Измена, по римскому праву, наказывалась с неумолимою жестокостью; а ересь — измена Богу. Согласно кодексу римского императора Юстиниана, дети виновного в измене лишались права занимать общественные должности. Тулузский собор 1229 года лишил права занимать любые административные должности детей даже тех еретиков, которые добровольно раскаялись и обратились в католичество. Фридрих II распространил действие этого закона и на внуков раскаявшихся еретиков. Правда, папа Александр IV в булле 1257 года, много раз повторявшейся его преемниками, пояснил, что это наказание не распространяется на внуков человека, который публично покаялся и выполнил епитимии, а Бонифаций VIII отменил ограничение прав для внуков с материнской стороны, но в остальном нововведение Фридриха II вошло в каноническое право.
Инквизиция сильно нуждалась в содействии светских чиновников; поэтому ее можно понять, когда она лишала права службы тех, кто в принципе мог симпатизировать еретикам. Но отсутствие сроков давности в отношении процессов против мертвых открывало для нее чрезмерные возможности по части преследования наследников еретиков. Архивы инквизиции сделались, таким образом, источником бесчисленных притеснений, направленных против неугодных лиц. Никто не мог быть спокоен, что в один прекрасный день не откроют или не сфабрикуют какого-нибудь свидетельского показания против кого-либо из его родителей или предков, давно уже умерших; этого было бы достаточно, чтобы навеки разбить служебную карьеру. Во многих местах инквизиторы получили право удалять со службы любое лицо, отец или дед которого хотя бы сочувствовал ереси. Поэтому если кающийся выполнял наложенную на него епитимию, то дети его часто из предосторожности брали об этом официальную справку, которая впоследствии давала им возможность получить службу. Иногда инквизиторы снимали с наследников еретиков тяготевшее над ними ограничение гражданских прав, но это было лишь отсрочкой наказания, которую во всякое время можно было отменить по первому подозрению в симпатиях к ереси. Тем не менее известно несколько случаев, когда потомки еретиков, которым вернули право служить, занимали даже духовные должности. На этот счет существовало правило: если кто-либо был посвящен в священники и получил бенефиций до осуждения своих родителей, то его уже не отбирали, то есть закон в отношении духовных лиц не имел обратной силы.
В основе всех приговоров инквизиции лежал приговор об отлучении от церкви. В теории духовные наказания, налагаемые инквизицией, были тождественны тем, при помощи которых всякое облеченное властью духовное лицо могло лишить человека вечного спасения; но духовенство так осрамилось, что анафема в устах священника, которого не боялись и не уважали, в значительной степени потеряла, по крайней мере в рассматриваемую эпоху, свое значение. В то же время наказания инквизиции были действенным оружием в руках относительно небольшого числа энергичных людей, и никто не мог безнаказанно относиться к ним без уважения. Даже самые отчаянные люди — за исключением героев, которых можно пересчитать по пальцам, — не решались вступать с инквизицией в открытое противостояние, так как знали, что за это им грозит ужасная кара.
Не без основания инквизиторы хвалились, что их проклятие по четырем причинам могущественнее проклятия представителей остального духовенства: они могли заставить светскую власть признать отлученного вне закона; они могли принудить ее конфисковать его имущество; они могли осудить как еретика любого, который оставался отлученным от церкви на протяжении года; и, наконец, они могли отлучить от церкви всякого, кто поддерживал отношения с отлученным. Таким образом, инквизиция добилась того, что ее смертельно боялись, беспрекословно слушались и подчинялись налагаемым ею наказаниям. Она устраняла все законы, которые противоречили ее судопроизводству, а для приведения в исполнение своих приговоров пользовалась услугами светской власти. Одним своим существованием она подтверждала, что Царствие Божие, представляемое ею на земле, было выше всех земных царств.
Хотя конфискация не была прямым делом инквизиции, она сама собой вытекала из ее приговора. Король Рожер, занимавший престол Сицилии в течение первой половины XII века, первый предписал конфискацию имущества всех, кто отпал от католической веры и исповедовал православие, магометанство или иудейство. Церковь ввела эту норму во все законодательства Европы как наказание за ересь. Большой Турский собор в 1163 году предписал всем светским правителям заключать еретиков в тюрьму, а имущество их конфисковать. Папа Иннокентий III в начале XIII века объявил в эдикте: «Мы повелеваем, чтобы имущества еретиков подвергались конфискации; чтобы эта мера применялась светскими князьями под страхом наложения на них духовных наказаний. Имущества еретиков, отрекающихся от ереси, не будут возвращены им, если только не будет благоугодно кому-нибудь сжалиться над ними… Должны быть отсечены от Христа и лишены имущества те, кто уклоняется от веры и оскорбляет Сына Божьего».