Смертность в этих тюрьмах была огромна. На аутодафе часто объявлялись приговоры по делам заключенных, которые умерли до окончания процесса. На аутодафе в 1300 году упоминалось десять лиц, умерших уже после того, как они созналась в ереси, но раньше решения их дела; в 1319 году было восемь подобных случаев, в 1326 году — четыре, в 1328 году — пять. Антисанитария, болезни, голод часто прекращали страдания несчастных раньше, чем того хотелось бы инквизиторам.
Нужно отметить одну особенность инквизиторских приговоров: они всегда оканчивались стереотипным выражением, оставлявшим за инквизитором право по произволу изменять, смягчать, увеличивать и возобновлять наказание. Еще в 1241 году Нарбоннский собор предписал инквизиторам всегда оставлять за собой это право, и с течением времени оно вошло в норму. В 1245 году Иннокентий IV предоставил инквизиторам, действовавшим совместно с епископами, право изменять наказание — как правило, это делалось в сторону его увеличения. И уж точно ни епископ, ни инквизитор не могли отменить наказание за ересь совсем; привилегия прошения и помилования принадлежала одному только папе — только представитель Бога обладал властью снять страшное пятно с человека.
Смягчали наказание нечасто — обычно в тех случаях, когда чистосердечность раскаяния была очевидной и появлялся повод продемонстрировать милосердие церкви. В 1328 году одним постановлением были освобождены двадцать три заключенных в Каркассоне; тюремное заключение им заменили ношением крестов, паломничествами, бичеванием и другими епитимиями.
Инквизитор мог смягчить или ужесточить наказание, никак не мотивируя свое решение. Собор в Безье в 1246 году постановил: если инквизитор освобождает заключенного, он обязан предупредить его, что первое же новое подозрение на причастность к ереси повлечет наказание без всякой жалости; за инквизиторами оставлялось право повторного заключения таких людей в тюрьму без суда и следствия. Кающийся должен был знать, что свобода, предоставленная ему, всецело зависит от усмотрения судьи; в своем клятвенном отречении он ручался своей жизнью и всем своим имуществом, что явится по первому зову.
В редких случаях, когда дело было выдающейся важности — например, шла речь о поимке или изобличении видного еретика, — инквизиторы могли обещать полное освобождение от наказания его приближенным, если они выдадут этого человека. Если были наложены особые духовные епитимии, инквизитор мог, по их выполнении, объявить кающегося человеком честных нравов, но это никоим образом не уничтожало первоначальный приговор. Снисходительность инквизиции никогда не доходила до прошения; она лишь давала отсрочку, и человек, над которым уже раз был произнесен приговор, мог всегда ожидать, что его снова вызовут в инквизицию и подвергнут, возможно, еще более тяжелому наказанию. Вся жизнь его с момента, когда он попал в поле зрения инквизиции, принадлежала молчаливому и таинственному судье, который мог разбить ее, не выслушав его оправданий, не объяснив причин. Он навсегда отдавался под надзор инквизиционной полиции, состоявшей из приходского священника, монахов, духовных лиц и всего заседания, которые через своих соглядатаев узнавали о всяком упущении, сделанном им при исполнении наложенной на него епитимии, о всяком подозрительном слове или действии. Уничтожить подобного человека в случае личной вражды было очень легко, чем многие и пользовались; сделать это было тем легче, что доносчик знал: имя его сохранят в тайне. Вся жизнь этих несчастных была сплошным беспокойством, и многие из них сходили с ума от постоянной тревоги.
Даже смерть не освобождала жертв инквизиции от преследования. Часто выкапывался и выбрасывался на свалку прах тех, кого своевременная смерть, казалось, отдала уже на суд Божий, и это приравнивалось к тюремному заключению. Если обвиняемый умирал после раскаяния, то он или его наследники все равно должны были понести наказание; наследники в таком случае подвергались легкой епитимии, от исполнения которой можно было избавиться, внеся на нужды инквизиции определенную сумму. Но если обвиняемый умирал, не раскаявшись, и был уже после смерти признан еретиком, останки его выдавались светской власти, которая поступала с ними по своему усмотрению, а имущество конфисковалось. Таким образом, потомки нераскаявшихся еретиков одним мановением судейской руки превращались в нищих.