Второстепенные подробности известны нам из отчета одного свидетеля казни Яна Гуса в Констанце в 1415 году. Еретик стоял между двух вязанок хвороста; его крепко привязали к толстому столбу, причем веревки охватывали его лодыжки, колени, талию, их продели между ногами и под мышками; на шею ему надели цепь. Затем заметили, что он повернулся лицом к востоку, а так как это сочли неприличным для еретика, то его повернули лицом к западу. Он был обложен до самого подбородка связками хвороста и соломы. После этого граф-палатин Людовик, наблюдавший за исполнением казни, подошел к эшафоту вместе с констанцским прево и в последний раз предложил Гусу отречься. Когда тот отказался, они отошли и ударили в ладоши, что было знаком поджечь костер. Когда огонь пожрал все, то приступили к окончательного уничтожению обуглившегося трупа; его разорвали на части и перебили кости, а затем останки и внутренности снова бросили в огонь.
Когда опасались, что присутствующие сохранят для поклонения останки мученика, то после того, как огонь гас, тщательно собирали пепел и бросали его в проточную воду.
Сохранились отчеты с указанием расходов, которые потребовались на казнь еретиков. Вот, скажем, подробная запись трат на сожжение четырех еретиков в Каркассоне 24 апреля 1323 года: «Дрова — 55 су 6 денье; хворост — 21 су 3 денье; солома — 2 су 6 денье; 4 столба — 10 су 9 денье; веревки — 4 су 7 денье; палачу по 20 су с головы — итого 80 су…» Немного более двух ливров на каждого казненного еретика.
В 1237 году в Тулузе из могил вырыли множество людей, признанных еретиками после смерти. Их полуразложившиеся трупы протащили по улицам, впереди шел глашатай и кричал: «Всякий, кто поступит так, так вот и погибнет»; затем их сожгли на кострах «во славу Бога, Блаженной Девы Марии, Его Матери, и блаженного Доминика, их служителя». Эта процедура, несмотря на то что была довольно дорога, вошла в традицию и сохранялась все время существования инквизиции, причем на нее тратились немалые деньги.
Костер служил инквизиции еще и для того, чтобы очищать страну от «заразительных и еретических сочинений»; это было начало цензуры, занявшей впоследствии видное месте в деятельности инквизиции. В 1210 году был издан приказ сжечь еретические сочинения Давида де Динана, а также «Физику» и «Метафизику» Аристотеля. По приказу Якова I Арагонского сожгли неканонические переводы Святого Писания. Сожгли сочинение Вильгельма из Сент-Амура «Опыты».
Особую ненависть вызывали книги евреев — прежде всего Талмуд; церковь не щадила усилий, чтобы уничтожить их. Эти гонения инициировал обращенный в христианство еврей Никола де Рупелла, который около 1236 года обратил внимание Григория IX на богохульство, заключающееся в еврейских книгах, в особенности в Талмуде. В июне 1239 года Григорий потребовал от королей Англии, Франции, Наварры, Арагона, Кастилии и Португалии, а также прелатов этих королевств, чтобы в субботу грядущего поста, когда все евреи будут в своих синагогах, все книги их были схвачены и выданы монахам нищенствующих орденов. В мае 1248 года в Париже было сожжено четырнадцать возов книг, а затем еще шесть. В 1255 году Людовик Святой приказал сенешалям Нарбоннской провинции уничтожить все экземпляры Талмуда, а также все другие книги, «содержащие богохульства». В 1267 году Климент IV предписал арагонскому архиепископу заставить короля Арагона и его сеньоров под страхом отлучения от церкви распорядиться, чтобы евреи выдали инквизиторам Талмуд и другие книги. Книги, в которых не обнаружится богохульство, следовало возвратить, а остальные опечатать и спрятать в надежное место. В 1299 году Филипп Красивый приказал своим судьям помогать инквизиторам в уничтожении Талмуда. В 1309 году в Париже были публично сожжены четыре воза еврейских книг. В 1319 году понадобились две телеги, чтобы свезти еврейские книги, осужденные на аутодафе в Тулузе. В 1554 году папа Юлий III подтвердил требование инквизиции, обращенное к евреям: им было приказано под страхом смерти выдать все книги, где встречаются богохульственные отзывы о Христе; это папское предписание было внесено в каноническое право.
Методы, изобретенные инквизицией, произвели на церковь самое печальное действие. Епископские суды сначала применяли эти методы только к еретикам, но затем нашли, что насилие и произвол дают блестящие результаты, и распространили их абсолютно на все дела, подсудные епископским судам. Уже в 1317 году инквизитор Бернар Ги говорит о пытке как о явлении, обычном в духовных судах, и задается вопросом, почему надо стеснять епископов в ее применении к еретикам, тогда как пытка свободно применяется к другим обвиняемым?