В том числе приговоры были вынесены по делу Юлая Азналина и Салавата Юлаева, пугачевских полковников и есаулов. За исключением 109 человек яицких казаков во главе с Петром Булдыгиным, освобожденных от наказания, потому что они «не только сами явились, но и привезли его (Пугачева) с собой в Уральск, предали правосудию», т.е. в руки правительства, почти все руководители восставших были казнены. Что же касается рядовых участников восстания, то они были подвергнуты различным наказаниям. Крестьян обычно после наказания кнутом или плетьми отправляли к их помещикам или на каторгу в Таганрог и Рогервик, где их должны были «во всю жизнь содержать в оковах», или в Сибирь на поселение.
Такой же расправе подвергались и работные люди, принимавшие участие в крестьянской войне. В числе их жестоко был наказан плетьми и сослал «в тяжкую каторжную работу» предводитель отряда работных людей Боткинского завода молотовный мастер Семен Пономарев. В отдельных случаях работные люди после наказания посылались на различные заводы, причем мастера — в качестве простых рабочих с условием, «что в мастера всю жизнь их не произведут».
Священников, как правило, не подвергали телесным наказаниям, но в большинстве случаев «лиша священства, посылали в Нерчинск на каторжную работу вечно». Иногда священников после лишения сана отправляли в солдаты, «а буде негодны, то положив в подушный оклад, причисляли во крестьянство».
Жестоко расправлялась Тайная экспедиция с теми из дворян, которые изменили интересам своего класса или недостаточно их защищали. В феврале 1774 г. экспедиция осудила к лишению всех чинов и дворянского звания, записанию в солдаты и наказанию шпицрутенами поручика Илью Щипачева, прапорщика Ивана Черемисова, подпрапорщика Богдана Буткевича; первого — за то, что, оставшись старшим офицером Самарской крепости, сдал ее без сопротивления повстанцам и присягнул Пугачеву, второго — за сдачу повстанцам без сопротивления отряда пленных польских конфедератов и также за присягу Пугачеву, третьего — тоже за присягу Пугачеву.
В сентябре 1762 г., в дни коронации Екатерины, в Тайной экспедиции производился предварительный розыск по крупному политическому процессу — делу гвардейских офицеров, братьев Гурьевых, Петра Хрущева и коллежского асессора Алексея Хрущева, замышлявших путем дворцового переворота возвести на престол Иоанна Антоновича. К вынесению приговора по этому делу Тайная экспедиция имела слабое отношение. Решение было вынесено Сенатом. Петр Хрущев и Семен Гурьев, после лишения чинов и публичного шельмования, были сосланы на Камчатку в Болыперецкий острог. В Якутск сослали Ивана и Петра Гурьевых. Алексею Хрущеву было предписано «жить в своих деревнях, не выезжая в столицы». В январе 1764 г. императрица пересмотрела решение и предписала Алексея Хрущева сослать в Тобольск Из ссылки братья Гурьевы были возвращены только в 1772 г., то есть ровно через 10 лет после их ареста.
Если в 1762 г. розыск по этому крупному политическому делу велся в Тайной экспедиции лишь частично, то в 1763 г. по аналогичному делу солдата Преображенского полка Михаила Кругликова все розыскное дело от начала до конца велось в Тайной экспедиции. Кругликова обвиняли в распространении слухов о состоявшемся якобы собрании пятисот Преображенских солдат, «которые другую ночь не спят для Ульриха» — отца бывшего императора Иоанна Антоновича, принца брауншвейгского Ульриха-Антона. Во время розыска выяснилось, что слова Кругликова были чистым вымыслом. Несмотря на это, Екатерина встревожилась. В записке к Панину она указывала: «... при наказании оного служивого прикажите хотя Шешковскому, чтобы еще у него спросили, где оные 500 человек собираются и видел ли он их или слышал от кого?».
Кругликова приговорили к наказанию батогами и ссылке в сибирский гарнизон.
В 1769 г. по доносу «майорши» вдовы Анны Постниковой, было открыто намерение офицеров Преображенского полка Озерова, Жилина, Попова и Афанасьева совершить государственный переворот и возвести на престол Павла Петровича. После предварительного следствия это дело было рассмотрено судом особой комиссии в составе генерал-полицмейстера Чечерина, Елагина, генерал-прокурора Вяземского во главе с Паниным. Обвиняемые были приговорены к лишению всех чинов, дворянства и звания, к ссылке в Нерчинск на вечную работу, на Камчатку и заключению в Дианементскую крепость.
Вся эта группа дел свидетельствует, что во второй половине XVIII в. чиновники политического розыска не видели разницы между умыслом, т. е. намерением совершить преступление, и фактом его совершения. Обвиняемые только высказывали намерение, но в действительности решительно ничего не предприняли для организации переворота. Вся их антигосударственная деятельность практически свелась к одному: разговорам на эту тему в узком кругу. Действия участников всех этих «заговоров» не представляли опасности для правительства. Несмотря на это, им было придано большое значение.
Дело в том, что Гурьевы и Хрущев выражали недовольство порядками, установившимися в гвардии для офицеров. То же самое говорил и Кругликов, имея в виду солдат. Попов жаловался на пренебрежение правительством интересами дворянства, на финансовые трудности, вызванные войной с Турцией, и чрезмерную любовь Екатерины к Орловым. Императрица не могла не считаться с настроениями той самой гвардии, штыками которой она была возведена на престол. Получив власть из рук гвардии, Екатерина была не прочь ее обуздать и вытравить из сознания офицеров самую мысль о возможности таких переворотов в будущем.
Значительно более опасными для правительства Екатерины были другие заговоры, в частности, заговор поручика Смоленского пехотного полка Мировича, предпринявшего в июле 1764 г. попытку освободить Иоанна Антоновича и возвести его на престол.
Дед Василия Мировича был приверженцем Мазепы, отец тоже в чем-то замешан. В обвинительном заключении Мирович назван внуком и сыном изменников. Было ему 24 года. Картежник, мот, постоянный должник что называется, без царя в голове, он все время добивался возвращения конфискованного отцовского имущества.
У отставного барабанщика из крепости Мирович случайно узнал, что в Шлиссельбурге заточен Иоанн Антонович. И у него возникает мысль освободить его. Зачем? Да кое-что изменить в России. Что же? На допросе Мирович изложил причины, побудившие его пуститься в такое рискованное предприятие. Их четыре: 1) что «он не имел свободного входа при высочайшем дворе в те комнаты, где ее императорское величество присутствовать изволит, и в кои только штаб-офицерского ранга люди допускаются»; 2) что «в те оперы, в которых ее императорское величество сама присутствовать изволила, он равномерно допущаем не был»; 3) что «в полках штаб-офицеры не такое, какое следует офицерам по своей чести отдают, и что тех, кои из дворян, с теми, кои из разночинцев, сравнивают и ни в чем преимущества первым против последних не отдают»; 4) что «по поданной им ее императорскому величеству челобитной о выдаче из отписанных предков его имений, сколько из милости ее императорского величества пожаловано будет ему, в резолюции от ее величества написано было: как по прописанному здесь проситель никакого права не имеет, потому отказать...».
Мирович вошел в сговор с поручиком Аполлоном Ушаковым. Они порешили так: Мирович постарается быть посланным в караул в Шлиссельбургскую крепость, а Ушаков, надев штаб-офицерский мундир, должен был в крепость приплыть на шлюпке и, представившись Мировичу при всех подполковником Арсеньевым, предъявить указ императрицы: арестовать коменданта крепости, заковать его в кандалы и с таинственным узником везти в Петербург. А там они намеревались, пристав в шлюпке к выборгской стороне, показать Иоанна артиллеристам и прочитать составленный Мировичем манифест о настоящем государе. После присяги новому государю полки должны были захватить Сенат, правительственные учреждения.