Братии многим достались паспорта, о. Мисаилу — «волчий билет», разрешавший жить в каком-либо населенном пункте не более трёх недель. Стал он переезжать из города в город по всей Средней Азии. Вскоре, устав от бесконечных переездов, он ушёл в бега. Был объявлен во всесоюзный розыск. О. Мисаил узнал об этом позже, иначе бы не отправился тайно в родной Оренбург. Находясь на квартире у сестры, о. Мисаил обнаружил, что дом оцеплен. Едва сумел скрыться, выйдя из дома, надев поверх рясы женское пальто, а на голову накинув платок.
Где только не пришлось скрываться о. Мисаилу от ищущих его солдат. На чердаке в сене, которое прокалывали штыками, в коптильне, в колодце, в овраге. Один раз под койкой, на которой сидел энкаведешник, который допрашивал хозяев.
— Вот проклятый одноглазый поп! — жаловался он. — На него всесоюзный розыск объявлен, а мы не можем его схватить.
В 1955 году о. Мисаил благополучно вернулся в Среднюю Азию. Там его всё-таки арестовали. Епископ Ташкентский Ермоген (Голубев, 1896–1978 годы жизни), взяв его на поруки, отправил в Пржевальск. С 1955 по 1956 год о. Мисаил был псаломщиком Троицкой церкви города Пржевальска Иссык-Кульской области.
О своей дальнейшей судьбе отец рассказывал так:
— В начале 1956 года владыка Ермоген (Голубев) с сопроводительным письмом отправил меня в Москву к Патриарху Алексию I (Симанскому, 1877–1970 годы жизни). Девять дней прожил я у Святейшего в Чистом переулке, а потом, по его благословению, уехал в Одессу. С марта 1956 года пребывал в числе братии Свято-Успенского монастыря города Одессы на различных послушаниях, в том числе — помощником уставщика и келейником митрополита Нестора (Анисимова, 1885–1962 годы жизни) и архиепископа Даниила (Юзвьюка, 1880–1965 годы жизни).
Шёл 1956 год. В этот год многие репрессированные архипастыри возвращались из мест заключения. Время было тревожное, но светлая память о сотнях, тысячах наших братьев во Христе, пострадавших за веру, отнимала у нас страх и вселяла упование на что-то светлое впереди.
Только приехал о. Мисаил в Одессу, звонит из Москвы Даниил Андреевич Остапов, с детских лет бывший келейником у Патриарха Алексия I, и даёт задание: встретить прибывающего из тюрьмы владыку Даниила (Юзвьюка).
Владыка Даниил во время войны управлял белорусскими приходами, находящимися на территориях, оккупированных фашистами. И после освобождения Белоруссии советскими войсками формальной причиной его ареста было то, что он, шантажируемый фашистами расстрелом всех православных священнослужителей Белоруссии, был вынужден официально поздравить с днём рождения Адольфа Гитлера.
В заключении владыка Даниил провел шесть страшных лет. В тюрьме он окончательно подорвал здоровье и ослеп. Нельзя было удержать слёз при виде этого глубокого старца — слепого, с изможденным лицом. Но когда он сказал всего несколько слов, мы поняли, что перед нами богатырь духа. На следующий день — снова звонок из Москвы.
На этот раз предстояло встретить митрополита Нестора (Анисимова). Владыка Нестор провел в заключении восемь лет. В тюрьме он тяжело заболел водянкой, и всё его тело было опухшим. Мы встречали его с носилками. Владыка видел всех нас в первый раз, но всё спрашивал и спрашивал сквозь слезы:
— Деточки, родненькие, вы откуда?
— Я, владыка, только из Средней Азии вернулся, — отвечал я.
— А чей будешь?
— Схиепископа Петра духовный сын.
— Петра Ладыгина?! — воскликнул митрополит.
— Да!
Тут же достал он из тюремной кирзовой сумки крест и, благословляя меня, сказал:
— Отныне и до моей кончины будешь моим духовником.
Долго плакали мы со смешанным чувством горя и радости, вспоминая уже почившего к тому времени высокочтимого владыку Петра. Так я, молодой монах, имея от роду 33 года, стал духовником легендарного российского архипастыря митрополита Нестора (Анисимова).
У святых ворот Одесского Успенского монастыря нас встречала вся братия во главе с архимандритом Назарием — 90-летним старцем, ещё до революции награждённым тремя наперсными крестами. Рядом с отцом Назарием стояли четыре заслуженных архипастыря. Все только что прибывшие из мест заключения.
Это были: уже упомянутый мною архиепископ Даниил (Юзвьюк), митрополит Серафим (Лукьянов, 1879–1959 годы жизни), епископ Феодор Аргентинский (Текучев, 1908–1985 годы жизни), духовный сын владыки Вениамина (Федченкова, 1880–1961 годы жизни), и архиепископ Иоанникий Красноярский (Сперанский, 1885–1969 годы жизни).