Батюшка одел на Мишу свою скуфью, а сам без скуфьи мёрз. Через три дня батюшку расстреляли, остальных осудили на три года тюрьмы. Михаила освободили по малолетству. Когда ночью он, пройдя по морозу семь километров, вбежал в дом, отец, взяв плеть, так выпорол мальчика, что стихарь на нём был изрублен, как топором. Три месяца Миша провалялся на печке без движения.
Отец выгнал Михаила из дома. Отрок построил себе келью во дворе и стал мастерить вёдра, табуретки, шкафы, столы, клал печи, крыл жестью крышу, работал кузнецом, краснодеревщиком, портным. Увидит какую-либо вещь — лучше сделает. С мальчиками он не дружил, на улицу не ходил, на речках не был. Никогда не был ни в кино, ни в театре. С детских лет никогда не нарушил ни среды, ни пятницы.
Никогда в жизни в день три раза не кушал, всегда два раза. Никогда не кушал ни сметану, ни масло коровье. Рыбу — редко, когда сухую вкушал, жирное есть не мог.
С 1938 года по 1941 год Михаил занимался в родном селе Бараково разными ремесленными работами и здесь прошёл первую школу жизни. Проучившись четыре класса в старой бараковской школе (до революции она была церковно-приходской), Михаил в 5–7 классах учился в Илькульгане. В 7 классе он учился всего 42 дня из-за гонений.
Первым духовным наставником Михаила был старец Андрей Егорович Варламов (1870–1956 годы). Афонский послушник, ещё до революции посланный в Россию для сбора пожертвований, он так здесь и остался, когда началась германская война и невозможно было вернуться на Афон.
Старец Андрей 28 лет скрывался от богоборческой власти в родном селе Илькульган Шарлыкского района Оренбургской области. Жил в подполье, и даже родные его не знали, что он находится рядом.
— Я к старцу, — вспоминал игумен Мисаил, — по ночам бегал, днём было небезопасно, могли проследить. Но Господь хранил батюшку. Бывало, окружат милиционеры дом, где он в подполье скрывался, я со страху чуть не плачу, а старец спокойно мне говорит:
— Не бойся, Мишунька, они меня не найдут, а тебя увезут, так ты им семь печек сложи, они и отпустят.
Так всё и выходило. От старца их Господь отведёт, а меня арестуют. В тюрьме побьют немножко, я им печки сложу, и они меня отпускают. Печки я с девяти лет начал самостоятельно класть. Русские печки, голландки (трех-, пяти-, семи-, девятиоборотные), контрамарки в железном футляре — всё умел. Сейчас это ремесло уже совсем забыто. А жаль, ведь какой дом без печи, без семейного очага.
В августе 1941 года был призван в ряды Красной Армии и отправлен в строительный батальон на станцию Колтубановка Чкаловской области. Там довелось пережить первую лютую военную зиму.
В строительной части были одни старики и несовершеннолетние.
— Я, как наиболее способный, был назначен прорабом. Жили в выстроенных своими силами землянках. Морозы доходили до 40 градусов, а я ходил в летней скуфейке.
От ветров правый глаз покраснел. Местный фельдшер помазал глаз какой-то жидкостью, и глаз окончательно перестал видеть.
23 декабря 1942 года меня отправили в эвакогоспиталь № 359 в Оренбург, где я находился на излечении до 9 марта 1943 года.
Там врачи решили, что глаз не спасти, прооперировали, и я остался с одним глазом. Меня признали негодным к службе в РККА с исключением с учёта. После той операции мне дали вторую группу инвалидности и комиссовали, — вспоминает о. Мисаил.
Отец Мисаил очень почитал и всегда много рассказывал ещё об одном своем духовном наставнике, схиепископе Петре (Ладыгине, 1866–1957 годы):
— Моя первая встреча со схиепископом Петром произошла, когда мне было 14 лет. Осенью 1937 года к нам в дом пришла незнакомая женщина. Она назвалась монахиней Дарьей и сказала, что меня приглашает к себе схиепископ Пётр из Уфы. Я не мог отказаться. До Уфы мы дошли пешком. Рядом с рекой Белой в районе под названием Нижегородка мы вошли в дом, где в подполье скрывался Владыка.
Я обомлел, когда предо мною предстал огромного роста старец в облачении схимника. Погруженный в его отеческие объятия, я плакал и слышал, как он говорил:
— Монахом будешь, Мишунька, монахом будешь.