Формально конфискация имущества зависела от светской власти, и соответственно она могла пощадить имущество виновного. Это создало почву для значительных злоупотреблений. Князья пополняли свои доходы при помощи конфискаций, а чиновники получали взятки от тех, кто хотел сохранить хотя бы часть своего добра.
Отношение инквизиции к конфискованному имуществу в разные эпохи и в разных странах было различно. Во Франции право на собственность еретика, если его вина была установлена, переходило светской власти; инквизитор там только устанавливал степень виновности подсудимого. Приговоры французской инквизиции вообще не говорят о конфискации, за исключением приговоров, вынесенных по делам отсутствующих и умерших, где иногда о конфискации упоминается. В то же время, как только подозреваемый в ереси вызывался на суд или задерживался, накладывался арест на его имущество и сообщалось об этом его должникам. Когда выносился приговор, инквизитор извещал о нем власти, а среди его обязанностей была и такая, как наблюдение за тем, чтобы конфискация была произведена.
В Италии Иннокентий IV в 1252 году предписал властям Ломбардии, Тревизо и Романьи отбирать имущество у еретиков и их пособников, но право конфискации признавалось за светской властью, которой и доставалось конфискованное добро. Вскоре, однако, в некоторых городах итальянские инквизиторы получили контроль над процессом конфискации, а уже с XIV века все конфискованное шло на нужды инквизиции.
В Германии Вормсский сейм в 1321 году постановил, что земли и прочие владения осужденного еретика поступают его наследникам, а ленные поместья отходят сюзерену. Если еретик был рабом, его имущество целиком поступало во владение его господина, но из общей суммы удерживали расходы на казнь и судебное вознаграждение судьи. В 1323 году Майнцский собор решил, что имущество обвиняемых в ереси должно оставаться в неприкосновенности до окончания суда, и грозил отлучением от церкви всякому, кто до этого времени на это имущество посягнет. Когда император Карл IV сделал в 1369 году попытку ввести инквизицию в Германии, он приказал третью часть конфискованного имущества отдавать инквизиторам.
Впрочем, даже в тех странах, где инквизитор формально не имел никакой доли в конфискации, он почти всегда имел доступ к дележу имущества обвиняемого, причем число тех, на кого распространялась угроза конфискации, постоянно увеличивалось. Собор в Безье в 1233 году настаивал, чтобы она применялась и против воссоединенных с церковью — тех, кто был осужден на ношение крестов. Соборы в Безье в 1246 году и Альби в 1254 году требовали применения конфискации во всех случаях, когда человек осуждался на тюремное заключение. Тюрьма и конфискация с этого времени были нераздельны. Иногда умершие приговаривались к тюремному заключению с единственной целью — лишить их наследников права наследования. В конце концов юристы условились признавать тюремное заключение как условие, достаточное для конфискации имущества.
Король Франции Людовик Святой своими указами 1229 и 1259 годов предписал конфисковать имущество не только тех, кто был присужден к тюрьме, но и тех, кто не явился по вызову инквизиции или укрывал в своем доме еретика. Королевские чиновники должны были узнать от инквизитора еще до окончания суда, заслуживает ли обвиняемый тюрьмы, и, в случае утвердительного ответа, наложить арест на его имущество. Наследники восстанавливались во владении имуществом только в тех случаях, когда еретик успевал покаяться раньше, чем его вызвали в инквизицию, или если он, покаявшись, вступал в монашеский орден. Конфискация применялась повсеместно и с неумолимой жестокостью — почти автоматически. В то же время возврат имущества воссоединенному с церковью еретику был редким актом милосердия и требовал особо мотивированного постановления.