Провозглашение Литвы частью Советского Союза подавляющее большинство евреев, в отличии от коренных литовцев, встретило с восторгом. И это несмотря на то, что пострадали они от советской власти не меньше литовцев. Дело в том, что вместе с администрацией в Литву пришло и вездесущее НКВД и сразу же включилось в поиски явных и скрытых "врагов народа". А что это были за враги? Всякие там националисты, духовенство, капиталисты... А уж капиталистов среди евреев хватало. И не только "капиталистов". Множество еврейских, (так же как и литовских) националистов (сионистов) тоже пострадало. Самым известным из них был будущий премьер-министр Израиля, Менахем Бегин. Его арестовали в сентябре 1940 года и сослали в Печорский лагерь в Коми АССР.
Арестовывали тогда целыми семьями и ссылали в лагеря и на поселения, в Сибирь, на север, в Воркуту... (Не знали ссыльные евреи, что им несказанно повезло, что тем, кого власти оствили в покое, оставалось жить совсем не долго).
Советские органы не ограничивались арестами; они опечатывали йешивы и светские еврейские школы, разгоняли театральные кружки, закрывали еврейские газеты и журналы.
И тем не менее евреи отнеслись к "оккупации" СССР в большинстве своем положительно - они понимали, что зажатая между двух алчных держав маленькая Литва не сможет долго оставаться независимой и предпочли советское НКВД немецкому Гестапо.
Литовцы однако имели другое мнение: часть из них считала, что фашисткая оккупация более предпочтительна, а еще большая часть - что немцы, в отличии от большевиков, оставят их в покое и Литва снова станет независимой.
Одним из таких "мечтателей" был литовский посол в Германии Шкирпа. Когда к власти в Литве пришли коммунисты и отозвали литовских послов из других стран, он отказался вернутся. Вместо этого он связался с немецкой разведкой "абвер" и с их помощью создал организацию "фронт литовских активистов". Целью этой организации был захват власти в Литве и создание независимой литовской республики (у абвера, конечно, были совсем другие планы - они хотели использовать литовских националистов для атаки на красную армию изнутри). Шкирпе удалось установить связи со своими сторонниками в Литве и создать две подпольные группы - одну в Вильнюсе, другую в Каунасе. В вильнюскую группу входили в основном офицеры бывшей литовской армии переименнованную советскими властями в 29 территориальный корпус красной армии, а в каунасскую - студенты Каунасского университета. Началась активная подготовка к восстанию.
В конце мая органам НКВД удалось поймать несколько связистов, под пытками выудить у них имена подпольщиков и за пару недель до начала войны начались массовые аресты. Кроме самих подпольщиков арестовывались также их родные, друзья, а то и совсем случайные люди. Уже много месяцев НКВД готовила, составленные по доносам, списки "неблагонадежных элементов", как-то критиковавших политику коммунистической партии, неуважительно отзывавшихся о товарище Сталине, вывешивавших старый национальный флаг и так далее, и сейчас, пользуясь случаем, сводило счеты. На этот раз жертвами террора стали, почти исключительно, литовцы. По приблизительным подсчетам около 40 тысяч было отправленно в Сибирь, несколько тысяч - в тюрьмы, десятки были расстрелянны.
Определенную роль в этой вакханалии сыграли литовские евреи. Дело в том, что новая (советская) администрация позволила евреям получить то, о чем они когда-то могли только лишь мечтать, а именно - власть над другими людьми, а именно, тот "булат", который до недавнего времени находился исключительно в руках коренных литовцев и с помощью которого те имели возможность "все взять". Советской администрации было абсолютно все-равно какой национальности был человек, литовец, русский или еврей, главное - чтобы он был предан сталинской идеологии и ее целям. НКВД нужны были свои люди среди местного населения (кто же может распознать скрытого врага - бывшего полицейского или лавочника, например?) и ими, в достаточно большом количестве, оказались евреи. Из грязи - в князи, как говорят: ведь совсем недавно, всего только год назад, такого просто не могло быть, в такое никто бы и не поверил - чтобы еврей мог арестовать литовца, пытать его, глумится над ним... Наоборот -это да, наоборот - это хоть сколько. А вот чтоб еврей литовца...
С другой стороны существует сильно преувеличенное мнение, будто НКВД чуть ли не сплошь и рядом состояло из евреев. Это неправда - в НКВД было полно русских (приезжих), литовцев и поляков, евреи состовляли меньше половины его состава. Но опять-таки, в силу относительного расхожедения в процентном отношении между общим населением и сотрудниками НКВД у местного населения создалось неправильное мнение о засилии евреями аппарата НКВД. Данное обстоятельство использовали, для своей неприкрытой антисемитской пропаганды, литовские и нацисткие юдофобы. Короче говоря, к моменту начала войны, у большинства литовцев понятия еврей, коммиссар и чекист стали равнозначны.
22 июня члены "фронта литовских активистов", те, которых НКВД не успело до этого дня арестовать, подняли восстание. Они перекрыли дороги отступающей красной армии. По этим дорогам убегали не только солдаты, но и евреи, спасающиеся от фашистов; в них стреляли литовские белопогонники, стреляли как по врагам, потому что - нет, никто из них не должен был уйти от "правого возмездия". Даже дети.
В каунасском районе еврейской бедноты - слободке, независимый от ФЛА, отряд Климайтиса в ночь на 25 июня устроил погром: сотни людей были убиты, тысячи ранены, их имущество разграбленно, десятки домов сожжены. Местному раввину, в присутсвии его жены и детей, отрубили голову и выставили ее в окне для всеобщего обозрения.
Особой известностью пользуется инцидент происшедший в каунасском гараже "Летукис", в самом центре города. Не потому что он был особенно зверским или наиболее крупным, а просто потому, что немецкий военный фотограф Гунсилюс сумел запечатлеть происшедшее и его фотографии разошлись по свету как неподкупные свидетели бойни.
Все началось с того, что 24 июня оставленные, для уничтожения важных документов, несколько сотрудников НКВД явились в гараж "Летукис" чтобы реквизировать какую-нибудь машину и удрать на ней из города, следом за своими начальниками. Но у них ничего не вышло - их арестовали работники гаража и посадили под замок. Следующим утром (по чистой случайности?) в гараж явились только-что выпущенные из тюрьмы "политические заключенные". Кто-то из них, по-видимому, опознал среди сидящих под замком чекистов своего бывшего истязателя. И во дворе гаража состоялся "суд," т.е. избиение захваченных сотрудников НВКД всеми подручными средствами: их били всем, что попадалось под руку - ломами, кольями, палкими... Забивали насмерть. А если кто-то шевелился после этого, то его отливали водой и снова били. На шум сбежалось много народа: женщины, старики, дети. Принесли аккордеон, начали петь патриотические песни. Тем временем "белоповязочники" стали приводить новых, захваченных в черте города, "преступников", и настоящих и мнимых. Всех их били насмерть, вне зависимости от вины. Сколько людей было перебито, сколько из них было евреев - никто точно не знает.