Когда мы подошли к святым монастырским воротам, владыка Нестор попросил опустить его на колени. Мы исполнили его просьбу, и он долго плакал, припав к монастырской земле. А затем старые архиереи — все уже седовласые старцы, не видевшиеся друг с другом по 10 и более лет и претерпевшие за эти годы суровые испытания, долго и трогательно обнимались.
За что послал мне Господь такую радость — назначили меня келейником всех пяти архиереев. А в мае в Одессу на патриаршую дачу приехал Святейший Патриарх Алексий I. И опять я, недостойный, был награждён большим утешением. Благословили меня каждое утро ходить к Патриарху, вычитывать молитвенное правило. У Святейшего были больные ноги, и когда я вычитывал правило, он всегда сидел на кровати в простой зелёной рясе, опершись на палочку.
Святейший часто приглашал старцев-архиереев к обеду. Пища всегда была очень простая. Завтрак, как правило, состоял из квашеной капусты с мёдом и ржаного хлеба. Обеды были немногим богаче. А какие беседы велись за этим столом! Я тихо сидел, благоговея от мудрых, исполненных смирения и любви речей этих старцев. При мне бывал здесь архиепископ Лука (Войно-Ясенецкий (1877–1961 годы жизни), канонизирован в августе 2000 года Русской Православной Церковью в сонме новомучеников и исповедников Российских для общецерковного почитания; память 29 мая (11 июня). Бывал и профессор Владимир Петрович Филатов с супругой Варварой Васильевной, а также профессор Владимир Евгеньевич Шевелев и многие другие истинные рабы Божии.
Но недолгой была наша радость. Вскоре, под Ильин день, всем проживающим в Одесском монастыре архиереям было предложено советскими властями разъехаться по разным дальним обителям.
Владыка Нестор, перед тем как уехать в Балтский Феодосиевский монастырь (монастырь вскоре был закрыт, сейчас возрождается), спросил Патриарха:
— Ваше Святейшество, благословите отца Мисаила (моё монашеское имя) быть моим духовником.
Святейший благословил. Это благословение и позволило мне быть вместе с митрополитом Нестором до последних дней его жизни.
С 30 июля 1956 года архиепископ Борис (Вик, 1906–1965 годы жизни) перевел отца Мисаила в Балтский Феодосиевский монастырь Одесской области. Здесь он был помощником уставщика и келейником епископа Гавриила.
Но вскоре, в 1956 году, владыка Нестор был назначен управляющим Новосибирской и Барнаульской епархией.
В те годы во всей Новосибирской епархии, охватывающей почти всю Восточную Сибирь, оставалось лишь 50 действующих приходов. Владыка, несмотря на слабость своего здоровья, часто выезжал в самые дальние, затерянные в Сибирской тайге приходы. Сибирь очень напоминала ему Камчатку, где он ещё молодым иеромонахом совершал миссионерские подвиги. А когда владыка вспоминал про Камчатку, у него всегда наворачивались на глаза слёзы.
О. Мисаил с 1 сентября 1956 года — по вызову митрополита Нестора — духовник и священнослужитель Вознесенского собора города Новосибирска. С 14 марта 1957 года настоятель Покровской церкви села Чебаки Ширинского района, Красноярского края.
Здесь по представлению митрополита Новосибирского и Барнаульского Нестора (Анисимова) от 25 апреля 1958 года ко дню Святой Пасхи за труды на пользу Святой Церкви, за основание иноческой общины при Свято-Покровском храме села Чебаки о. Мисаил был удостоен высокой награды и за Божественной литургией в неделю Входа Господня во Иерусалим возведён митрополитом Нестором в сан игумена. В 1958 году переведен на настоятельское место в Дмитриевскую церковь города Алейска Алтайского края.
О. Мисаил с 22 сентября 1958 года — в Оренбурге.
С 22 апреля по 15 июня 1959 года — настоятель Казанской Крестовой церкви и сверхштатный священник Никольского кафедрального собора города Оренбурга.
15 июля 1959 года митрополитом Нестором (Анисимовым) назначен настоятелем Крестовой церкви с поручением обслуживать приходы — Никольский с. Калиновки и Михайловский с. Донино-Кашинка Кировоградской епархии.
С 20 января 1961 года — настоятель Крестовой церкви города Кировограда.
В 1962 году митрополитом Нестором (Анисимовым) награждён палицей, на праздник Покрова Божией Матери возведён в сан архимандрита.
После смерти митрополита Нестора (Анисимова) в 1962 году два года о. Мисаил был за штатом в Кировограде.