В стенах собора похоронены все цари, от Петра I до Александра III (только Петр II, умерший в Москве, там и был похоронен, да нет Иоанна VI Антоновича).
Обычай хоронить членов царской династии в храмах, основывавшийся на древнейшем представлении о божественном происхождении их власти, был широко распространен во всем христианском мире. В допетровской Руси таким храмом был Архангельский собор Московского Кремля. С переносом в 1712 г. столицы из Москвы в Петербург его значение перешло к Петропавловскому собору. По этому поводу один из первых историков собора писал: «Архангельский собор в Москве весьма справедливо называют святилищем истории Российской, как заключающий в себе останки наших великих князей от Калиты… до царя Иоанна Алексеевича. Это название, столь же справедливо, принадлежит собору Петропавловскому — как служащему усыпальницей августейших особ нашего Императорского Дома со времен основания Санкт-Петербурга…».
Первой в церкви Апостолов Петра и Павла была похоронена полуторагодовалая дочь Петра I Екатерина, скончавшаяся в 1708 г. (Впоследствии деревянную церковь, построенную в 1703—1704 гг., разобрали в связи с начавшимся в 1712 г. строительством на этом месте каменного храма.) К моменту смерти Петра I собор еще не был достроен. Поэтому внутри него, по проекту Доменико Трезини, была сделана временная деревянная церковь. Туда 10 марта 1725 г., с подобающей пышной церемонией, перенесли тела Петра I и его дочери Натальи, скончавшейся 4 марта. Оба гроба были установлены на катафалке под балдахином, обитом золотой тканью. В 1727 г. там же поставили и гроб с телом его жены, императрицы Екатерины I. В мае 1731 г. императрица Анна Иоанновна повелела предать земле прах Петра I и его супруги. Погребение происходило с особенно учрежденной церемонией 29 мая в субботу, в одиннадцатом часу утра. При этом присутствовали вельможи и многие коллежские чины. Во время опускания гробов в крепости был произведен пятьдесят один выстрел. Точная дата предания земле праха его дочери неизвестна.
Захоронения производились в землю, и места могил отмечались вделанными в пол мраморными плитами с надписями и позолоченными крестами. В 1865 г. плиты заменили надгробиями. Среди них примечательны гробницы, воздвигнутые у северной стены собора над могилами Александра II и его жены. Оба саркофага высечены из цельных монолитов: первый — из алтайской яшмы (вес его около 4960 кг), второй — из уральского орлеца (вес около 6560 кг). Работу, которая длилась 17 лет и была закончена в 1906 г., выполняли мастера Петергофской гранильной фабрики. Справа от южного входа в собор установлена гробница на месте захоронения Петра I. Гроб с телом Петра был перенесен в еще недостроенный собор, в течение шести лет (1725—1731 гг.) стоял посреди собора и, наконец, был предан земле на месте, избранном самим Петром еще при его жизни.
В течение многих лет собор служил своеобразным музеем, где сосредоточивались почетные трофеи, взятые русскими войсками в ходе Северной войны со Швецией, войны с Турцией в конце XVIII в., Отечественной войны 1812 года и других войн. В настоящее время эти трофеи (знамена, ключи от взятых крепостей, оружие и т. п.) находятся в Историческом музее в Москве.
В непосредственной близости к Петропавловскому собору в начале XX в. по проекту архитекторов Д. Гримма, А. Томишко и Л. Бенуа было закончено строительство усыпальницы для захоронения великих князей. Это здание соединяется с Петропавловским собором. Рядом с куполом усыпальницы еще более высоким кажется золотой шпиль колокольни собора, который, поднимаясь над гладью Невы, как бы перекликается с Адмиралтейской иглой, куполом Исаакиевского собора и башней Кунсткамеры, являясь главным украшением прекрасного ансамбля невских набережных.
В 1998 г. в Екатерининском приделе собора Петропавловской крепости захоронены останки последней царской семьи. Правда, церковь не признает их «царскими», поэтому, видимо, молебен летом 2001 г. проходил не у главного алтаря, а в приделе.
Придел — пристройка к православному храму со стороны южного или северного фасада или специально выделенная часть основного здания с дополнительным алтарем для отдельных богослужений.
Сомнения церкви основаны на выводах следователя Н. Соколова, который еще в 1918 г. по горячим следам преступления пришел к заключению, что изуверы расчленили, а затем сожгли тела убитых.
Недавно японский ученый Тацуо Нагай провел собственное исследование капли пота Николая II, и заявил, что она не имеет ничего общего с захороненными костями. Помимо профессора питерцам было и другое знамение, что останки ненастоящие. В день годовщины захоронения — 17 июля — с крыши Смольного собора ураганом снесло крест. После чего по городу прокатилась молва, что это небесный знак, указующий на ошибку.
К 1917 г. в Петропавловском соборе на стенах, колоннах и у могил находилось более тысячи венков. Например, у могилы Александра III их было 674. У каждой могилы стояли иконы и лампады. На надгробиях Петра I, Александра I, Николая I и Александра II лежали золотые, серебряные и бронзовые медали, выбитые по случаю различных юбилейных дат.
В октябре 1917 г. по распоряжению Временного правительства все иконы, лампады, золотые, серебряные и бронзовые медали с могил, золотые, серебряные и фарфоровые венки были сняты, уложены в ящики и отправлены в Москву.
Дальнейшая судьба этих вещей неизвестна.
В мае 1919 г. по распоряжению коменданта Петропавловской крепости собор и усыпальница были закрыты и опечатаны. В 1922 г. произведено изъятие остатков церковных ценностей для помощи голодающим. Оно происходило в присутствии коменданта крепости, церковного старосты, представителя Главмузея и заведующего имуществом собора.
***
Ах ты батюшка светел месяц!
Что ты светишь не по-старому,
Не по-старому и не по-прежнему,
Все ты прячешься за облаки,
Закрываешься тучей темною.
Что у нас было на святой Руси,
В Петербурге в славном городе,
Во соборе Петропавловском,
Что у правого у крылоса,
У гробницы государевой,
Молодой солдат на часах стоял,
Стоючи, он призадумался,
Призадумавши, он плакать стал.
И он плачет — что река льется,
Возрыдает — что ручьи текут,
Возрыдаючи он вымолвил:
«Ах ты матушка сыра земля!
Расступися ты на все стороны,
Ты раскройся, гробова доска,
Развернися ты, золота парча,
И ты встань, проснись, православный царь,
Посмотри, сударь, на свою гвардию,
Посмотри на всю армию,
Уже все полки во строю стоят,
Все полковники при своих полках,
Подполковники на своих местах,
Все майоры на добрых конях,
Капитаны перед ротами,
Офицеры перед взводами,
А прапорщики под знаменами,
Дожидают они полковника,
Что полковника Преображенского,
Капитана бомбардирского».
***
В 1939 г. вскрывалась могила великой княгини Александры Георгиевны, супруги великого князя Павла Александровича (он был расстрелян в 1919 г.). Она была урожденной принцессой Греческой, и ее прах, по просьбе греческого правительства, был передан на родину.
В 1927 г. собор перешел в собственность Музея революции, а в 1954 г. стал принадлежать Государственному музею истории Ленинграда (Санкт-Петербурга).
С великокняжеской усыпальницей дело обстояло иначе. В декабре 1926 г. комиссия, обследовавшая здание, пришла к выводу, что «все бронзовые украшения, а также решетки алтарной части, как не представляющие исторической и художественной ценности, подлежат переплавке». Украшения были сняты, и дальнейшая судьба их неизвестна. После Великой Отечественной войны в здании некоторое время располагался склад бумажной фабрики.
В 1954 г. усыпальница была передана Музею истории Ленинграда. В 1960-е годы, после проведения реставрационных работ, в здании усыпальницы открылась экспозиция «История строительства Петропавловской крепости». Ее демонтировали в 1992 г. в связи с захоронением правнука Александра II, великого князя Владимира Кирилловича и началом реставрационных работ.
Церковь в крепости раньше была деревянной, но расписана под желтый камень. На ее увенчанной острым шпилем колокольне были подвешены особым образом подобранные колокола. И некий «великий в своем деле искусник», для того тут и поставленный, ежечасно отбивал соответствующее число ударов, предварительно отзвонив какую-нибудь мелодию.