» подозрения. Если обвиняемый не мог снять с себя «тяжелое» подозрение, его следовало передать в руки светской власти для дальнейшего суда, и часто этот суд оканчивался строгим приговором.
Подозрение отводилось, если несколько человек под присягой подтверждали невиновность подсудимого. Эти люди (соприсяжники) должны были принадлежать к одному с ним сословию и знать его лично. Число их менялось по усмотрению инквизитора и сообразно со степенью подозрения могло быть от трех до двадцати — тридцати и даже более. Если несчастный не успевал в течение года представить назначенное число соприсяжников, то применялся закон Фридриха II и он признавался еретиком; правда, в этом случае у него был шанс избегнуть костра, раскаявшись и отрекшись от заблуждений; тогда его ждало пожизненное тюремное заключение. Если же обвиняемому удавалось оправдаться благодаря соприсяжникам, то его хотя и выпускали на свободу, все равно не объявляли невиновным, поскольку уже то, что он попал в число подозреваемых, навсегда накладывало на него пятно бесславия.
Даже при таком повороте событий его заставляли отречься от ереси; отречение фиксировалось документально и хранилось в тщательно сберегаемом деле. Если впоследствии дело против этого человека возобновлялось, тот факт, что он ускользнул от первого обвинения, приводился как доказательство виновности.
Существовало несколько формул отречения от ереси в зависимости от того, сколь тяжелым было подозрение. Обряд совершался публично, на аутодафе, за исключением редких случаев, в которых обвиняемыми являлись духовные лица. Часто отречение сопровождалось денежным штрафом. Нежелание отречься — даже если перед этим человек был признан невиновным — вело к немедленному обвинению и скорому осуждению.
По теории, в задачу инквизиции не входило налагать наказания; миссия ее была в том, чтобы спасти души заблудших, направить их на путь спасения и наложить епитимии на тех, кто вступал на этот путь, подобно тому как делал это исповедник в отношении своих духовных детей. Ее приговоры — так мыслилось церковью — имели в виду лишь благо заблудших душ, очищение или искупление их от грехов. Когда инквизиция приговаривала к пожизненной тюрьме, формально это было простое повеление виновному предать себя тюремному заключению и посадить себя на хлеб и воду; затем ему объявляли, что он не должен выходить из тюрьмы под страхом отлучения от церкви и признания его клятвопреступником и нераскаявшимся еретиком. Если ему удавалось бежать, то в объявлении об этом он выставлялся безумцем, отвергшим спасительное лекарство.
Инквизитор никогда не приговаривал к смертной казни, но просто лишал покровительства церкви закоренелого и нераскаявшегося грешника или рецидивиста. За исключением Италии нигде более сам инквизитор никогда не подвергал конфискации имущество еретика, но лишь констатировал наличие преступления, которое по светским законам лишало виновного права владеть собственностью. Инквизитор мог наложить в виде епитимии штраф, причем взысканные деньги следовало обратить на добрые дела. Он судил грехи и предписывал духовные врачевания, следуя внушению Евангелия, которое всегда лежало раскрытым перед ним. Инквизитор не был связан никакими законами и правилами, вызванные на его суд оказывались в его полном распоряжении. Он мало обращал внимания на человеческие страдания. А тот, кто сопротивлялся инквизиции, даже если ему удавалось отвести все подозрения, обвинялся в непослушании и в конце концов часто объявлялся недостойным снисхождения.
Юридические права инквизиции распространялись не только на еретиков, добровольно отступивших от догматов церкви. Все, кто давал еретикам пристанище, милостыню или покровительство, кто не доносил на них властям или просто не задерживал их, — все эти люди, как бы ни была известна их преданность католицизму, навлекали на себя подозрение в ереси, очиститься от которого они уже не могли никогда. Инквизиторы считали, что еретик может освободиться от ада, если он раскается, исповедует свои грехи священнику и получит от него отпущение грехов. Но отпущение грехов не освобождало от земного наказания.