Тюрьмы, куда инквизитор мог упечь своих мучеников, были ужасны, однако гораздо больше страха несчастным внушала угроза лишения имущества, занесенная, как дамоклов меч, над головой всех и каждого. Инквизиция была способна довести до нищеты любое семейство. Богатые люди довольно быстро поняли, что самым благоразумным для них будет заручиться расположением могущественных мздоимцев. В 1244 году доминиканский капитул Кагора приказал инквизиторам не брать подарки и подношения, которые подрывали доброе имя ордена; но эти запреты скоро канули в Лету. Так как инквизиция представляла свои отчеты только папской канцелярии, то ее служители мало боялись расследований, инициируемых местным духовенством. Не опасались они и гнева небесного, так как сами их служебные обязанности обеспечивали полное отпущение всех грехов, которые они совершали и в которых тут же исповедовались и раскаивались. Никакие угрызения совести не смущали их духа.
Только одно наказание чисто светского свойства входило в компетенцию инквизиции — в ее обязанности входило указание домов, оскверненных ересью и, следовательно, подлежащих уничтожению. Уже в самом начале формирования инквизиции, в 1166 году, предписывалось сносить все дома, где еретики находили приют. Такая норма содержалась в указах, изданных императором Генрихом VI в 1194 году, Оттоном IV в 1210 году и Фридрихом II в 1232 году. Она также была внесена в Веронский кодекс 1228 года — предписывалось разрушить те дома, владельцы которых в недельный срок не удалят из дома своих жильцов-еретиков. Такое же предписание было в статутах Флоренции. Во Франции Тулузский собор 1229 года постановил, что всякий дом, в котором приняли еретика, подлежит разрушению, и граф Раймунд в 1234 году дал этому постановлению силу закона. Пустырь, оставшийся на месте снесенного дома, считался проклятым и обычно служил для свалки нечистот, однако не возбранялось, за малым исключением, использовать камень, из которого состояли разрушенные стены, для нового строительства.
Во Франции королевские чиновники, ведавшие конфискацией, в конце концов начали протестовать против разрушения частной собственности — иногда очень крупной, поскольку приговоры инквизиции касались не только крестьянских хижин, но и замков вельмож. Во второй половине XIV столетия между представителями короля и инквизиторами возник длительный спор, который завершился тем, что Карл V, посоветовавшись с папой, опубликовал 19 октября 1378 года указы, отменившие такую карательную меру, как разрушение недвижимости.
Впрочем, в арсенале инквизиции оставалось достаточно наказаний. По указанию папы Григория IX всех, кто, будучи задержанным, отказывался от заблуждений из страха смерти, следовало заключать в тюрьму. Это указание было подтверждено позже и церковными соборами, и императорскими эдиктами. В первой половине XIII века еретики-рецидивисты еще не считались погибшими безвозвратно; их не передавали светской власти, которая штамповала смертные приговоры, но, как правило, приговаривали к пожизненному заключению, что, по версии инквизиции, было особой милостью по отношению к людям, потерявшим всякое право на снисхождение. Исключений не допускалось. Нарбоннский собор 1244 года объявил, что, если нет особой папской индульгенции, не следует щадить никого — даже отца ради детей, единственным кормильцем которых он был; ни возраст, ни болезнь не должны были влиять на смягчение приговора. В Лангедоке ввиду широкого распространения ереси в начале XIII века число осужденных было столь велико, что не хватало тюрем, а епископы постоянно говорили о невозможности прокормить всех заключенных. Дошло до трагикомедии: инквизиторам предписали вплоть до особого решения папы выносить относительно мягкие приговоры; впрочем, когда дело касалось случаев закоснелости в грехах и вероотступничества, пощады ждать все равно не приходилось. Но уже в 1246 году ситуация с тюрьмами, видимо, нормализовалась, и собор в Безье предписал заключать в тюрьму всех грешников; исключение делалось только для тех, у кого были маленькие дети, и лишь в случаях, если грехи их были невелики. Только одним решением, объявленным в Тулузе 19 февраля 1237 года, было приговорено к пожизненному заключению около тридцати человек, причем часть из них пришлось временно запереть в частных домах, поскольку местная тюрьма оказалась переполнена. Здесь же, в Тулузе, с 1246 по 1248 год было осуждено сто двадцать семь человек на пожизненное тюремное заключение, шесть на десять лет, шестнадцать на неопределенный срок, который мог как скостить, так и прибавить местный инквизитор; несколько позднее, согласно решению Нарбоннского собора, стали приговаривать только к пожизненному заключению, которое сделалось обычным наказанием для всех согрешивших — за исключением упорствующих еретиков, попадавших на костер.