Португальцы не видели особой коммерческой или стратегической выгоды в маленьком архипелаге, названном именем одного из них самих. В 1510 г. португальцы захватили Гоа на Малабарском берегу Индии, а в 1511 г. захватили Малакку, порт на Малайском полуострове, который господствовал над имеющим важнейшее значение проливом в торговом маршруте к Островам Пряностей и далее в Китай. В Азии их основные коммерческие базы располагались в Гоа, на острове Шри-Ланки, в то время называвшемся Тапробана, а позже Цейлао (отсюда название «Цейлон»), в Малакке и на Тиморе на Малых Зондских островах. (Тимор оставался португальской колонией до 1975 г.) Восточноафриканские города от Софалы в современном Мозамбике до Могадишо, близ Африканского Рога в современном Сомали, были захвачены, некоторые с применением силы.На западе Индийского океана в первое десятилетие шестнадцатого века португальцы обратили внимание на Мадагаскар (Сао Lourenco), Коморские (Ilhas do Comoro) и Сейшельские острова (Sete Irmanas). В следующие десять лет они нанесли на карты Маврикий (Ilha do Cerne, Ilha do Cirne, или Ilha do Cisne – всё это более или менее современные друг другу названия для «Острова Лебедя») и Реюньон (Санта-Аполлония). Родригес (вначале Доминго Фриас, затем Диого Родригес, а иногда даже Диего Руис) и архипелаг Чагос (Чагас) появились на португальских картах в 1538 г. Исследования начала шестнадцатого века, проведённые португальцами, результатом которых были первые европейские научные карты Индийского океана, совпадают с доминирующим присутствием Португалии в обширной области, охватывающей Юго-Восточную Азию, всё побережье и острова Индийского океана и восточное и западное побережья Африки. Это присутствие подтверждается португальскими названиями, постоянно встречающимися в этой области в наши дни.
Хотя португальские суда шестнадцатого века значительно превосходили арабские дхоу, а их навигационные инструменты были гораздо более совершенными, суда на «Carreira das Indias» («Индийский путь», позже также известный как «внутренний маршрут») по-прежнему преодолевали путь от Африки на восток при помощи сезонных муссонов, как всегда делали их предшественники. Название «Carreira das Indias» относится конкретно к путешествию туда и обратно, которое проделывают португальские ост-индские корабли между Лиссабоном и большим портом Гоа в эпоху парусного флота. Определяющим фактором были сезонные ветры тропиков, и при самых благоприятных условиях плавание, включающее остановку в Гоа, занимало примерно полтора года.Юго-западный муссон, который обычно начинается на западном побережье Индии в начале июня, приводил к фактическому закрытию всех гаваней в этом регионе с конца мая до начала сентября. Таким образом, сезон торговли продолжался с сентября по апрель. Португальские суда, под завязку набитые пассажирами, состав которых разнился от солдат и миссионеров до мужчин и женщин, ищущих свою удачу за границей, старались выйти из Лиссабона перед Пасхой. Если всё складывалось удачно, они могли обогнуть Мыса Доброй Надежды и успевали застать окончание сезона юго-западных муссонов, дующих с восточноафриканского побережья на север к экватору, которые доставляли их в Гоа в сентябре или октябре. На обратном пути суда, набитые специями, драгоценным фарфором и другими экзотическими товарами, уходили из Гоа в дни Рождества с северо-восточным муссоном, чтобы обогнуть Мыс до того, как в этих местах станут бушевать штормы, начинающиеся в мае.Суда, участвующие в этих долгих плаваниях, представляли собой главным образом разновидность галеона, называемую в те времена «нау»*, или «большое судно»: это судно коммерческого назначения, созданное на основе судов, которые использовали в Средние Века венецианцы и генуэзцы, и выросшее до внушительных размеров у португальцев во времена торговой лихорадки шестнадцатого и семнадцатого веков. Nau da Carreira das Indias был широким в бортах, с тремя или больше палубами, высокими кормой и полубаком, слабо вооружённым для своих размеров и зачастую неторопливым. Ранние «нау» могли вместить примерно 400 тонн груза, но в дальнейшем стали принимать на борт более 2000 тонн, став самыми большими действующими судами на заре шестнадцатого века, уступая лишь самым большим галеонам из испанской Манилы.Некоторые из лучших и крупнейших «нау» были построены в Португальской Индии. Португальцы быстро признали превосходство индийского тикового дерева для постройки судов над европейской сосной и даже над дубом. Кочин, возле южной оконечности субконтинента, Бассейн в современной Мьянме и в меньшей степени Даман, находящийся к северу от Бомбея – все эти города стали важными центрами судостроения. В Кочине суда для Португалии строились по договору с местным раджой. Большой королевский арсенал и верфь в Гоа были, вероятно, наилучшим образом организованными предприятиями в Индии времён Империи Великих Моголов. Королевский указ 1585 года, повторно изданный через девять лет, подчеркнул важность преимуществ постройки «Naus da Carreira» в Индии перед Португалией, «поскольку опыт показал, что те [корабли], которые построены там, более долговечны, чем те, которые строили в нашем королевстве, а также потому, что они дешевле и