Несмотря на принятые меры, наступили смутные времена после смерти Василия 111. Характер у великой княгини оказался на редкость жестким: ради сохранения целостности государства и упрочения своей власти не щадила никаких своих врагов. В этот период пострадали не только враги явные, но и некоторые из близких родственников. Первым из них поплатился ее дядя князь Михаил Глинский за то, что вступил в сговор с сильной боярской группировкой: его сначала обвинили в отравлении великого князя и заключили под стражу, а потом сгубили под пытками.
Мало кто мог себе представить ситуацию с развертыванием событий подобным образом. Фактически были сломлены или уничтожены крупнейшие княжеские и боярские фамилии, не пожелавшие служить честолюбивым замыслам великой княгини. Одновременно появилась новая волна преданных и честолюбивых государственников и полководцев. Наиболее прославился в те времена Иван Федорович Телепнев, князь Оболенский (Обо ленский или Або ленский; князь северных русов со столицей Обо или Або – княжества ободритов, ободеритов русских летописей). Со временем его фамилию стали писать: Телепнев-Оболенский. Этот князь не только был преданным сердечным другом Елены Васильевны, но отличался острым умом и поразительной хваткой, что способствовало укреплению власти великой княгини.
Сразу же после смерти супруга она начала укреплять Москву, построив стены Китай-города. Она также распорядилась начать немедленное строительство новых поселений в приграничных районах, а в ряде крупных городов – Ярославле, Владимире. Устюге были восстановлены или отстроены заново укрепленные центры – Кромы. Ее важные шаги по укреплению государственных земель и собственности с одновременным ограничением крупного боярского и особенно монастырского землевладения, а также попытка изменить систему местного самоуправления предвосхитили будущие реформы ее сына, Ивана Васильевича Грозного. Монетная реформа, проведенная в 1535 году, способствовала унификации денежного обращения в стране и вывела Московское государство на самостоятельный финансовый путь. С этого времени в течение нескольких веков чеканились в России металлические деньги с изображением всадника с копьем, прозванные сначала «копейщиками», а потом – «копейками».
Не менее успешно вела Елена Васильевна и внешние дела: заключила договора и соглашения со всеми пограничными соседями: крымским и казанским ханами, шведским королем. Со своими «земляками» обошлась достаточно жестко: после предложения короля Сигизмунда вернуть земли, присоединенные ее покойным супругом, послала армию во главе со своим фаворитом князем Телепневым-Оболенским. После ряда успешных баталий удачливый московит в 1536 году добился подписания мирного договора на выгодных для себя условиях, что на некоторое время прекратило претензии не только литвинской стороны.
Надо честно признать, что небольшой срок правления великой княгини помог стране преодолеть многие консервативные представления о межгосударственных и внутренних отношениях, что вывело Московское государство на путь реформ и прогресса. Ходили слухи, что великая княгиня отмстила многим боярским родам за позор своих предков. Потому, когда 3 апреля 1538 года великая княгиня в цвете лет скоропостижно скончалась, то большинство современников не сомневались, что ее отравили с целью захвата власти бояре Шуйские. Как бы там ни было, но фактическим главой государства становится Василий Васильевич Шуйский. Им был организован арест князя Ивана Овчины-Телепнева (Оболенского) и помещение его в монастырскую тюрьму, где тот и умер на следующий год. С целью устранения сторонников сильной великокняжеской власти был арестован племянник Василия 111 князь Иван Федорович Бельский и низложен митрополит Даниил, которого на ближайшие четыре года сменил митрополит Иосаф. Ответным ходом явилось устранение Василия Шуйского, но власть удержал его родной брат Иван Васильевич.